Цитогенетическая и молекулярная организация B-хромосом хищных семейства Canidae

• Автор: Юдкин, Дмитрий Владимирович
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 110 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. ВХРОМОСОМЫ

1.1.1. Происхождение и эволюция Вхромосом.

Ф .1.1. Происхождение Вхромосом

.1.2. Храповик Мюллера в эволюции Вхромосом.

1.1.2. Вхромосомы млекопитающих.

1.1.3. Вхромосомы млекопитающих из отряда хищных

1.1.4. Молекулярный состав Вхромосом

1.1.4.1 Рибосомная ДНК.
1.1.4.2 Т ранспозоны.
1.1.4.3. Теломерные повторы
1.1.4.4. Другие виды повторенной ДНК.
1.2. Структура и функции гена СКТ.
1.2.1. Структура, экспрессия и локализация гена СКТ
1.2.2. Структура тирозинкиназного рецептора i.
1.2.3. i лиганд
1.2.4. Сигнальные пути, активируемые рецептором i
1.2.5. Мутации гена I
1.2.6. Амплификация гена I.
1.3. Кариотипические и филогенетические характеристики некоторых
ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ семейства i.
1.3.1. Кариотипические взаимоотношения в семействе i.
1.3.2. Филогенетические отношения в семействе i
1.3.3. Геном собаки как один из базовых геномов в современных исследованиях
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. МАТЕРИАЛЫ
2.2. МЕТОДЫ.
2.2.1. Реамплификация библиотек в ПЦР
2.2.2. Мечение зондов в ПЦР
2.2.3. Полимеразная цепная реакция.
2.2.4. Мечение ВАС в реакции Iтрансляции.
2.2.5. Получение ДНК лисицы
2.2.6. Получение препаратов метафазных хромосом
2.2.7. Дифференциальная окраска хромосом.
2.2.8. Флуоресцентная i i гибридизация.
2.2.9. iI
2.2 Саузернблот гибридизация
2.2 Дотблот гибридизация интрона гена I с геномной ДНК разных
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
3.1. Локализация гена I на Вхромосомах различных видов.
3.1.1. Локализация I на хромосомах лисицы
3.1.2. Локализация I на хромосомах енотовидной собаки
3.1.3. Локализация I на хромосомах собаки и песца
3.1.4. Оценка дозы гена I
3.2. Анализ структуры гена I, локализованного в Вхромосомах.
3.2.1. Анализ геномных блотов
3.2.2. Определение экзонинтронной структуры гена I, локализованного в Вхромосомах.
3.3. Определение размера аугосомного фрагмента, встроенного в Вхромосому .
3.3.1. Локализация генов, окружающих I, на хромосомах i
3.3.2. Скрининг Вхромосомных библиотек с помощью ПЦР
3.4. Локализация различных видов повторов на Вxx
3.4.1. Локализация генов рибосомных РНК
3.4.2. Локализация I
3.4.3. Локализация повтора.
ГЛАВА 4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


В Лаборатории цитогенетики человека и животных ИЦиГ СО РАН проводятся работы по сравнительному картированию геномов собаки и лисицы, в рамках совместного проекта с Институтом Ветеринарии Корнельского университета НьюЙорк, США. В ходе этих работ, один из ВАСклонов, содержащий последовательности онкогена I собаки, кроме сигналов на аутосомах, дал дополнительные сигналы на Вхромосомах лисицы В. Р. Беклемишева, Н. В. Воробьева, личное сообщение. Этот ген кодирует трансмембранную рецепторную тирозинкиназу, которая играет очень важную роль при дифференцировке и пролиферации гемопоэтических клеток, меланобластов и ранних половых клеток , . Известно, что мутации в гене I, а также изменение его копийности в геноме например, дупликации щ приводят к тяжелым для организма последствиям нарушениям пигментации, различным видам рака. Район, гомологичный гену I, был обнаружен в средней части генома провируса саркомы кошек ХардиЗукермана 4, и назван, соответственно, vi. . . , ii . Поскольку Вхромосомы считаются генетически инертными элементами возникает вопрос, почему такой важный ген, копийность которого является критической для нормального функционирования организма, локализован в добавочных хромосомах, число которых варьирует. Еще одна проблема это происхождение Вхромосомной копии гена. Источником дополнительной копии СК1Т может быть аутосома непроцессированный ген или копия тРНК или геном провируса. Вхромосомы млекопитающих еще интересны потому, что их частота встречаемости в этом классе минимальна среди всех групп организмов, несущих добавочные элементы, что вероятно, связано с низкой толерантностью млекопитающих к лишней ДНК. Тем не менее, у млекопитающих существует большое разнообразие систем добавочных элементов. Все это делает данный класс очень удобным объектом для исследования Вхромосом, как в плане анализа их структуры и молекулярного состава, так и в плане выяснения их функций. Цели и задачи исследования. Целью данной работы является исследование структуры и возможных функций добавочных хромосом Сап1бае. Локализовать ген СЮТ на метафазных хромосомах видов семейства Сатбае, содержащих Вхромосомы, а так же на метафазных хромосомах близкородственных видов, не содержащих добавочные элементы. Исследовать структуру Вхромосомной копии гена СК1Т и сравнить ее со структурой этого же гена, локализованного в аутосомах. Провести исследование добавочных элементов на предмет присутствия в них других последовательностей, окружающих ген СК1Т, в аутосоме. Проанализировать распределение повторенных последовательностей в Вхромосомах. Научная новизна и практическая ценность. Впервые в добавочных хромосомах млекопитающих был локализован уникальный ген СК1Т, псевдоген Ир3а и часть гена КОИ. Проанализирована структура Вхромосомной копии гена СК1Т. Впервые определено, что добавочные хромосомы представителей Сатбае содержат протяженный фрагмент гомологичный фрагменту . Впервые предположено единое аутосомное происхождение Вхромосом лисицы и енотовидной собаки. Апробация работы. Международное рабочее совещание Происхождение и эволюция биосферы Новосибирск, июня г. XV Всероссийское совещание Структура и функции клеточного ядра СанктПетербург, октября г. Отчетная сессия Института Цитологии и Генетики г. Конференция Современные проблемы генетики, радиобиологии, радиоэкологии и эволюции им. Н.В. Конгресс Международного Цитогенетического Общества Университет Кента, Великобритания, июня г. Вклад автора. Автором выполнены все работы по локализациям с помощью I, а также скрининг Вхромосомных библиотек с помощью ПЦР. Саузернблот гибридизация и секвенирование проведены совместно с . . Кукековой Корнельский университет, НьюЙорк, США. Структура и объем диссертации. Работа состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и обсуждения, заключения, выводов и списка цитируемой литературы, содержащего 5 ссылок. Диссертация изложена на 0 страницах машинописного текста, содержит 5 таблиц и рисунков.