Развитие методов сегрегационного анализа : Комплексные признаки и сложные родословные

• Автор: Аульченко, Юрий Сергеевич
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2000
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 121 с. : ил.

Оглавление

Список принятых обозначений

Введение

1 Комплексный сегрегационный анализ обзор литературы

1.1 Модели комплексного сегрегационного анализа

1.2 Тестирование гипотез

1.3 Вычислительные алгоритмы

1.4 Заключение

2 Разработка моделей наследования

2.1 Модели наследования признаков в гибридных родословных.

2.2 Модели наследования совместных признаков .

2.3 Обсуждение
3 Разработка алгоритмов анализ родословных с множественными петлями
3.1 Алгоритм подсчета функции правдоподобия родословной без петель . .
3.2 Свертка коротких инбредных петель.
3.3 Точность генетического анализа при различных аппроксимациях
функции правдоподобия .
3.4 Обсуждение.
4 Анализ наследовании гетерохромии глаз у домашней свиньи
4.1 Обзор литературы и постановка задачи.
4.2 Материалы и мегоды.
4.3 Результаты
4.4 Обсуждение.6
5 Анализ наследования числа новорожденных у мускусной землеройки Бипсив типпиз, 1пзесиуога, 8опЫсае
5.1 Обзор литературы и постановка задачи.
5.2 Материалы и методы.
5.3 Результаты
5.4 Обсуждение
6 Анализ наследования генцитоплазматической мужской стерильности в родословной сахарной свеклы
6.1 Обзор литературы и постановка задачи
6.2 Материалы и методы
6.3 Результаты
6.4 Обсуждение
Выводы
Список литературы


Разработать ряд новых методов, учитывающих специфику наследования признаков и особенности структуры родословных, полученных при разведении сельскохозяйственных и лабораторных животных. Разработка методов анализа наследования признаков в родословных, полученных при гибридизации генетически изолированных форм. Разработка методов анализа совместных признаков, характеризующих пару особей. К таким признакам относятся репродуктивные характеристики млекопитающих, которые являются эволюционно и хозяйственноважными. В настоящее время корректный анализ совместных признаков невозможен, поскольку существующие методы разработаны только для сегрегационного анализа индивидуальных признаков. Разработка алгоритмов анализа родословных с множественными петлями. Родословные сельскохозяйственных и лабораторных животных часто содержат множественные петли. Существующие методы анализа таких родословных обладают недостаточной точностью. На основе разработанных методов провести анализ наследования некоторых признаков животных числа новорожденных у мускусной землеройки и гетерохромии радужной оболочки глаза у домашней свиньи. Показать принципиальную возможность использования метода комплексного сегрегационного анализа признаков растений и изучить наследование генцитоплазматической мужской стерильности сахарной свеклы. Научная новизна. Разработан ряд новых моделей и алгоритмов, которые позволяют проводить сегрегационный анализ по выборкам родословных сельскохозяйственных и лабораторных животных описан принципиально новый класс моделей наследования признаков, характеризующих пару особей разработаны модели наследования признаков в родословных, полученных при гибридизации генетически изолированных форм предложен алгоритм, позволяющий увеличить точность анализа родословных с множественными петлями. Создан новый пакет программ для сегрегационного анализа признаков животных. Теоретические разработки позволили провести анализ наследования ряда признаков млекопитающих числа новорожденных у мускусной землеройки и гетерохромии глаз домашней свиньи. Получена новая информация о наследовании указанных признаков. Показано, что метод комплексного сегрегационного анализа применим для изучения наследования признаков растений. В рамках этого метода впервые формализована модель, включающая взаимодействие ядерного и цитоплазматического геномов. Подтверждена гипотеза о существовании ядерного генамутатора, участвующего в контроле генцигоплазматической мужской стерильности сахарной свеклы. Теоретическая и практическая ценность. В рамках комплексного сегрегационного анализа впервые дана формализация ряда моделей наследования введен принципиально новый класс моделей, описывающих наследование совместных признаков разработаны модели наследования признаков в гибридных родословных. Предложен алгоритм, увеличивающий точность анализа сложных родословных. Создан новый пакет программ для сегрегационного анализа признаков животных. Теоретические разработки позволили провести анализ наследования ряда признаков различных объектов подтверждена гипотеза о контроле гетерохромии радужки домашней свиньи аутосомным геном с варьирующей пенетрантностью у мускусной землеройки показана возможность контроля размера помета взаимодействующими майоргенами обоих родителей для сахарной свеклы подтверждена ранее высказанная гипотеза о существовании ядерного генамутатора, вызывающего переход нормальной цитоплазмы в стерильную. Личный вклад автора. Статистический анализ данных, разработка моделей, реализация их в виде компьютерных программ и комплексный сегрегационный анализ осуществлялись автором. Родословная домашней свиньи глава 4, по которой проводился анализ наследования гетерохромии радужной оболочки глаза, была получена в Экспериментальном хозяйстве ИЦиГ СО РАН. Родословная мускусной землеройки, проанализированная в главе 5, была получена в Лаборатории управления живыми ресурсами i i, ivi, . Родословная сахарной свеклы, по которой проводился анализ наследования генцитоплазматической мужской стерильности глава 6, была получена в Лаборатории популяционной генетики ИЦиГ СО РАН.