Разработка средств управления данными для интеллектуальной системы по биотрансформации

• Автор: Бондарев, Кирилл Леонидович
• Шифр специальности: 05.25.05
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2003
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 143 с. : ил

Оглавление
Оглавление.

Список иллюстраций

Введение.
Задачи

Глава I. Цели создания системы. Проектирование

1.1 Цели создания системы

1.2 Проектирование.

1.3 Выбор средств разработки.

1А Выводы

Глава II. Программная реализация .

2.1 Архитектура серверной части
2.2 Управление данными.
2.3 Архитектура клиентской части.
2.3.1 Объектная модель интерфейса. Иерархия классов
2.3.2 Навигация.
2.3.3 Настройки. Взаимодействие с химическими редакторами и редактором метаболических сетей.
2.4 Обмен данными с системой построения метаболических сетей и интеллектуальной системой прогнозирования путей метаболизма
2.5 Выводы.
Глава III. Система поиска данных
3.1 Поиск по шаблону.
3.2 Конструктор запросов.
3.3 Поиск химических структур
3.4 Выводы.
Глава IV. Интеграция с документографической системой
4.1 Алгоритм взаимодействия.
4.2 Серверная часть блока интеграции
4.3 Управление поступлением сообщения в интерфейсе
4.4 Выводы
Заключение.
Условные обозначения.
Сокращения
Выделения шрифтом.
Публикации.
Список литературы


Предложенный механизм взаимодействия с документографической системой позволит совместно использовать функции обеих систем, наиболее полно отражая информацию печатных и электронных изданий по предметной области, открывая еще одну возможность пополнения базы фактами для работы ИнтС. Данные, предлагаемые такого рода изданиями, часто содержат описания экспериментов с приведением фактической информации. При этом данные, введенные так в фактографическую систему, будут связаны с их библиографическим описанием, рефератом и др. Разработанный метод, являясь достаточно простым и эффективным, вполне может применяться разработчиками в аналогичных ситуациях. Способ хранения химических структур соединений и метаболических сетей, полученных в результате работы ИнтС или построенных пользователем, не нарушает реляционной модели базы данных, требований нормализации, обеспечивает уникальность химической структуры (метаболической сети) при хранении и редактировании. Такой результат достигается за счет хранения в базе не самих файлов, а ссылок (в текстовом виде) на их физическое расположение на диске. При просмотре и редактировании ведется работа с файлом по указанному в базе пути. При этом в целях надежности хранения данных и предотвращения потери ценной информации, имеется возможность импортировать и хранить в базе образ файла для восстановления в случае утраты оригинала. Практическая значимость работы состоит в создании модуля управления данными для интеллектуальной системы прогнозирования путей метаболизма и биотрансформации, которая позволит эффективно использовать ее в реальных условиях. Созданное программное обеспечение является полноценным автоматизированным рабочим местом эксперта, располагающим набором полезных инструментов и функций. Его использование позволит объединить данные, полученные в ходе биохимических экспериментов, обеспечит их надежное, безопасное хранение в единой структурированной форме, простоту доступа к данным, как эксперта, так и вспомогательных систем; предоставит возможность оператору заносить новые экспериментальные данные уже в строго структурированном виде. Интеграция с документографической системой позволит использовать возможности обеих систем при реферировании печатных изданий, принося обоюдную пользу для обеих систем. Известен ряд программных продуктов, предназначенных для хранения и обработки данных по метаболизму и биотрансформации. Прежде всего, это продукция компании MDL Information Systems, Inc. Например, информационная система по метаболизму MDL® Metabolite Database, которая включается в себя базу данных, систему регистрации, интерфейс для поиска и просмотра данных. Система MDL® Toxicity Database ориентирована на данные по биологической активности и содержит свыше соединений. Она содержит данные по токсичности, мутагенности, канцерогенности и др. Эти и другие продукты объединены в программном комплексе MDL ISIS/Host. Существуют также базы Национального Онкологического Института (National Cancer Institute Databases). Компания LIGAND предлагает одноименную систему, состоящую из трех компонентов: COMPOUND -собрание химических соединений, связанных с различными клеточными процессами; REACTION - набор реакций, преимущественно ферментных, с этими соединениями; ENZYME - классифицированный перечень ферментов по номенклатуре IUBMB и IUPAC. При рассмотрении этих (и аналогичных) систем были выявлены следующие проблемы. Во-первых, нет возможности ознакомиться с их структурой и реализацией, т. Во-вторых, как становится понятно из описания производителей, их базы узко специализированы, в том смысле, что каждая отражает одну узкую область исследований - метаболизм, токсичность и т. Таким образом, эти системы можно рассматривать как банки справочных данных. Глава I. Цели создания системы. Данная глава является вводной. В ней рассматриваются проблемы предметной области, для поддержки и автоматизации которых предназначена система MetaChem Data System (далее - MCDS), обосновывается применение экспертных систем в этой сфере науки вообще, и интеллектуальной системы типа ДСМ (далее - ИнтС-ДСМ) в частности.