Исследование роли коактиватора транскрипции SAYP в активации DHR3-зависимой транскрипции генов у Drosophila melanogaster

• Автор: Кузьмина, Юлия Леонидовна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 108 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Глава 1. Факторы транскрипции
Транскрипционный аппарат эукариот
РНК-полимераза II
Классификация факторов транскрипции
Общие факторы транскрипции GTFs
Активаторы и репрессоры
Ядерные рецепторы
Корегуляторы
Глава 2. Участие хроматина в транскрипции
Посттрансляционные модификации гистонов. Гистоновый код
Механизмы регуляции транскрипции на уровне хроматина
Ремоделинг хроматина и гистоновый обмен
Вариативные ги стоны
Нуклеосома как транскрипционный барьер
Глава 3. Транскрипционный цикл эукариот
Инициация транскрипции
Пауза РНК-полимеразы на промоторе
Переход от абортивной к продуктивной инициации транскрипции
Факторы и события, влияющие на элонгацию
Терминация транскрипции
Г енное выпетливание
ОБЪЕКТ И ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
МАТЕРИАЛЫ
Ферменты, киты и реактивы
Векторные конструкции
Праймеры
Штаммы E
Культуры эукариотических клеток
Среды для культивирования
Линии мух
Антитела
Програмное обеспечение. Базы данных
МЕТОДЫ
Работа с ДНК
Работа с РНК
Работа с белками
Работа с S2 клетками
РЕЗУЛЬТАТЫ

Получение поликлональных антител к белку DHR3
Белок DHR3 взаимодействует с компонентом высокомолекулярного комплекса BTFly
коактиватором SAYP на стадии эмбриона и куколки
Гены е(у)3 и DHR3 имеют схожий профиль экспрессии в ходе развития Drosophila
Гены е(у)3 и DHR3 взаимодействуют в ходе развития Drosophila
DHR3 связывается с промоторами SAYP-зависимых генов на стадии средней куколки82
Модельная система активации DHR3 в культуре клеток S2
DHR3 и SAYP совместно активируют экспрессию генов CG11395 и Сур12а5 в культуре
клеток
SAYPрекрутируется на промотор DHR3-зависимого генаftz-fl после активации
экспрессии DHR3 в составе суперкомплекса BTFly
ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
Модель участия SAYP DHR3-зависимой транскрипции
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ACF (ATP-utilising Chromatin remodeling and assembly Factor) АТФ-зависимый фактор, ремоделирующий и структурирующий хроматин
AD (Activation Domain) — Активационный домен
СВР (CREB Binding Protein) — Белок, связывающийся с CREB
Chdl (Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1) ‘ Хромодоменный хеликазный ДНК-связывающий белок
ChIP (Chromatin Immunoprécipitation) Иммунопреципитация хроматина
CHRAC (Chromatin Remodeling and Assembly Complex) ' Комплекс ремоделирующий и структурирующий хроматин
CTD (C-terminal Domain) С-концевой домен большой субъединицы Pol II
DBD (DNA-binding Domain) — ДНК-связывающий домен
e(y)3 (enhancer of yellow 3) “ Энхансер гена yellow
ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) Иммуноферментный анализ
GTF (General Transcription Factor) — Общий фактор транскрипции
HAT (Histone-acetyltransferase) — Гистонацегилтрансфераза
HDAC (Histone-deacetylase) — Г истондеацетилаза
HMT (Histone-methyltransferase) — Г истонметилтрансфераза
ISWI (Imitation SWI) ‘ Белок, похожий свойствами на SWItch (переключатель)
IP (Immunoprécipitation) — Иммунопреципитация

комплексах ISWI АТФаза является основной субъединицей, изменяющей структуру хроматина.
Мутация в гене, кодирующем ISWI у Drosophila, приводит к нарушению формирования нормальной структуры хроматина Х-хромосомы [102]. Показана важная роль комплекса NURF в активации транскрипции [103, 104].
Семейство CHD
Белки данного семейства обнаружены у многих эукариот. У Drosophila найдено 4 представителя этого семейства: dCHDl, dCHD3, dMi-2 и Kismet. Все они несут по два хромодомена. Хромодомены обеспечивают взаимодействие с метилированными остатками лизина гистона НЗ [66].
Какое-то время после открытия АТФ-зависимых хроматин-ремоделирующих комплексов, считалось, что ремоделинг хроматина не подразумевает полной диссоциации гистонов от ДНК [105]. Тем не менее, последние исследования показали высокую динамику гистонов на активных генах [106]. Кроме того, было показано, что гистон Н2В способен быстро обмениваться с близкородственными гистонами НЗ и Н4 как в составе одной нуклеосомы, так и с соседними [107-109]. Для гистонов НЗ и Н4 при определенных обстоятельствах также показан такой механизм действия.
Механизмы гистонового обмена задействованы во многих процессах. Показано, что кооперативное связывание транскрипционных факторов [106, 110, 111], хроматин ремоделирующих комплексов (например, Swi/Snf [106, 112, 113] и RSC [114, 115]) и Pol II [116] может влиять на гистоновый обмен. В данном процессе значительную роль играют разнообразные гистоновые шапероны, например, Asfl, Napl и нуклеофосмин [117, 118].