Картирование генов свиньи с помощью различных типов межвидовых клеточных гибридов

• Автор: Иванова, Елена Викторовна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2000
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 116 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Картирование геномов млекопитающих.

1.1.1. Типы маркеров, использующихся при построении карт геномов

1.1.2. Сравнительное картирование геномов млекопитающих.

1.2. Методы построения цитогенетических карт

1.2.1. Картирование с помощью гибридов соматических клеток

1.2.1.1. Монохромосомные гибрида соматических клеток

1.2.2. Способы идентификации хромосом и хромосомных перестроек в

клеточных гибридах
1.3. История создания радиационных клеточных гибридов, РГ
картирование генома человека
1.3.1. Эксперименты Госса и Харриса.
1.3.2. Хромосомоспецифичные РГ панели
1.3.3. Геномные РГ панели.
1.3.4. РГ картирование млекопитающих
1.3 .5. Создание РГ карт.
1.3.5.1. Получение РГ панели
1.3.5.2. Статистический анализ РГ данных
1.3.6. Сравнение РГ и других методов картирования.
1.4. Современное состояние картирования генома свиньи, сравнение с
другими видами
1.4.1. Генетическое картирование свиньи.
1.4.2. Цитогенетическое картирование свиньи.
1.4.2.1. Картирование маркеров 1 типа у свиньи
Глава 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Линии клеток.
2.2. Методы работы с культурами клеток.
2.2.1. Получение культуры лейкоцитов периферической крови свиньи
2.2.2. Культивирование клеточных культур.
2.2.3. Субклонирование клеточных культур.
2.2.4. Получение межвидовых клеточных гибридов свинья норка
методом слияния в монослое.
2.2.5. Получение межвидовых клеточных гибридов свинья норка
методом слияния в суспензии
2.2.6. Получение радиационных клеточных гибридов.
2.3. Методы цитогенетического анализа
2.3.1. Фиксация культуры лейкоцитов крови свиньи.
2.3.2. Фиксация культур клеток.
2.3.3. трипсин окрашивание метафазных хромосом.
2.3.4. Подготовка препаратов для микродиссекции
2.4. Методы работы с ДНК.
2.4.1. Выделение суммарной ДНК свиньи
2.4.2. Мечение зонда биотином i или дигоксигенином i
методом никтрансляции
2.4.3. Мечение зонда биотином i в II ПЦР.
2.4.4. Получение ДНК свиньи.
2.4.5. Гибридизация i i
2.5. ПЦР анализ
2.6 Статистический анализ данных радиационного картирования
Глава 3 РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Получение и анализ гибридной клеточной линии с одной
хромосомой свиньи
3.2. Использование нового подхода для анализа сложтлх хромосомных
перестроек в гибридах соматических клеток
3.2.1. Хромосомный и генный состав гибридного клона и его субклонов.
3.2.2. Получение хромосомспецифических ДНКбиблиотек
3.2.3. Определение происхождения хромосомного материала перестроенных хромосом.
3.2.4. Анализ сегрегации гена ТК1 и хромосомного материала свиньи
3.3. РГ картирование хромосомы 2р свиньи
3.3.1. Получение РГ панели
3.3.2. Цитогенетический анализ РГ клонов
3.3.3. Создание РГ карты
3.3.3.1. Локализация генов на РГ карте
3.3.4. Сравнение РГ и генетической карт хромосомы 2р свиньи.
3.3.5. Геномная РГ карта свиньи, сравнение ее 2ррайона и РГ карты
3.3.6. Сравнение РГ и цитогенетических карт свиньи и человека.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Определение происхождения хромосомного материала перестроенных хромосом. Сравнение РГ и генетической карт хромосомы 2р свиньи. Сравнение РГ и цитогенетических карт свиньи и человека. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ. СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ. V iii искусственная дрожжевая хромосома. ВВЕДЕНИЕ. Актуальность проблемы. В настоящее время картирование хромосом млекопитающих является одним из основных направлений генетики. На сегодня в него вовлечено более ти видов из 8ми отрядов млекопитающих, а также несколько видов птиц и рыб v, . Однако, интенсивным исследованиям подвергаются геномы примерно ти видов позвоночных, и наибольший прогресс достигнут в картировании геномов человека, мыши, крысы и некоторых сельскохозяйственных и домашних животных i . Эра интенсивного картирования хромосом млекопитающих началась более ти лет назад с открытия явления сегрегации хромосом в межвидовых гибридах соматических клеток. Для многих видов были созданы специальные наборы клеточных гибридов, названные панелями, и позволяющие картировать на хромосомы маркеры различных типов, проявляющие межвидовой полиморфизм, а гибриды с хромосомными перестройками использовать для субхромосомной локализации генов. Важным элементом картирования с помощью клеточных гибридов является точное выявление в них всего генетического материала исследуемого вида. Однако, часто дифференциальное окрашивание хромосом или даже такие современные подходы, как обратная гибридизация i i или анализ ПЦР маркеров с известной локализацией, не позволяют решить эту проблему, особенно в случае анализа сложных хромосомных перестроек. Поэтому усовершенствование известных и поиск новых методов идентификации хромосом и хромосомных пересгроек картируемого вида в клеточных гибридах не теряет своей актуальности. В последние годы метод межвидовой соматической гибридизации получил буквально второе рождение в связи с активным вовлечением в картирование радиационноиндуцированных клеточных гибридов. Несмотря на то, что РГ метод относят к физическим методам картирования, при его использовании, также как и при генетическом анализе, наиболее вероятный порядок маркеров и расстояния между ними устанавливаются с помощью статистических методов, основывающихся на данных по сохранению маркеров в РГ клонах. При проведении картирования хромосом млекопитающих, в том числе видов, важных для хозяйственной деятельности человека видов, ставятся две основные цели. Это, вопервых, построение карт геномов высокого разрешения и их использование для идентификации, молекулярного анализа и выделения локусов, определяющих экономически важные признаки или имеющих биомедицинское значение. В связи с этим ведется поиск полиморфных маркеров, тесно сцеплегшых с генами, вносящими главный вклад в формирование и, позволяющих более эффективно проводить селекцию по нужному признаку. Большую роль в этом поиске играет построение генетических и радиационных карт, на которые наносят высокополиморфные локусы, в настоящее время, главным образом, микросателлиты. Второй основной целью картирования является сравнение карт разных видов с целью изучения организации геномов млекопитающих, эволюции их кариотипов и определения предкового кариотипа млекопитающих. Большую роль в сравнительном картировании в настоящее время играет определение границ районов истинной хромосомной гомеологии, дня которых характерен не только консерватизм состава, но и порядка генов. Выявление таких районов становится возможным при получении детальных карт геномов, выстраивающих в точном порядке как можно большее число эволюционноконсервативных, т. Это особенно важно для применения стратегии позиционного клонирования с целью выделения нужных генов. Активно проводящееся в последние годы сравнение геномов на основе гетерологичного пейнтинга удобно для видов со слабо насыщенными геномными картами и представляет собой скорее первоначальный анализ кариотипов. Однако, для установления минимальных эволюционноконсервативных районов необходимы более высокоразрешающие методы картирования.