Рентгеноструктурное исследование комплексов неорганической пирофосфатазы из E. coli с металлом-ингибитором и аналогом субстрата при атомном разрешении

• Автор: Самыгина, Валерия Ролановна
• Шифр специальности: 01.04.18
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2001
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 106 с. : ил

Оглавление
Введение
Г лава 1. Неорганические пирофосфатазы (обзор литературы)
1.1 Каталитические свойства неорганических пирофосфатаз Е.сой и 8.зегуез1ае
1.1.1 Кинетические схемы гидролиза пирофосфата РРазами
1.1.2 Эффективность различных металлов для катализа
1.1.3 Субстратная специфичность
1.1.4 Ингибирование пирофосфатаз
1.2 Первичная структура. Эволюционный аспект
1.3 Рентгеноструктурный анализ пирофосфатаз
1.3.1 Пространственная структура пирофосфатазы Е.сой
1.3.2 Рентгеноструктурные исследования каталитического механизма
1.4 Модели механизма гидролиза
Г лава 2. Материалы и методы
2.1 Получение кристаллов комплексов РРазе с Са2+ и СаРР1
2.2 Подготовка кристаллов к сбору диффракционных данных
2.3 Сбор и обработка диффракционных данных
2.4 Решение и уточнение структур
Глава 3. Методика улучшения диффракционного качества кристаллов РРазы
Введение
3.1 Способы улучшения диффракционного качества белковых кристаллов (обзор литературы)
3.1.1 Перезамораживание макромо лекулярных кристаллов
3.1.2 Е1астаивание в растворах, содержащих стабилизирующие агенты
3.1.3 Дегидратация
3.2 Методика улучшения диффракционного качества кристаллов
РРазы (результаты экспериментов)
3.2.1 Перезамораживание с постоянной концентрацией компонентов криораствора
3.2.2 Перезамораживание с постепенным изменением концентрации всех компонентов криораствора
3.2.3 Перезамораживание с повышением концентрации одного из компонентов криораствора
3.2.4 Улучшение разрешения настаиванием кристаллов в стабилизиркющем растворе с концентрацией ЫаС1, близкой к насыщенной с последующим быстрым замораживанием
3.2.5 Исследование влияния концентрации МаС1 на диффракционное качество кристаллов при комнатной температуре
3.2.6 Обсуждение результатов
Г лава 4. Результаты рентгеноструктурного анализа Са-РРазы и СаРРнРРазы
4.1 Качество моделей
4.2 Структуры Са-РРазы и СаРРпРРазы
4.3 Активный центр Са-РРазы
4.4 Активный центр СаРРьРРазы 71 Глава 5. Обсуждение результатов рентгеноструктурного анализа
Са-РРазы и СаРРьРРазы
5.1 Сравнение положений связывания ионов Са2+ и Mg2+ , молекул
пирофосфата и фосфат-ионов в ктивном центре
5. 2. Ингибирование пирофосфатазы ионами Са2+
5.3 Механиз гидролиза РР1 РРазой Е.соЫ
Основные результаты и выводы
Благодарности Список литературы Приложения
Рис. 14. Предполагаемый механизм действия пирофосфатазы S. cerevisiae [38].