Локализация в политенных хромосомах Drosophila melanogaster некоторых trans- регуляторных факторов транскрипции

• Автор: Котликова, Ирина Витальевна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2003
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 149 с. : ил

Введение
Глава 1. Орг анизация хроматина и регуляция транскрипции у дрозофилы обзор литсрагуры.

1.1 Структу ра интерфазного хроматина, ремоделииг и транскрипция.

1.1.1 АТФзависимая мобилизация нуклеосом

1.1.2 Язык ковалентных гистоновых модификаций

1.1.3 ДНКсвязывающис транскрипционные факторы и коактиваторы транскрипции.

1. Политснная хромосома как модель интерфазной.

1.2 Дозовая компенсация уникальный пример хромосомоспецифичной регуляции транскрипции

1.2.1 Феномен дозовой компенсации

1.2.2 Гены дозовой компенсации у дрозофилы.

1.2.3 Комплекс дозовой компенсации.

1.2.4 Предполагаемые механизмы действия комплекса дозовой компенсации
1.2.5 Почему X.
1.2.6 Сборка и распространение комплекса дозовой компенсации по Ххромосоме
1.2.7 Эволюция комплекса
1 3 x ключевой транскрипционный фактор метаморфоза дрозофилы.
1.3.1 ВгС ключевой ген метаморфоза дрозофилы
1.3.2 Молекулярная организация локуса Белки .
1.3.3 С и регуляция метаморфоза. Предполагаемые механизмы.
1.3.3.1 Экспрессия гена
Корреляция между генетическими функциями гена и белковыми изоформами С
1.3.3.3 С и транскрипция регулируемых генов
1.3.3.4 Роль продуктов гена С в некоторых процессах метаморфоза. .
Заключение и задачи исследования
Глава 2. Материалы и методы
2.1 Линии i и их ведение.
2.2 I i гибридизация.
2.2.1 Приготовление ДНК зондов.
2.2.2 Приготовление препаратов для гибридизации i i
2.2.3 Гибридизация i i в полигонных хромосомах.
2.3 Иммуноокрашиванис политенных хромосом. .
2.3.1 Приготовление препаратов. .
2 3.2 Иммуноокрашивание политенных хромосом
2.3.3 Анализ препаратов
3.2.4 Антитела, использованные в работе
Глава 3. Особенности локализации комплекса белков в политенных хромосомах i
3.1 Особенности локализации комплекса на Ххромосоме
3. Локализация комплекса дозовой компенсации на Ххромосоме самцов.
3.1.2 Локализация 1 и 2 белков в линиях, мутантных по некоторым тгенам
3.1.3 Связывание белков дозовой компенсации с Ххромосомой в условиях дефицита в ядре полного
функционального комплекса.
3.2 Особенности локализации комплекса на аутосомах.
3.2.1 Аутосомные сайты у самцов линии
3.2.2 Аутосомные сайты в линиях с нехваткойизбытком комплекса в ядре.
3.2.3 Распространение комплекса по аутосома.м от мссга встройки трансгена X в условиях избытка в ядре коровых белков дозовой компенсации.
3.2.4 Аутосомные сайты повышенной аффинности к комплексу
3.2.5 Локализация 1 и 2 белков в районе аутосомных трансгенов
3.3 Влияние теплового шока на локализацию комплекса на хромосомах.
3.3.1 Локализация комплекса на Ххромосоме под воздействием теплового шока
3.3.2 Множественное аутосомное связывание комплекса в условиях теплового шока.
3.4 Комплекс дозовой компенсации и его роль в процессе транскрипции.
3.4.1 Локализация на хромосомах антител, специфически выявляющих форму гистона .
3.4.2 Локашзация I1 на полигонной Ххромосоме самок и самцов дрозофилы.
3 4.3 Локажзация II на Ххромосомс самцов и самок дрозофилы.
3.5 Локализация в политенных хромосомах белка .
3.5.1 Распределение в политенных хромосомах самцов и самок дрозофилы в лабораторной
линии дикого типа
3.5.2. Зависимость аутосомной локатизации от других белков комплекса
3.5.3 Локализация белка в условиях теплового шока.
3.6 Обсуждение
3.6.1 Связывание и распространение комплекса по Ххромосомс иерархия сайтов по их специфичности к комплексу. Верификация существующей модели сборки и распространения
комплекса по хромосоме
3 6.2 Анализ случаев взаимодействия комплекса с аутосомами как один из подходов к пониманию механизмов его взаимодействия с хроматином Факторы, нарушающие Хспецнфичную локализацию комплекса.
3.6.3 Локализация комплекса ДК в полиленной хромосоме и его роль в процессах транскрипции
3.6 4 Функции геликазы .
Глава 4. Особенности локализации на хромосомах белков x
4.1 Локализация белков в политенных хромосомах слюнных желез личинок в лабораторной линии дикого типа .
4.2 Локализация в политенных хромосомах слюнных желез личинок 3го возраста антител, специфично узнающих изоформы 1, , и .
4.3 Локализация белков в политенных хромосомах предкуколки
4.4 Роль белков x в регуляции окдизонового каскада генов в слюнной железе
дрозофилы обсуждение.
Список цитированной литературы.
Введение


К настоящему моменту у дрозофилы выявлено и охарактеризовано несколько мультимерных комплексов, отвечающих за подобный ремоделинг хроматина таблица 1. Все эти комплексы относятся к трем семействам I2, II iii i и СНГ iii i, члены которых демонстрируют высокую гомологию активных субъединиц у эукариот начиная с дрожжей и заканчивая человеком обзор v . Наиболее изученным у дрозофилы на данный момент является IIзависимый ремоделинг. I1 каталитическая единица трех хроматинремоделирующих комплексов полностью определяет их АТФазную активность. Несмотря на то, что все II содержащие комплексы способны увеличивать доступность организованной в нуклеосомы ДНК для транскрипционных факторов, прямое сравнение i vi функций i , iii i i и i iii x выявило различия в механизмах действия этих комплексов в отношении нуклеосом Тогда как участвует в глобальных, неспецифических пертурбациях нуклеосомных рядов i . Основную роль в направленности и эффективности действия II играют остальные субъединицы комплексов . К сожалению, вопрос о роли IIремоделирующих белков i viv остается достаточно запутанным. Анализ мутаций, нарушающих функции белка, показал, что 1I необходим для контроля генной экспрессии, сохранения хромосомной структуры и, в целом, жизнеспособности клетки i . С другой стороны, иммунолокализация антител против II в политенных хромосомах не выявила значительного перекрывания паттерна с сайтами локализации РНКполимеразы, что позволило авторам высказать предположение о преимущественном участии IIремоделинга не в транскрипции, а в поддержании хроматиновой структуры i . Несмотря на это, следует подчеркнуть, что все полученные на данный момент данные i vi свидетельствуют в пользу того, что IIсодержащие факторы вовлечены в процесс локального ремоделинга нуклеосомных рядов в области регуляторных последовательностей ДНК обзор . Таблица 1. II ссмснство 4 II АТФазная активность стимулируется нуклеосомамн и требует наличия одного или более интактных хвостовых доменов гистонов НЗ и Н4 Обеспечивает двунаправленный нуклсосомный слайдннг Работает совместно с транскрипционными факторами , , . II ссмсйство 6 II, I АТФазная активность стимулируется нуклеосомамн и ДНК Комплекс задействован в формировании упорядоченных нуклеосомных рядов, однако также способен перемещать отдельно взятые нуклеосомы вдоль ДНК фрагмента способом, отличным от . II семейство 3 II В отличие от предыдущих двух комплексов, активность стимулируется только ДНК Комплекс катализирует упорядоченность нуклсосом в пределах нарушенных нуклеосомных рядов и обеспечивает АТФзависимый процесс формирования нуклеосом. Демонстрирует более слабую, в сравнении с II, способность перемещать нуклеосомы, но является основным кофактором опосредованной транскрипции . С семейство 1 4 АТФазная активность стимулируется нуклеосомамн, но не требует наличня интактных хвостовых доменов гистонов Комплекс способен перемещать нуклеосомы вдоль ДНК i i Задействован i viv в и vоиосредовамной репрессии . ДНК и формируя своеобразные границы в районе его работы. Фактор А, который связывается с СТп повторами промоторов многих генов, может играть такую роль обзор . Так, например, показано, что модификации хвостовых доменов коровых гистонов способны влиять на опосредованный слайдинг нуклеосом i . Многочисленные исследования, проводимые в последние годы, продемонстрировали несомненную связь между различными модификациями коровых гистонов и активациейинактивацией гранскрипции в определенных районах ii . Высококонсервативные гисгоновые белки содержат так называемые хвостовые домены, составляющие примерно от массы всей белковой молекулы и выступающие за пределы нуклеосомной поверхности. Предполагается что они участвуют в межнуклеосомных взаимодействиях . ДНК v . АДФрибозилированию. Одна из наиболее ранних моделей влияния подобных изменений на транскрипционные процессы предполагала изменения хроматиновой структуры непосредственно вследствие нарушения гистонДНК и гистонгистоновых взаимодействий, связанных с изменением заряда после присоединения к аминокислотным остаткам соответствующих химических групп .