Картирование и молекулярно-генетический анализ генов гороха (Pisum sativum L.)

• Автор: Коновалов, Федор Андреевич
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 127 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

Список использованных сокращений

Введение.

Глава 1. Обзор литературы.

1.1. Структура генома высших растений.

1.1.1. Размер генома высших растений

1.1.2. Состав генома растений

1.1.2.1. Уникальные последовательности.

1.1.2.2. Повторяющиеся последовательности

1.1.2.2.1. Сателлитная, мини и микросателлитная ДНК.

1.1.2.2.2. Мобильные генетические элементы.

1.2. Картирование геномов растений.
1.2.1. Г енетические карты.
1.2.2. Физические карты
1.2.3. Интеграция карт.
1.3. Методы выявления полиморфизма ДНК.
1.3.1. Случайные маркеры.
1.3.2. Специфичные маркеры.
1.4. Генетические особенности представителей семейства
Бобовые РаЬасеае.
1.4.1. Выраженная синтенность геномов бобовых
1.4.2. Горох посевной особенности объекта и состояние исследований
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Исходный материал.
2.2. Выделение геномной ДНК гороха.
2.3. Полимеразная цепная реакция.
2.4. Обработка ПЦРфрагментов эндонуклеазами рестрикции
2.5. Фракционирование фрагментов ДНК
2.6. Клонирование и секвенирование ПЦРфрагментов.
2.7. Обработка результатов генетического анализа
2.8. Поиск гомологичных последовательностей в базах данных
Глава 3. Результаты и обсуждение
3.1. ПЦРамплификация фрагментов генов гороха.
3.2. Клонирование, секвенирование и анализ последовательностей фрагментов генома гороха
3.3. Поиск полиморфизма внутри фрагментов генов гороха среди набора контрастных линий и сортов.
3.4. Дополнительный анализ нуклеотидного полиморфизма внутри амплифицированных генных фрагментов среди
линий, сортов и различных видов гороха
3.5. Использование САРБполиморфизма для локализации генов
на карте групп сцепления гороха.
3.6. Сопоставление данных по картированию генов с информацией о положении их ортологов на физической
карте МЛгипсаШ1а
Заключение.
Выводы.
Список литературы


Изучение генетического аппарата растений началось с описания цитологических характеристик кариогипа, чему в значительной мере способствовало наличие множества видов с крупными, немногочисленными и ясно различимыми хромосомами. Уже на данном этапе в частности, при использовании С и окрашивания стало очевидным неравномерное распределение различных параметров хроматина по длине хромосом, вследствие чего были выдвинуты предположения о наличии в геноме областей с характерными структурными и функциональными особенностями в первую очередь центромер, теломер, ядрышковых организаторов ЯОР, а также эу и гетерохроматиновых районов ПрокофьеваБельговская, . Современные представления об информационной составляющей генома построены в первую очередь на анализе полных последовательностей ядерной ДНК модельных объектов резуховидки Таля ii i . . ii Iiiiv, и риса iv . . . i . i . V , vi . . i . Размер генома одна из базовых характеристик наследственного аппарат, определение которой является одним из первых шагов при изучении новых важных видов растений. Тем не менее, несмотря на огромное количество данных о размере генома у различных видов, остается без однозначного ответа вопрос о влиянии данного параметра на фенотипические особенности растений. Указанная проблема касается не только представителей растительного царства, но известна применительно ко всем эукариотам как сv x парадокс размера генома по всей видимости, среди эукариот размер генома не коррелирует со степенью сложности организма . Количество пар оснований в гаплоидном геноме среди растений может различаться на несколько порядков, от 0 млн. .i и даже менее, например млн. i viii до более чем 4 млрд. iii i i, i, . Большие различия могут наблюдаться в том числе между представителями более мелких таксонов, вплоть до рода. Чем обусловлены столь большие различия в размере генома Какое влияние оказывает размер генома на фенотип и имеет ли он определенное адаптивное значение Парадокс размера генома отчасти разрешается благодаря тому, что основной вклад в увеличение количества хромосомной ДНК вносят повторяющиеся последовательности, не имеющие критически важной функциональной роли. В частности, геномы лилейных обязаны своим особо крупным размером массовой амплификации мобильных генетических элементов, в первую очередь ретрогрансиозонов, последовательности которых иногда составляют более от общего количества ДНК в ядре , цит. , . Тем не менее, если рассматривать только кодирующую часть генома, корреляция между числом генов и организменной сложностью все равно не наблюдается, поэтому парадокс размера генома не теряет свою актуальность. Традиционно считается, что физический размер генома не оказывает прямого влияния на приспособительные способности растений, поскольку можно наблюдать широкую распространенность и эволюционный успех представителей семейств с самыми различными значениями этого параметра. Тем не менее, i с соавторами воспользовались накопленными данными о размере генома у более чем видов высших растений по базе данных Сv , . i . Среди возможных физиологических причин данного явления называются большие затраты на поддержку лишней ДНК, неизбежное увеличение размеров ядра и клетки, а также массы семян что, в частности, снижает их способность к распространению ветром и удельной толщины листьев что негативно сказывается на эффективности фотосинтеза. Вместе с тем, существует и другая точка зрения, согласно которой лишняя ДНК играет непосредственную функциональную роль в качестве хромосомного скелета vii, цит. i, . Кроме того, существуют данные о наличии у растений и животных механизмов редукции размера генома . , цит.