Разработка методики генотипирования бифидобактерий на основе двухлокусного секвенирования с целью видовой идентификации штаммов

• Автор: Субботина, Марина Евгеньевна
• Шифр специальности: 03.00.23
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 122 с. : ил.

Содержание диссертационной работы

Введение

Список сокращений

Глава 1. Обзор литературы

Раздел 1.1. Характеристика объекта бифидобактерии, их

свойства п значимость для нормальной жизнедеятельности человека Раздел 1.2. История генотипирования. Эволюционная
систематика. Таксономия бактерий Раздел 1.3. Становление бифидофлоры кишечника у детей

раннего возраста

Цель и задачи исследования.

Глава 2. Материалы и методы исследования

Раздел 2.1. Материалы

Раздел 2.2. Методы исследования
Глава 3. Результаты и обсуждение
Раздел 3.1 Разработка методики видового тинировапия
бифидобактерий на основе двухлокусного ссквенирования фрагментов генов 8 рРНК и Ы.
Раздел 3.2 Применение разработанной методики двухлокусного
секвенирования для видовой идентификации коллекционного штамма бифидобактерий.
Раздел 3.3 Применение разработанной методики для видового
типироваиия изолятов бифидобактерий из кишечника детей раннего возраста.
Глава 4. Заключение.
Выводы
Список публикаций по теме диссертации
Благодарности
Библиографический список
ВВЕДЕНИЕ


Бифидобактерии составляют основную долю микробных клеток толстой кишки до у детей и у взрослых 4 и, таким образом, являются, без преувеличения, очень важной частью автохтонной, или инднгенной микрофлоры кишечника . К, РР никотиновая кислота и витамины группы В 1 тиамин, В2 рибофлавин. ВЗ паитотеновую кислоту. В6 ииридоксин, В цианокобаламин. История открытия бифидобактерий и развитие таксономии Первое сообщение о бифидобактериях микроорганизмах с характерной морфологией формы i ii i . Пастера в Париже исследователем ii в году 0. Бифидобактерии были признаны важной частью симбиотической микрофлоры кишечника и одним из основных показателей его нормального физиологическою функционирования . Великий русский ученый Мечников И. И., также работавший в те годы в Пастеровском институте, предложил использовать антагонистические свойства бифидобактерий для борьбы с болезнетворными микробами и. II. Вследствие большого сходства с лактобактериями новый микроорганизм был включен в году в семейство i и, соответственно, назван i ii . Важным этапом в развитии таксономии бифидобактерий стало привлечение к классификации микроорганизмов биохимических критериев. На основании морфологических, культуральных и биохимических исследований . Хронология исследования бифидобактерий представлена в таблице 1. Остановимся на самых важных этапах. Таблица 1. Н. Выделена 1 рамположигельная анаэробная бактерия формы из фекалии вскармливаемых грудыо детей. На основании морфологических, культуральных и биохимических исследований признано существование рода iii в качес тве отдельного таксона, но на протяжении последующих лет его включали в род i за большого сходства с лактобактернямн iiv i. Идентифицировано в дополнение к открытому ii Н. В. ii, еще 4 вида бифидобактерий, выделенных из фекалий человека В. В. v, В. Vi . V., vi Выделены виды В. В. iii. Выделены виды В. V. . Выделен вид Д. Бифидобактериям официально присвоен статус отдельного рода iiv i. V., ii . Выделены виды В. В. , В. V., vi Выделен вид В. Выделен вид В. V i . Выделен вид В. V. . Выделены вилы В. В. i пищ, В. Выделены виды В. В. ii, В. Выделен вид Д. V. . Выделен вид В. Выделены виды В. В. ii. Внутри вида В. В. . В. . Выделены виды В. I., . Выделен вид В. X. . Выделен вид В. Выделен подвид В. Выделен вид В. Выделен вил В. Разработка специализированных питательных сред и применение системы дифференциации на основе ферментации целого ряда сахаров позволили в году немецкому исследователю . И. виду, названному В. В. i, В. В. i i и В. Благодаря исследованиям группы итальянских ученых vi V vi 8 и Vi . В году группа исследователей под руководством vi V. ДНКДПК гибридизации, позволяющий сравнивать нуклеотидные последовательности одноцепочечной ДНК штаммов близкородственных видов и, в результате, выявлять родство между видами. Использование данного метода позволило этой группе итальянских исследователей выделить в последующее десятилетие еще новых видов бифидобактерий 7, 0, 1, 3, 1. Заслуженный статус отдельного рода бифидобактерии получили в году согласно публикации в 7м издании iiv i . Род iii был включен в семейство i порядка i. Внедрение ЭФ растворимых белков клетки в качестве критерия идентификации видов позволило фу пне ivi В. Описания видов бифидобактерий были включены в 1е издание i i 6. В i . В. выделил подвиды В. В. . В гг. Га основании данных анализа рДНК Е. В соответствии с единой системой классификации Е. На основе ДНКДНК гибридизации внутри рода iii выделяют вида 4, но единого взгляда на выделение видов бифидобактерий в настоящее время в мировом научном сообществе нет. На официальном сайте i количество видов указано вместе с подвидами и составляет в сумме . Особые разногласия на протяжении последнего десятилетия вызывает таксономический статус близкородственных видов В. В. i и В. В. . В году V М. В. i в качестве подвида В. В году . В. ii, В. В. i рассматривать в качестве отдельных биотипов внутри вида В. Т. . В. . В известных коллекциях АТСС i i, v ii . В российской школе В. В. принято считать отдельными видами, главным образом, ввиду особой значимости вида В.