Структура и особенности регуляции генов гомологов RFP2 у человека и мыши

• Автор: Скоблов, Михаил Юрьевич
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2004
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 106 с. : ил.

Определить нуклеотидную последовательность промоторного региона гена ЯРР2 мыши и провести биоинформатический сравнительный анализ последовательностей нуклеотидов промоторных районов гена ЕРР2 человека и мыши и, таким образом, выявить причины сходства спектров тканеспецифичности экспрессии гена КРР2 у человека и мыши. Научная новизна. Впервые определена и зарегистрирована в ОепВапк АР последовательность нуклеотидов длиной 3,6 т. РРР2. Экспериментально определено положение точки инициации транскрипции гена ЛРИ. ИРР2 человека и выявлены потенциальные элементы регуляции этого гена ССбокс и сайты связывания транскрипционных факторов. Выявлена уникальная особенность структуры промотора гена ЯРР2 в транскрибируемой нити ДНК перед вСбоксом расположен несовершенный повтор структуры СпА длиной 0 п. Выявлена асимметрия в распределении количества сайтов связывания транскрипционных факторов в области несовершенного повтора около 0 сайтов находятся в транскрибируемой нити ДНК, а в нити, комплементарной этому участку, сайты связывания отсутствуют. Впервые с помощью люциферазных конструкций локализованы четыре регуляторных элемента промотора гена РРР2 базальный промотор, энхансер, сайленсер и участок, отвечающий за стабильность мРНК гена РРР2. Определены потенциальные сайты связывания транскрипционных факторов в участках промотора гена КРР2, предположительно содержащих энхансер и сайленсер. Проведен сравнительный компьютерный анализ последовательности нуклеотидов промоторной области гена ЛРР2 человека и мыши. Обнаружен разрыв синтении хромосом человека и мыши непосредственно перед белоккодирующей областью гена, которая остается гомологичной у человека и мыши. Экспериментально выявлены две изоформы гена мыши ортологичного гену КРР2 человека. Впервые с помощью биоинформатического анализа в регуляторной части гена КРР2 у мыши выявлен набор потенциальных сайтов связывания для факторов транскрипции, относящимися к семействам. Проведен сравнительный анализ наборов сайтов связывания транскрипционных факторов и самих транскрипционных факторов в регуляторной области генов ЯРР2 у мыши и человека. Практическая значимость. Установление последовательности нуклеотидов промоторной области потенциального гена супрессора опухолей 2 практически полезно в качестве основы для мутационного скрининга повреждений этого гена в группах пациентов с опухолевыми заболеваниями, сопровождающимися утратой области генома . Обоснование постановки темы диссертационной работы. Одной из областей генома человека, предположительно участвующих в супрессии опухолевого фенотипа является область 4. В составе этой области выявлено несколько генов, которые как предполагается, могут выполнять функцию генасупрессора опухолевого роста. Одним из наиболее вероятных геновкандидатов в области 4 является ген 2. Одной из возможных мишеней для мутаций, инактивирующих ген, является его регуляторная область. Для проведения мутационного анализа этой области у больных необходимо знание ее сгруктуры и принципов ее регуляции в норме. Структура промоторной области в случае гена 2 человека была неизвестна к началу данной работы, хотя первая версия черновой последовательности генома человека к тому времени уже была доступна. Кроме того, структура регуляторной области гена влияет на тканевый спектр его экспрессии. Представление о важности отдельных элементов регуляторной области может быть получено на основе сравнительного анализа регуляторных областей ортологичных генов у родственных видов. Было известно, что спектры тканеспецифичности экспрессии генов 2 человека и мыши сходны v . Структура кодирующей области мышиного ортолога гена 2 человека была известна, однако регуляторная область не была ссквснирована к началу данной работы, что и определило постановку данной цели исследования. Таким образом, данная работа посвящена актуальной задаче изучения и сравнительного анализя регуляторных областей гена 2 у человека и мыши. Работа проводилась в рамках плановой тематики ИОГен РАН и поддерживалась грантами российских программ Геном человека и РФФИ.