Характеристика геномных последовательностей человека, прилегающих к местам встраивания вируса папилломы

• Автор: Климов, Евгений Александрович
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2002
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 115 с. : ил

Введение

Обзор литературы В

I. Роль вирусов папиллом человека в патогенезе шейки матки

1. Заболеваемость и факторы риска рака шейки матки РМ

2. Ассоциация РШМ с инфекцией вирусами папиллом

3. Структура вирусного генома

4. Механизмы трансформирующего действия вирусных онкогенов

5. Персистенция вирусной ДНК

6. Интеграция вирусной ДНК в клеточный геном

II. Подходы к картированию и анотированию геномов высших эукариот

1. Генетическое картирование

2. Физическое картирование
2.1. Цитогенетическое картирование
2.2. Картирование на основе гибридов соматических клеток
2.3. Рестрикционное картирование генома человека
2.4. Контигкарты хромосом человека на основе перекрывающихся клонов геномной ДНК человека
2.5. Картирование генома на основе радиационных гибридов соматических клеток ЯНкартирование
3. Предсказание генов человека с помощью компьютерных
методов анализа последовательностей биополимеров
3.1. Молекулярнобиологические базы данных
3.1. Строение генов и подходы к их предсказанию в последовательностях генома человека
Материалы и методы
Результаты и их обсуждение
I. Отработка метода радиационного картирования на примере локализации мозгоспецифичной последовательности САЬ и маркера ССбогатой последовательности стс
1. Подбор праймеров и оптимизация условий полимеразной
цепной реакции
2. Локализация исследуемых маркеров
II. Локализация последовательностей генома человека,
прилегающих к местам встраивания вируса папилломы
1. Физическая локализация последовательностей, прилегающих к местам встраивания V методом картирования на хромосомах человека
1.1. Оптимизация условий ПЦР, скрининг панели радиационных гибридов и определение локализации маркеров I на карте
1.2. Совмещение каргы с другими типами карт и поиск генов, прилегающих к местам встраивания V
2. Локализация iii последовательностей, прилегающих к местам встраивания V в геноме человека
3. Поиск гомологий последовательностей, прилегающих к местам встраивания V, с экспрессирующимися последовательностями человека
4. Анализ нуклеотидных последовательностей генома
человека, прилегающих к местам встраивания V
4.1. Анализ нуклеотидных последовательностей генома человека, прилегающих к местам встраивания V, с использованием сервиса ix i
4.2. Анализ геномных последовательностей человека, прилегающих
с Зконца к интегрированной вирусной ДНК
5. Анализ гипотетических генов
5.1. Установление экзонинтронной структуры и поиск необходимых регуляторных элементов
5.2. Определение предположительной функции белков,
кодируемых описанными генами
5.3. Анализ экспрессии изучаемых генов в различных органах и тканях Заключение
Выводы
Список литературы


И хотя полученные компьютерными методами данные нельзя принимать как абсолютно достоверные, этап работы по аннотированию генома человека i ii является основой для дальнейших экспериментальных исследований и значительно облегчает планирование и постановку эксперимента. Физическое картирование на хромосомах человека мест интеграции ДНК вируса и их i ii анализ имеют большое значение для понимания того, как интегрированный вирусный геном может нарушать генетическую программу клетки. Цслыо данной работы были точная физическая локализация мест встраивания V в хромосомы человека и характеристика i ii геномных последовательностей, прилегающих к местам встраивания вирусной ДНК, транскрибируемой в клетках плоскоклсточного рака шейки матки. ОТПЦР транскрипционной активности проанализированных гипотетических генов человека. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. I. Роль вирусов папиллом человека в патогенезе шейки матки. Заболеваемость и факторы риска рака шейки матки РШМ. РШМ является одним из ведущих в структуре онкологической заболеваемости и смертности среди женщин и остается одной из важных медицинских и социальных проблем в экономически развитых странах. Опухоли шейки матки представляют собой опухолевую патологию у женщин со средней частотой встречаемости около случаев в год, что составляет 5,8 от общей частоты заболеваемости раком Киселев, . Первые исследования, посвященные эпидемиологии РШМ, появились еще в XIX веке. РШМ. Достаточно долгое время господствовало мнение, основанное на утверждении . Установлено, что использование барьерных методов контрацепции приводит к достоверному снижению заболеваемости I Киселев, , , , применение внутриматочных контрацептивов не оказывает влияния на заболеваемость 1. Данные о влиянии длительной стероидной контрацепции на частоту дисплазии и рака шейки матки разноречивы цит. Сахарова, Нечушкин, . Ассоциация РШМ с инфекцией вирусами папиллом. Концепция вирусной природы РШМ имеет длинную историю и неразрывно связана с исследованиями кондилом различных локализаций. Генитальные кондиломы описаны еще в трудах по античной медицине. Первые предположения об инфекционной природе рака шейки матки высказал в г. В г. Достижения в экспериментальной вирусологии позволили Л. Л. Зильберу , позже и сформулировать положения об опухолеродных вирусах как агентах, превращающих нормальную клетку в опухолевую посредством воздействия на ее генетический материал, действие этих агентов отличается от инфекционного, и в дальнейшем размножении уже возникших опухолевых клеток опухолеродные вирусы роли не играют. К этому времени относится демонстрация i и А. Д. Тимофеевским с помощью электронномикроскопической техники постоянного присутствия вирусоподобных частиц в папиллломах. Позже с помощью электронномикроскопических, иммуногистохимических и ДНКгибридизационных исследований была подтверждена папилломавирусная этиология кандилом цит. Сахарова, Нсчушкин, . Впервые серьезные предположения о возможной роли вирусов папиллом в развитии были высказаны в середине х годов. Следует подчеркнуть, что несмотря на то, что из зараженных клеток не удается выделить инфекционный агент, именно вирус выступает в качестве этиологического фактора развития опухоли. Это утверждение основано на сочетании следующих критериев 1 регулярное обнаружение в опухолевых клетках вирусной ДНК как в интегрированной, так и в энисомальной форме 2 клонированные вирусные гены в клеточных системах i vi способны индуцировать злокачественную трансформацию клеток, включая клетки человека 3 регулярная экспрессия вирусных генов в опухолевых клетках 4 существование в природе сходных вирусов, способных индуцировать образование опухолей у экспериментальных животных 5 эпидемиологические данные, подтверждающие связь между опухолевым процессом и наличием вирусного генетического материала в опухолевЕях клетках Киселев, . Методика молекулярного клонирования позволила создать физическую карту вирусов с помощью эндонуклеаз, определить местоположение и последовательность генов, кодирующих вирусные белки Vii, .