Создание хромосом- и районспецифичных библиотек ДНК и их использование для исследования хромосомных перестроек и эволюции кариотипа

• Автор: Трифонов, Владимир Александрович
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2002
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 130 с.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ И

1.1. СРАВНИТЕЛЬНЫЙ ХРОМОСОМНЫЙ ПЭЙНТИНГ МЛЕКОПИТАЮЩИХ.

. .I. Сравнительное картированиемлекоттающих

1.1.2. Хромосомный сортипг

1.1.3. Построение пред нового кариотипа млекопитающих.

1.1.4. Неравномерность кариотипической эволюции млекопитающих.

1.2. Современные методы анализа состава хромосом.

1.2.1. Микродиссекция.

1.2.2. Многоцветная I
1.2.3. Многоцвтный хромосомный баркод и xI.
1.2.4. Многоцветный бэидинг.
1.3. ВХРОМОСОМЫ.
1.3.1. Происхождение Вхромосом.
1.3.2. Молекулярная эволюция Вхромосом.
1.3.3. Молекулярный состав Вхромосом.
1.3.4. Механизмы передачи и накопления Вхромосом.
1.3.5. Модыи, описывающие динамику Вхромосом в популяциях
1.3.6. Воздействие Вхромосом на носителя.
1.3.7. Вхромосомы млекопитающих
1.3.7.1. Вхромосомы хищных
1.3 Вхромосомы грызунов.
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ в
2.1. Материалы.
2.2. Методы
2.2.1. Приготовление препаратов хромосом
2.2.2. Получение пэйнтингпроб с помощью отбора на микрочастицах
2.2.2.1. Выделение высокомолекулярной ДНК
2.2.2.2. Получение тотальной ПЦРбиблиотеки генома.
2.2.2.3. ИнтсрА1иПЦР.
2.2.2.4. Гетсрологичсская гибридизация в растворе
2.2.2.5. Экстракция гибридных молекул ДНК
2.2.3. Получение 1 ДНК
2.2.3.1. Выделение ДНК из ядер.
2.2.3.2. Реассоциация ДНК
2.2.3.3. Гидролиз однонитчатой ДНК нуклсазой
2.2.4. Микродиссекция и ПЦР
2.2.4.1. Приготовление растворов
2.2.4.2. Подготовительные процедуры.
2.2.4.3. Микродиссекция.
2.2.4.4. ПЦР 1 секвеназный вариант.
2.2.4.5. ПЦР 2 Тац полимеразный вариант
2.2.5. Флюоресцентная i i гибридизация.
2.2.5.1. Мечение зонда
2.2.5.2. Предгибридизация и гибридизация
2.2.5.3. Отмывки и детекция.
2.2.5А Многоцветная 1
2.2.5.5. Реципрокный пэйнтинг собака человек лисица
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
3.1. Получение и использование пэйнтинг проб на базе источников ДНК, альтернативных сортингу
3.1.1. Разработка метода получения пэйнтинг проб путем экстракции хромосомспецифичных библиотек с помощью парамагнитных частиц
3.1.1.1.Получение зонда
3.1.1.2. Получение тотальной ПЦРбиблиотски генома
3.1.1.3. Гетерологичная гибридизация i vi и экстракция гибридных молекул
3.1.2. Картирование районов, гомологичных хромосоме 3 человека у хищных, парнокопытных и зайцеобразных.
3.1.2.1. Район, гомологичный хромосоме 3 человека, у хищных.
3.1.2.2. Район, гомологичный хромосоме 3 человека, у парнокопытных
3.1.2.3. Район, гомологичный хромосоме 3 человека, у зайцеобразных
3.2. Реципрокный пэйнтинг хромосом собаки, человека и лисицы с использованием соргинговых библиотек.
3.3. Получение районспецифичных библиотек для многоцветного бэндинга всех хромосом
КАРИОТИПА ЧЕЛОВЕКА.
3.3.1. Создание районспецифичных библиотек.
3.3.2. Многоцветный бэндинг
3.3.3. Применение метода в клинической диагностике.
3.4. Исследование Вхромосом енотовидной собаки и восточноазиатской мыши с помощью микродиссекции И ДВУХЦВЕТНОЙ I.
3.4.1. Вхромосомы енотовидной собаки
3.4.2. Вхромосомы восточноазиатской мыши.
ГЛАВА 4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫ ВОДЫ м.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Апробация работы. Ежегодный Конгресс Немецкого общества генетики человека, Австрийского общества генетики человека и Швейцарского общества медицинской генетики Любек, ФРГ, марта года. Европейский коллоквиум по цитогенетике домашних животных Брно, Чехия, июня года. Европейская конференция по количественной молекулярной цитогенетике Саламанка, Испания, апреля года. Европейская цитогенетическая конференция Париж, Франция, 7 июля года. Международный конгресс по генетике человека Вена, Австрия, мая года. Семинар международного центра науки и технологии Новосибирск, Россия, апреля года. Международная хромосомная конференция Вюрцбург, ФРГ, сентябрь года. Собрание американского общества генетики человека СанДиего, США, октябрь года. По материалам работы было опубликовано пять статей в зарубежных журналах и три статьи отправлены в печать. Вклад автора. Автором выполнена значительная часть работы по созданию микродиссекционных районспецифичных проб для хромосом 14, 6, X человека. Работа включала микродиссекцию части библиотек, процедуры обработки и амплификации ДНК микродиссектированного материала всех библиотек, оценку качества полученных зондов с помощью I, многоцветный бэндинг хромосом , 8, , , и . Работа была выполнена в Институте генетики человека и антропологии совместно с д. Рубцовым Н. Б., профессором Клауссеном, дром Лиром, Хеллер А. Штарке X. Работы по разработке метода отбора библиотек ДНК на магнитных микрочастицах, исследованию эволюции района, гомологичного хромосоме 3 человека, у млекопитающих, получению районспецифичных проб Вхромосом енотовидной собаки и восточноазиатской мыши и исследованию структуры добавочных элементов этих видов проведены самостоятельно. Работа по многонаправленному пэйнтингу человексобакалисицапесец была проведена совместно с . . Графодатским, . . Сердюковой и группой из Кембриджского университета Великобритания под руководством дра Янга. Структура и объем диссертации. Работа состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и обсуждения, заключения, выводов и списка цитируемой литературы, содержащего 8 ссылок. Диссертация изложена на 0 страницах машинописного текста, содержит 5 таблиц и рисунков. Глава 1. Основой сравнительного картирования геномов млекопитающих является консерватизм групп сцепления. В отсутствии хромосомных перестроек связи и порядок генов сохраняются. В процессе эволюции хромосомные перестройки неизбежно возникают, разрывая некоторые, но не все предковые сцепленности. Вероятность, что такая сцепленность или синтения будет сохранена, зависит от перестроек, накопленных исследуемыми видами с момента дивергенции. Близкородственные виды обычно накапливают меньше перестроек и, таким образом, имеют более протяженные консервативные сегменты, тогда как далекие виды обычно накапливают много перестроек и имеют короткие консервативные районы. Однако в некоторых филогенетических линиях обнаруживается значительный консерватизм, тогда как в других значительные хромосомные перестройки. Эта мозаика консервативных и перестроенных сегментов, которые обнаруживаются при сравнении хромосомных локализаций гомологичных генов у разных видов, дает представление об общих закономерностях организации и эволюции геномов. Хотя накопление данных по генетическому картированию позволило оценивать районы синтении у некоторых хорошо изученных млекопитающих, точные границы гомологичных районов все же не были определены. Сравнительные исследования характера ОТЭисчерченности не позволяют надежно идентифицировать хромосомные гомологии для представителей отдаленных видов млекопитающих. На новый уровень вывел исследователей метод сравнительного хромосомного пэйнтинга или гооРН, в котором хромосомспецифичные зонды одного вида животных гибридизуют на хромосомы других видов животных. Полученная информация почти полностью соответствует имеющимся данным по генетическому картированию и позволяет устанавливать филогенетические отношения внутри таксонов.