Характеристика хроматина, различающегося транскрипционной активностью и связью с ядерным матриксом, в динамике регенерационного процесса в печени после частичной гепатэктомии

• Автор: Дудко, Артур Александрович
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2005
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 147 с. : ил.

Введение

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Молекулярная организация и генетическая активность хроматина

1.2. ДНК связанные липиды

1.2.1 Взаимодействия липид ДНК и липидхроматин хромосома

1.3. Влияние липидов на генетические процессы

1.3.1. Влияние липидов на репликацию ДНК

1.3.2. Влияние липидов на транскрипцию

1.4. Механизм изменения состава липидов в ядре

1.5. Особенности строения и регуляции генов раннего ответа типа с, , р

ГЛАВА II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 .Объект исследования
2.2. Проведение частичной гепатэктомии ii , .М.
2.3.Методика выделения ядер
2.4.Фракционирование хроматина
2.5.Определение белка Бредфорд М.М.
2.6.Электрофорез белка по i
2.7. Спектрофотометрическое определения ДНК и РНК
2.8.Определение содержания ДНК с дифениламином
2.9.Выделение ДНК
2Постанонка ПЦРамплификация участка ДНК
2Выделение РНК
2 Амплификация генов раннего ответ с применением обратной транскрипции
2 Электрофорез ДНК в агарозном геле.
2 Определение содержания РНК с орцином
2 Экстракция липидов i ,
2 Приготовление тонких слоев силикагеля
2Фракционирование липидов в тонких слоях силикагеля
2 Обнаружение и идентификация липидов на хроматограмме
2 Количественное определение фосфолипидов УазкоУБку У.Е., Кое1зку Е.У.
2 Количественное определение нейтральных липидов 2. ГБКтест
2Определение диеновых и трисновых коныогатов
2Молекулярное моделирование взаимодействия липидов с ДНК
2 Статистическая обработка
ГЛАВА III. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Активность генетических процессов в хроматине, различающемся связью прикрепления к ядерному матриксу, в печени мышей после частичной гепатэктомии
3.2. Особенности спектра липидов фракций хроматине в норме
3.3. Особенности перестройки спектра липидов во фракциях хроматина печени после частичной гепатэктомии
3.4. Перекисное окисление липидов во фракциях хроматина клеток печени в динамике регенерационного процесса
3.5. Моделирование методом молекулярной механики
взаимодействий ДНКлипид
Заключение
Список используемой литературы
Список используемых сокращений
ФХ фосфатидилхолин ФЭЛ фосфатидилэтаноламин ФС фосфатидилссрин ФИ фосфатидилинозитол КЛ кардиолипин СФМ сфингомиелин ЭХЛ эфир холестерола ХЛ холестерол
ЛизоФЛ лизоформы фосфолипидов
ГГ триацилглицсролы
АГ ацил гл и неролы
СЖК свободные жирные кислоты
ДГ диацил глицерол
Хр1 хроматин
Хр2 хроматин
ХрВС хроматин высоко солевой
ХрЯМ хроматин ядерного матрикса
Е1о1 полная энергия
Еьопа энергии связи
АТю пар аденина тимина
ССю Ю пар гуанина цитозина
Введение
Актуальность


Выявление периодичности изменений в липидном спектре, сопряженное с изменением активности процессов транскрипции и репликации, является важнейшей предпосылкой для эффективного использования специфических композиций липидов для ускорения репарационного процесса в печени. Полученные данные могут быть использованы в клинике, учебном процессе, в таких курсах как генетика, клеточная биология, патофизиология. Апробация работы. Материалы диссертации, были доложены и обсуждены на российских и международных конференциях международной конференции Междисциплинарный уровень интеграции современных научных исследований г. Анталия, Турция, г. Современные медицинские технологии диагностика, терапия, реабилитация и профилактика г. Умаг, Хорватия, г. Фундаментальные и прикладные исследования в медицине о. Крит, Греция, г. Высокие технологии г. Париж, Франция, г. Современные проблемы науки и образования г. Хургада, Египет, г. Актуальные проблемы экологической физиологии, биохимии и генетики животных г. Саранск, Россия, г. Огаревских чтениях научных конференциях Мордовского государственного университета г. Публикации По теме диссертации опубликовано работ. Структура и объем работы Диссертация изложена на 7 страницах машинописного текста, содержит таблиц, рисунка, состоит из введения, обзора литературы I глава, материалов и методов исследований II глава, результатов собственных исследований и обсуждение результатов исследований III глава, выводов и списка используемой литературы. Библиографический указатель включает 9 библиографических источников, в том числе 3 на иностранных языках. ГЛАВА I. Согласно современным представлениям хроматин представляет собой сложный нуклеопротеиновый комплекс, содержащий, хотя и в относительно небольших количествах, липиды. Хроматин в среднем содержит ДНК, гистонов и негистоновых белков, 0, нейтральных липидов, 0, фосфолипидов Стручков В. А. и др. Структуру хроматина рассматривают на нескольких уровнях его организации. Первоначально хроматин представляет собой цепь нуклеосом. В состав нуклеосом входят октамеры коровых гистонов НЗН4Н2АН2В и ДНК длиной около 5 т. По данным электронной микроскопии, кор нуклеосомы имеет вид цилиндра диаметром ,7 нм со средней высотой около 5,5 нм. Центральное место в октамере занимает тетрамер гистонов Н3Н, фланкирующими являются димеры Н2АН2А . Центральную часть нуклеосомы формируют гистоновыс белки, окруженные слоем сильно увлажненной ДНК отрезок ДНК в 0 пар оснований содержит около воды и фрагментами молекул гистонов . Гистоновые хвосты представляют собой неупорядоченные концевые участки гистонов, выходящие за пределы нуклеосомной частицы. Они обогащены положительно заряженными остатками и подвергаются обратным посттранскрипционным модификациям, в частности, ацилированию Сиволоб , . Збарский Н. Б., i . В интерфазном ядре хроматин организован в петлевые домены 0 тыс. V. . Длинна фрагментов ДНК, имеющих точки прикрепления, не превышает нуклеосом или п. ДНК. Ядерный матрикс включает в себя ламину и внутренний ядерный матрикс, соответствующий нуклеонемам. Ламина представляет собой фиброзный слой ядерной оболочки с поровыми комплексами, внутриядерную фибрилярногранулярную сеть Збарский И. Б., и др. Основным компонентом ядерного матрикса являются негистоновые белки , на остальные компоненты, такие как ДНК, РНК, а также нейтральные и фосфолипиды приходится . Ядерный матрикс играет важную роль в инициации транскрипции и репликации ДНК, он содержит
большое количество фермента топоизомеразы И, которая, как полагают, участвует в прикреплении ДНК к ядерному скелету ii . ДНК хроматина остающаяся прикрепленной к ядерному скелету после переваривания рестриктазами или нуклеазами, обогащена транскрибирующими последовательностями и РНКполимеразой II , представляет собой участки размерами 0 п. Места стабильного прикрепления хромосом к ядерной ламине и соответственно к ядерной оболочке находятся в области центромеров иили теломеров. Установлена связь ядерного матрикса, транскрипционного комплекса и прочно связанных с ДНК белков р, р, р, р, рЗ 1, р и р кДа.