Организация больших тандемных повторов в геноме мыши

• Автор: Комиссаров, Алексей Сергеевич
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 132 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
1. ВВЕДЕНИЕ
Цель и задачи исследования
Научная новизна и практическая значимость работы
Основные положения, выносимые на защиту
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
2.1. Повторяющиеся элементы в геноме эукариот
2.2. Особенности структуры сателлитной ДНК
2.3. Эволюционная динамика сателлитной ДНК
2.4. Анализ ДНК повторов на уровне генома
2.5. Биоинформатический поиск центромерной ДНК
2.6. Варианты сборок генома мыши
2.7. Заключение обзора литературы и постановка задачи исследования
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1. Использованные базы данных
3.2. Выравнивание последовательностей, содержащих повторяющиеся элементы
3.3. Поиск тандемных повторов
3.4. Анализ полей тандемных повторов
3.5. Классификация тандемных повторов
3.6. Дот-плот анализ полей тандемных повторов
3.7. Визуализация полей больших тандемных повторов
3.8. Анализ больших тандемных повторов в разных сборках генома мыши

3.9. Метод конструирования проб, основанных на тандемных повторах
4. РЕЗУЛЬТАТЫ
4.1. Поиск больших тандемных повторов
4.2. Классификация больших тандемных повторов
4.3. Номенклатура больших тандемных повторов
4.4. Визуализация распределения полей тандемных повторов
4.5. Тандемные повторы на концах хромосом
4.6. Мажорный и минорный сателлит мыши
4.7. Перицентромерный тандемный повтор ТЫРС-21А
4.8. Суперсемейство гетерогенных тандемных повторов
4.9. Тандемные повторы, родственные диспергированным повторам
4.10. Сравнение распределения больших тандемных повторов между эталонным геномом и полногеномными сборками
4.11. Картирование больших тандемных повторов
5. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
5.1. Некодирующая ДНК в геноме
5.2. Мажорный сателлит мыши
5.3. Минорный сателлит мыши
5.4. Классические сателлиты
5.5. Тандемно повторенные диспергированные повторы
5.6. вС-содержание
5.7. Хромосомоспецифичные тандемные повторы мыши
5.8. Уточнение классификации тандемных повторов
5.9. «Штрих-код» хромосом

5.10. Перспективы
8. ВЫВОДЫ
9. Список работ, опубликованных по теме диссертации
10. Список цитированной литературы
БЛАГОДАРНОСТИ
ПРИЛОЖЕНИЕ 1. Последовательности олигонуклеотидных проб
ПРИЛОЖЕНИЕ 2. Схема организации длинных олигонуклеотидных проб
ПРИЛОЖЕНИЕ 3. Классификации тандемных повторов
ПРИЛОЖЕНИЕ 4. Характеристика полей МаСат
ПРИЛОЖЕНИЕ 5. Характеристика полей суперсемейства гетерогенных тандемных повторов

3.5. Классификация тандемных повторов
Для классификации больших тандемных повторов использовали тандемные повторы, найденные в полногеномной сборке Celera. Она содержит наибольшее количество собранных больших тандемных повторов по сравнению с другими сборками, как полногеномными, так и геномными. Классификацию больших тандемных повторов из других сборок проводили уже относительно тандемных повторов, найденных в полногеномной сборке Celera.
Для классификации подсемейств тандемных повторов использовали две характеристики: совпадение с известными повторами из Repbase и локализация на эталонном геноме.
Для поиска совпадений с известными повторами использовали поиск программой blastn по базе данных Repbase (Рис. 3.1, Г). Для того чтобы удалить ошибочно-позитивные совпадения, из результатов сравнения удаляли такие совпадения, в которых поле тандемных повторов покрыто повторами из Repbase менее чем на 80% (согласно принятым рекомендациям для анализа диспергированных повторов).
Для анализа положения тандемных повторов в эталонном геноме использовали программу blastn (Рис. 3.1, Д). Каждое поле тандемных повторов относили к одному из трех ранее предложенных семейств (Ames, 2008): мультилокусные (найдены в более чем одном локусе в эталонном геноме); однолокусные (найдены только в одном локусе в эталонном геноме); некартированные (не найдены в эталонном геноме).
3.6. Дот-плот анализ полей тандемных повторов
Одним из успешных подходов к анализу наличия скрытых повторяющихся мотивов в изучаемой последовательности является дот-плот анализ (dot-plot). В ходе дот-плот анализа рассчитывается похожесть между всеми фрагментами исходной последовательности (окнами), образующимися