Разработка статистического метода видовой идентификации микроорганизмов на примере представителей рода STAPHYLOCOCCUS

• Автор: Фот, Наталия Павловна
• Шифр специальности: 03.00.23
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2005
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 117 с. : ил.

1.1 Современные представления о таксономии и номенклатур 8 микроорганизмов на примере представителей род и методы их видовой идентификации.
1.2 Вероятностностатистические методы, применяемые для целей межвидовой дифференциации микроорганизмов.
1.3 Практические аспекты видовой идентификации микроорганизмов при оценке биологического разнообразия природных экосистем.

Объекты и методы исследования

2.1 Объекты исследования микроорганизмы рода

и методы их выделения.

2.2 Методы видовой идентификации стафилококков

2.3 Методы математического анализа и программирования. Обоснование использования метода кластерного анализа для целей межвидовой дифференциации и его использование при разработке Универсальной программы для видовой

идентификации микроорганизмов.

3.1 Сравнительный анализ результатов дифференциации, полученных методами корреляционного, дискриминантного анализа и кластерного анализа.

3.2 Использование метода кластерного анализа при

разработке Универсальной программы для видовой
идентификации микроорганизмов.
Глава 4 Анализ диагностической эффективности различных тест
систем с использованием разработанной универсальной компьютерной программы для видовой идентификации стафилококков.
4.1 Анализ диагностической эффективности тестсистемы ПБДС пластина биохимическая дифференцирующая стафилококки, производимой НПО Диагностические системы Нижний Новгород, Россия.
4.2 Анализ диагностической эффективности тестсистем для идентификации стафилококков БТАРГШеэЬВ и
4.3 Анализ диагностической эффективности тестсистем I и Iiix, Франция.
Глава 5 Оценка биологического разнообразия стафилококков для
оценки техногенного воздействия на природные экосистемы.
, Чехия.
Заключение
Список использованных источников


Диссертационная работа изложена на 8 страницах и состоит из введения, пяти глав, заключения, двух приложений и списка использованной литературы, включающего 4 публикации отечественных и зарубежных авторов. Материал иллюстрирован 6 таблицами и рисунками. ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. Вид одна из наиболее важных таксономических групп таксонов в системе органического мира. По существующим нормативам вид определяется бинарным латинским наименованием, первая часть которого отражает его родовую, а вторая собственную видовую принадлежность например . В современной общебиологической систематике под видом понимают совокупность скрещивающихся популяций, обладающих общим генофондом, экологическим единством и репродуктивной изоляцией . Однако, применительно к представителям микромира критерий репродуктивное не имеет такого решающего значения, как в таксономии высших животных и растений в связи с тем, что обмен генетическим материалом может существенно выходить за пределы вида. Соответственно, в систематике бактерий объединение особей в один вид, а также выделение надвидовых или подвидовых систематических групп основывается на комплексном учете иных признаков критериев, к которым могут быть отнесены 1 морфология микробной клетки и ее тинкториальные свойства форма, размеры, строение, наличие спор, капсул, жгутиков, фимбрий, окрашиваемость различными красителями и др. ГгЦ пар в молекуле ДНК, результаты молекулярной ДНКДНК гибридизации, последовательность нуклеотидов в . Все перечисленные критерии в большей или меньшей степени лежат в основе классификаций микроорганизмов, среди которых наиболее популярной и широко применяемой в международном масштабе является схема, приведенная в Определителе бактерий Берджи . Возможности его использования находится на пересечении интересов практической бактериологии и теоретической таксономии. В первом случае основная задача сводится к идентификации относительно ограниченного числа видов, имеющих диагностическое, санитарноэпидемиологическое или другое прикладное назначение вопрос же о дифференциации прочих микроорганизмов вторичен. Соответственно, опасность подобного подхода заключается в недоклассификации, когда число описанных видов оказывается меньше числа объективно существующих. В то же время попытка точной идентификации практически всех обнаруживаемых в природе бактерий может войти в противоречие с реальными потребностями и возможностями практической бактериологии . История классификации представителей рода отразила обе эти тенденции. В 7м издании Определителя Берджи род был разделен только на два вида . Вследствие господствующего тогда представлении о потенциальной патогенности только коагулазоположительных стафилококков вида . В этой же связи в качестве синонимов . А.С. Кроме того, этот автор обнаружил значительное сходство со стафилококками у ряда культур, ранее идентифицируемыми как микрококки. По его предложению данные культуры были перемещены из рода i в род , где обозначены как вид . При этом одним из наиболее значимых для дифференциации двух упомянутых видов явилось определение их чувствительности . Данный тест не утратил своего таксономического значения и в настоящее время, что позволяет разделять коагулазоотрицательные стафилококки на новобиоцинорезистентные и новобиоциночувствительные виды. Рост клинической значимости коагулазоотрицательных стафилококков еще более повысил интерес к их таксономии, при этом массив накапливающихся знаний свидетельствовал о том, что два описанных вида на самом деле не охватывают всего многообразия коагулазоотрицательных стафилококков. Прорывом в этом направлении стали работы . В результате в 9ом издании Определителя бактерий Берджи количество зарегистрированных видов стафилококков приблизилось к трем десяткам и продолжает расти. Так, только с начала х годов при исследовании образцов, полученных от животных, рыб, птиц и объектов внешней среды, различными авторами во всем мире были описаны такие новые виды, как . Еще одним источником пополнения таксономии стафилококков является уточнение филогенетического положения микроорганизмов, ранее уже отнесенных к какомулибо из описанных видов. Так, проведение молекулярногенетических исследований внутри вида .