Рекомбиногенность бактериального белка reca из pseudomonas aeruginosa сопряжена со стабильностью его нуклеопротеинового комплекса

• Автор: Байтин, Дмитрий Михайлович
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1999
• Место защиты: Гатчина
• Количество страниц: 107 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Взаимодействие белка с онДНК

1.2. Взаимодействие белка с днДНК

1.3. Гидролиз АТФ

1.4. Реакция переноса нити

1.5. Роль белка в реакции переноса нити

1.6. Роль белка в системе клетки

1.7. Свойства, обеспечивающие высокую рекомбиногенность

белков
1.8. подобные белки
1.9.1. Структура гена гесА из i и анализ
его продукта
1.9.2. Рекомбиногенность белка из .i
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1. Очистка белка и измерение его АТФазной
активности в зависимости от температуры
3.2. ОнДНКзависимый гидролиз АТФ белка
3 3. Стехиометрия связывания белка РесАРа с онДНК
3.4. Реакция переноса нити, катализируемая белком РесАРа
3.5. Конкуренция между белками ЯесАРа и ЭЭВ за связывание с ДНК
3.6. Диссоциация комплексов РесАонДНК
3.7. Взаимодействие белка РесАРа с днДНК
3.8. Ингибирование РесАРазависимого гидролиза АТФ
хлоридом натрия
3.9. ЭлигодТзависимый гидролиз АТФ
Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
4.1. ОнДНКзависимый гидролиз АТФ проводимый белком РесАРа
4.2. Стехиометрия связывания белка РесАРа с онДНК
4.3. Взаимодействие белка ИесАРа с днДНК
4.4. Причины высокой рекомбиногенности белка РесАРа
4.5. Биохимические основы стабильности филамента РесАРа
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Данная реакция протекает с участием белка i а Последовательное изучение каждого из этапов этой реакции позволяет понять закономерности гомологичной рекомбинации i viv. Актуальность проблемы. Несмотря на то, что ген гесА из i был клонирован и секвенирован еще в году Крюков, Зайцев и др. , , исследование биохимических свойств белка из . было предпринято только в последнее время. Необычная способность белка индуцировать высокую частоту рекомбинационных обменов в клетках . 1 и 0 из . v vi, . Однако в отличие от этих белков гиперрекомбиногенность белка выражается на фоне крайне слабой индукции функций клетки. Такая необычная комбинация и фенотипов клеток . , указывает на различия при инициировании гомологичной рекомбинации, контролируемой этим белком. Исследование белка в сравнении с белком из . i vi выявило корреляцию между рекомбиногенностью белка и стабильностью его нуклеопротеинового комплекса. Вместе с тем, существует ряд внешних факторов, определяющих стабильность филамента, образуемого белком i vi, и, повидимому, i viv. Одним из таких факторов является необычный эффект, производимый молекулой дАТФ на белок i i, , . отвечают за стабильность нуклеопротеинового комплекса и важна ли эта стабильность для инициирования рекомбинации. Цель работы. Целью работы было изучение биохимических свойств белка для выяснение причин его высокой рекомбиногенности i viv. Задачи работы. Для достижения этой цели решали следующие задачи 1 Выделение и очистка белка 2 Сравнительный анализ ДНКзависимого гидролиза АТФ, катализируемого белками и 3 Изучение особенностей реакции переноса нити, катализируемой белком 4 Изучение биохимических свойств, определяющих эффективность белков и в конкуренции с белком за взаимодействие с онДНК. Научная новизна и практическая ценность работы. Впервые охарактеризованы биохимические свойства белка , как наиболее рекомбиногенного из всех белков , изученных к настоящему времени. Выявлена корреляция между высокой рекомбиногенностью белка и стабильностью его нуклеопротеинового комплекса. Исследованы зависимости межмолекулярного взаимодействия в полимере белка , а также взаимодействия белка с ДНК от концентрации ионов Мд. Предложен новый метод, позволяющий регистрировать кинетику разборки филаментов, построенных белками на онДНК. Изучен эффект кофактора дАТФ, в комплексе с которым белок создает филамент, по своей стабильности напоминающий филамент . Проведенное исследование относится к числу фундаментальных. Оно расширяет наши представления о молекулярном механизме гомологичной рекомбинации. Белок РесАРа может быть использован в роли гомологичной рекомбиназы, введение которой в клетки млекопитающих может существенно активировать гомологичную рекомбинацию в клетках высших и обеспечить замену поврежденного участка гена при генотерапии. Реакции обмена гомологичными нитями ДНК предшествует стадия образования пресинаптического комплекса, т. РесА на онДНК Сох е Биохимические и морфологические свойства нуклеопротеинового филамента строго зависят от того, входит ли в комплекс АДФ или АТФ. А Едетап е а. Такой комплекс является неактивным для проведения реакции обмена нитей. Замещение АДФ на АТФ либо негидролизуемого аналога АТФ АТФу приводит к значительному изменению морфологических параметров филамента. Шаг спирали увеличивается до А межнуклеотидное расстояние до 5 А, а диаметр образуемого филамента уменьшается до 0 А. Белок РесА взаимодействует с сахарофосфатным остовом ДНК таким образом, что молекула ДНК оказывается расположенной вдоль оси филамента, при этом нуклеотидные основания остаются доступными со стороны большой бороздки филамента. ОнДНК в таком комплексе растягивается в 1,5 раза относительно своей исходной длины.