Организация и хромосомная локализация повторяющихся последовательностей ДНК у обыкновенных полевок рода Microtus

• Автор: Елисафенко, Евгений Анатольевич
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1998
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 122 с. : ил.

I. ВВЕДЕНИЕ
П. ПОВТОРЯЮЩИЕСЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК В ГЕНОМАХ МЛЕКОПИТАЮЩИХ
A. Краткая характеристика и классификация повторов ДНК в геномах млекопитающих
B. ДИСПЕРГИРОВАННЫЕ ПОВТОРЫ
1. Суперсемейство LINE
2. Суперсемейство SINE
3. СуперсемействоMaLR
4. Суперсемейство ДНК транспозонов
5. Другие типы диспергированных повторов
C. ТАНДЕМНЫЕ ПОВТОРЫ
D. МИНИ- И МИКРОСАТЕЛЛИТНАЯ ДНК
E. ПОВТОРЯЮЩИЕСЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК И ГЕТЕРОХРОМАТИН
F. ВОЗМОЖНЫЕ ФУНКЦИИ ПОВТОРОВ
G. Повторяющиеся последовательности ДНК у полевок рода Microtus
Ш. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
A. ОБЪЕКТ ИССЛЕДОВАНИЯ
B. МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ РАБОТЫ
1. Наработка рекомбинантных фагов
2. Приготовление компетентных клеток E.coli
3. Трансформация
C. Методы выделения ДНК
1. Выделение и очистка ДНК рекомбинантных фагов
2. Метод выделения плазмидной ДНК
3. Выделение геномной ДНК из печени полевок
D. Методики работы с рекомбинантной ДНК
1. Расщепление ДНК эндонуклеазами рестрикции
2. Электрофорез ДНК в агарозных гелях
3. Выделение фрагментов ДНК из гелей
4. Субклонирование фрагментов ДНК
5. Получение направленных делеций
E. Саузернблот-гибридизация
F. Гибридизация in situ
G. Определение нуклеотидной последовательности ДНК
H. Контекстный анализ последовательности ДНК
IV. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
A. Клонирование гетегохроматинспецифических последовательностей
B. Гибридизационный анализ
C. Определение нуклеотидной последовательности и компьютерный анализ
D. Организация гетерохроматических последовательностей
V. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
VI. ВЫВОДЫ
VH. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ
ГХ - гетерохроматин
т.п.н. - тысяч пар нуклеотидов
п.н. - пар нуклеотидов
dNTP - дезоксинуклеозидтрифосфат
EDTA - ЭДТА (этилендиаминтетраацетат)
LINE - Long Interspersed Nuclear Elements (длинные рассеянные повторы)
LTR - Long Terminal Repeats (длинные концевые повторы)
TIRs - Terminal Inverted Repeats (терминальные инвертированные повторы)
MaLRs - Mammalian apparent LTR-retrotransposons (семейство повторов LTR-ретротранспозонов)
MER - Medium Reiterated Repeats (умеренно распространенные повторы)
MIR - Mammalian Interspersed Repeats (рассеянные повторы млекопитающих)
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
РНК - рибонуклеиновая кислота
РНП - рибонуклепротеин
стДНК - сателлитная ДНК
МТ - Mouse Transposon (транспозон мыши)
ORF - Open Reading Frame (открытая рамка считывания)
ORR - Origin Region Repeat (повторы района начала репликации) PCR - Polymerase Chain Reaction (полимеразная цепная реакция) SINE - Short Interspersed Nuclear Elements (короткие рассеянные повторы)
ТНЕ1 - Transposon-like Human Elements (ретротранспозон-подобные повторы человека)
I АР - интерстициальная А частица ТП - тандемные повторы
scPHK - small cytoplasmic РНК (малые цитоплазматические РНК) SRP - signal recognition particle (сигнал узнающая частица)

одним или несколькими из этих свойств.
Прежде всего это эндогенные ретровирусы. Они отличаются от обычных ретровирусов тем, что не имеют внеклеточной формы. Типичным примером такого рода является IAP - интерстицеальная А частица - ретровирусподобная, но не инфекционная структура, наблюдаемая в клетках грызунов (Ono et al., 1980; Aota et al., 1987). Изолированная частица содержит полна дени лированную РНК молекулу, обратную траскриптазу и gag-подобный белок. Средний размер ДНК составляет от 5 до 7.5 т.п.н. Она имеет все основные структурные части ретровирусов: гены gag, pol и env, фланкированные LTR. Хотя IAP не имеет внеклеточной фазы, зафиксированно несколько случаев, когда она передавалась в клеточной культуре. Число копий, как и у других эндогенных ретровирусов, может колебаться от единиц до тысяч на гаплоидный геном. По структуре входящих в ее состав генов IAP наиболее близка к MMTV и RSV ретровирусам. Интересно отметить сходство нуклеотидного состава IAP и гена иммуноглобулина IgE-BF, из чего можно сделать вывод о ретровирусном происхождении последнего (Aota et al., 1987). Описан еще целый ряд других эндогенных ретровирусов у разных видов, что говорит о распространенности данного феномена.
У хорошо изученных видов млекопитающих выделено несколько мобильных элементов, близких к ретровирусам. Объединяет их наличие ORF, кодирующей ревертазу и не имеющих, в отличии от классических LINE, других рамок трансляции. Некоторые из них, например MYS1_PL у Peromyscus leucopus (Wichman et al., 1985), имеют фланкирующие LTR, другие, например LINE2 человека (Jurka, 1995а) и BDDF коровы