Оптимизация диагностики хромосомных аномалий человека

• Автор: Гайнер, Татьяна Александровна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2004
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 127 с. : ил.

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Этапы развития цитогенетики человека.

1.2. Хромосомные аберрации

1.2.1. Численные хромосомные аберрации

1.2.2. Структурные хромосомные аберрации

1.3. Методы цитогенетического анализа

1. 3.1. Методы дифференциального окрашивания хромосом.

1.3.2. Метод i i гибридизации нуклеиновых кислот

1.3.2.1. ДНКпробы, используемые в гибридизации i i.

1.3.2.2. Супрессионная гибридизация i i и обратный пэйнтинг.

1.3.2.3. Интерфазный Iанализ
1.3.2.4. Многоцветная i i гибридизация
1.3.2.4.1.I .
1.3.2.4.2. Спектральное кариотипирование i
1.3.2.4.3. xI.
1.3.2.4.4. Многоцветный бэндинг индивидуальных хромосом МСВ i i
1.3.2.5. Сравнительная геномная гибридизация
1.3.2.6. Методы идентификации маркерных хромосом
1.3.2.6. .I.
1.3.2.6.2. I.
1.3.2.6.3. I
1.3.2.7. Методы пренатальной цитогенетической диагностики.
1.4. Сравнение возможностей использования различных методов цитогенетического анализа для целей диагностики хромосомной патологии
человека.
Глава 2. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ
2.1. Получение препаратов метафазных хромосом.
2.1.1. Культивирование лейкоцитов периферической крови
2.1.2. Фиксация митотических клеток.
2.1.3. Приготовление препаратов метафазных хромосом для окрашивания.
2.1.4. Приготовление препаратов метафазных хромосом для I
2.1.5. Приготовление препаратов метафазных хромосом для микродиссекции
2.2. дифференциальное окрашивание метафазных хромосом.
2.3. Микродиссекция метафазных хромосом.
2.3.1. Подготовка микропипеток и игл для микродиссекции.
2.3.2. Проведение микродиссекции хромосом.
2.4. Полимеразная цепная реакция с частично вырожденным праймером ii i i i .
2.5. Мечение ДНК микродиссекционных ДНК библиотек.
2.6. Получение 2 ДНК из плаценты человека.
2.7. Супрессионная i i гибридизация.
2.8. Детекция на цитологических препаратах меченых ДНКпроб.
2.8.1. Детекция на цитологических препаратах биотин дУТФ меченых ДНКпроб
2.8.2. Выявление ДНКпроб, меченых дигоксигениндУТФ.
2.9. Создание ДНКпробы, специфичной теломерным повторам всех хромосом человека методом ПЦР
2 Получение ДНКпробы, специфичной ядрышкообразующим районам всех хромосом человека.
2 Получение ДНКпробы, гомологичной повтору, с помощью ПЦР
2 Получение ДНКпроб, специфичных эухроматиновому материалу хромосом, методом I ПЦР.
2 Одновременное выявление двух гаптенмеченых ДНКпроб
2 Многоцветный бэндинг хромосом.
2 Микроскопический анализ препаратов метафазных хромосом
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
4 3.1. Первичный цитогенетический анализ хромосомных аномалий.
3.2. Анализ маркерных хромосом с помощью молекулярноцитогенетических методов.
3.2.1. Анализ организации маркерных хромосом X микродиссекцией и i i гибридизацией ДНКпроб, специфичных X, а также i i гибридизацией с ДНК
иробами, специфичными теломерным повторам и рибосомальной ДНК
3.2.2. Детекция эухроматиновых районов хромосом человека.
3.2.2.1. ДНКпробы для выявления эухроматиновых районов
3.2.2.2. Распределение и I1 повторенных последовательностей ДНК в хромосомах человека
3.2.2.3. ДНКпробы, основанные на повторенных диспергированных последовательностях
Щ 3.2.2.4. I с метафазными хромосомами человека меченного повтора и
продукта I.
3.2.2.5. I I и ДНКпроб с X человека
3.3. Анализ делеций с помощью методов микродиссекции и обратного пэйнтинга. .
3.4. Анализ транслокаций молекулярноцитогенетическими методами
3.4.1. Анализ хромосомных транслокаций с помощью гибридизации с хромосомоспецифичными зондами
3.4.2. Анализ хромосомных транслокаций методами микродиссекции и обратного
пэйнтинга
3.5. Анализ инверсии хромосомы 7 с помощью многоцветного бэндинга.
Глава 4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.
БСА бычий сывороточный альбумин.
ГНОКДЦ Государственный Новосибирский областной клинический
диагностический центр
МГО Медикогенетический отдел
МВПР множественные врожденные пороки развития
млн.п.о. миллион пар оснований.
МРТ магнитнорезонансная томография
X маркерная хромосома
п.о. пара оснований.
т.п.о. КЬ тысяча пар оснований.
ФГА фитогемагглютинин.
ФСГ фолликулостимулирующий гормон цнс центральная нервная система ЭДТА этилендиаминтетраацетат.
цифровая камера vi .
I4,6 диамидино2фенилиндол.
ii i, ПЦР с вырожденным праймером. I флуоресцентная i i гибридизация I флуоресцеинизотиоционат.
IДНКпроба меченый продукт I
I полимеразная цепная реакция с праймерами, гомологичными последовательностям флангов повтора
I длинные диспергированные повторы i . фосфатный буфер.
додецилсульфат натрия.
I короткие диспергированные повторы i . iii искусственная дрожжевая хромосома.
ВВЕДЕНИЕ.
Актуальность


В проведенном исследовании предложен и использован новый метод оценки возможного клинического значения сверхчисленных маркерных хромосом. Выявлен и детально описан ряд хромосомных аберраций, в том числе уникальных, не имеющих аналогов в литературе. Определена доля пациентов, имеющих структурные аберрации хромосом и нуждающихся в уточнении диагноза молекулярноцитогенетическими методами. Предложена и отработана схема эффективного взаимодействия клинических и исследовательских лабораторий при проведении детального анализа хромосомных аномалий. Результаты настоящего исследования используются в медикогенетическом консультировании, пренатальной диагностике. Новосибирской государственной медицинской академии при подготовке и переподготовке врачей различных специальностей и студентов. Апробация работы. Конференция Генетика человека и патология ноября г. Конференция Наследственные болезни и патология человека октября г. Всероссийская научнопрактическая конференция Современные достижения клинической генетики ноября г. Публикации. Карамышева Т. В., Матвеева В. Г., Саблина О. В., Сосницкая С. В., Гайнер Т. А, Рубцов Н. Б. Микродиссекционные технологии в диагностике врожденных аномалий хромосом человека опыт медицинских и научно исследовательских учреждений. Материалы научного совета Подпрограммы Геном человека, сборник отчетов за год. Москва . Н.Б. Рубцов, Т. В. Карамышева, В. Г.Матвеева, О. В.Саблина, С. В.Сосницкая, О. В.Лндреенкова, Т. А. Гайнер, М. М.Дегтярева. Обратная I I гибридизация ДНКзондов аномальных хромосом в диагностике хромосомных патологий. Генетика. Т С. Н.Б. Рубцов, Т. В . Карамышева, Т. А.Гайнер. Молекулярноцитогенетическая диагностика хромосомных патологий человека возможности и перспективы. Генетика человека и патология, Сборник научных трудов, Выпуск 6, Российская Академия Медицинских Наук, Сибирское Отделение, Томский Научный Центр, НИИ Медицинской Генетики, . Рубцов Н. Б., Карамышева Т. В., Гайнер Т. А. Сверхчисленные маркерные хромосомы. Медицинская генетика. Гайнер Т. А., Карамышева Т. В., Матвеева В. Г., Рубцов Н. Под ред. В.Г. Колоколова, П. Г. Малькова, П. И. Заварзина. Омск ГУЗ Омский диагностический центр. С. . Гайнер Т. А., Карамышсва Т. В., Рубцов Н. Б., Матвеева В. Г. Диагностика хромосомной патологии эффективность и возможности ее повышения. Сборник Наследственные болезни и патология человека Новосибирск. С. . Карамышсва Т. В., Гайнер Т. А., Матвеева В. Г., Рубцов Н. Б. Диагностика малых сверхчисленных маркерных хромосом человека. Сборник Наследственные болезни и патология человека Новосибирск. С. . Рубцов Н. Б., Карамышева Т. В., Гайнер Т. А., Шкляева Анализ маркерных хромосом ДНК пробы для оценки возможного клинического значения маркерной хромосомы. Медицинская генетика. Т.2. Н.Б. Рубцов, Т. В. Карамышева, Т. А. Гайнер. ГЛАВА 6. Современные методы молекулярноцитогенетического анализа и диагностика хромосомных патологий в книге Геномика медицине. Москва. Академкнига. С. . Вклад автора. Автор работает врачомлаборантомгенетиком цитогенетической лаборатории медикогенетического отдела МГО Государственного Новосибирского областного клинического диагностического центра ГНОКДЦ. Ню лично с помощью методов дифференциального окрашивания проведен анализ хромосом пятнадцати из двадцати включенных в данную рабогу пациентов ГНОКДЦ. Автор принимала участие в планировании и проведении молекулярноцитогенетических исследований, включая получение ДНК проб и I, в микроскопическом анализе результатов I и в обсуждении полученных результатов. Исследования проводились на базе цитогенетической лаборатории медикогенетического отдела ГНОКДЦ и лаборатории морфологии и функции клеточных структур Института цитологии и генетики СО РАН. Структура н объем диссертации. Работа состоит следующих разделов введение, обзор литературы, материал и методы, результаты и обсуждение, заключение, выводы и список литературы, включающий 1 ссылку. Диссертация изложена на 7 страницах машинописного текста, иллюстрирована рисунками и содержит 1 таблицу.