Микро- и макросателлиты генома мягкой пшеницы и ее сородичей

• Автор: Песцова, Елена Геннадьевна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2000
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 138 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Общая характеристика растительного генома. Диспергированные и тандемные повторяющиеся последовательности ДНК
1.2. Основные классы тандемных повторяющихся последовательностей сателлитных повторов злаков .

1.2.1. Гены рибосомальных РНК

1.2.2. Теломерные и субтеломерные сателлитные повторы .

1.2.3. Микросателлиты

1.3. Механизмы возникновения, распространения и эволюции сателлитных повторов.

1.4. Роль сателлитных повторов в структурнофункциональной организации генома

1.5. Применение зондов на основе тандемных повторяющихся последовательностей для изучения геномов злаков.
1.6. Организация генома мягкой пшеницы
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ. . .
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ.
3.1. БреШ новое семейство макросателлитных последовательностей злаков.
3.1.1. Клонирование семейства тандемных повторяющихся последовательностей генома Ае. 5реосУе5. Общая характеристика семейства повторов БреШ
3.1.2. Количественный анализ содержания повторяющейся последовательности БреШ у различных видов ТгШсеае.
3.1.3. Идентификация хромосом, несущих теломерные блоки повтора 1, у тетраплоидных пшениц
3.1.4. Анализ структурной организации семейства повторов 1 в геномах различных злаков
3.2. Динуклеотидные микросателлитные повторы.
3.2.1. Клонирование микросатеплитов из гипометилированной фракции генома Ае. ii. Эффективность различных геномных библиотек
3.2.2. Получение и картирование микросателлитных маркеров
3.2.3. Микросателлитный анализ вида Ае. ii.
3.2.4. Эффективность применения вновь полученных маркеров для исследования генома Т. iv
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Геномная организация и эволюция семейства макросателлитных повторов
4.2. Микросателлитные повторы ДНК Ае. ii и Т. iv. .
4.2.1. Ае. ii как источник микросателлитных маркеров
для мягкой пшеницы
4.2.2. Полиморфизм микросателлитных локусов Ае. ii
и Т. iv
4.3. Сравнительный анализ микросателлитных и макросателлитных последовательностей ДНК
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Кодирующие последовательности ДНК гены принадлежат, в основном, к уникальной фракции генома, их количество сопоставимо у различных растительных видов и не оказывает значительного влияния на колебания содержания ДНК в ядре. Варьирование параметра С происходит, в основном, за счет различного количества повторяющихся последовательностей ПП в геноме v . v, . Первые данные о существовании повторяющейся фракции генома были получены при изучении кинетики реассоциации ДНК i , . Высокоповторяющиеся и палиндромные последовательности ДНК относятся к быстро реассоциирующей фракции, в то время как уникальные последовательности реассоциируют в последнюю очередь. У растений процентное содержание ПП в геноме варьирует от до . i, i . Геном злаков особенно богат повторами, которые составляют, по разным оценкам, от до геномной ДНК v . v, i, . Различные семейства ПП отличаются степенью внутренней гомологии, количеством копий и организацией в геноме, локализацией на хромосомах и распределением среди различных видов. На основании структурной организации и локализации на хромосомах ПП делят на диспергированные и тандемные повторы, но следует отметить, что данное деление на классы не исключает наличие в геноме промежуточных вариантов. Тандемные повторы представляют собой кластеры многократно повторенной мономерной последовательности, в которых отдельные мономеры следуют непрерывно друг за другом. Такие последовательности предпочтительно локализуются в определенных районах хромосом, таких как центромеры, теломеры, интеркалярный гетерохроматин. Диспергированные повторы представлены последовательностями, расположенными поодиночке в различных сайтах генома, т. ДНК. Основную часть диспергированных повторов растений составляют мобильные элементы. Существует нескольно различных классификаций мобильных элементов . , i . i, , . Согласно классификации Шмидта i, , мобильные элементы подразделяются на два основных типа в зависимости от сп особа перемещения по геному транспозоны и ретроэлементы. Транспозоны перемещаются с помощью механизма вырезания встраивания фрагментов ДНК или посредством ДНК репликации. РНКинтермедиатов. Первым транспозоном, найденным у растений, был контролирующий элемент кукурузы i, . В настоящее время транспозоноподобные структуры описаны для многих видов растений, они широко применяются в генетических и молекулярных исследованиях , . Общей чертой всех транспозоноподобных элементов является наличие терминальных инвертированных повторов, которые, вероятно, играют важную функциональную роль при перемещениях данных элементов. Транспозоны могут быть автономными и неавтономными, что определяется наличием активного гена транспозазы, обеспечивающего транспозицию. Размеры транспозоноподобных элементов варьируют в пределах от нескольких сотен пн до тпн , . Количество копий различных семейств транспозонов в геномах растений сравнительно невелико от нескольких десятков до нескольких сотен на геном, вероятно, вследствие их высокой мутагенной активности. Ретроэпементы подразделяются на ретротранспозоны, ретровирусы и другие ретропоследовательности i, . Группа ретротранспозонов является наиболее многочисленной и включает в себя ретротранспозоны, содержащие и не содержащие длинных концевых повторов i . ретротранспозоны особенно широко распространены в геномах растений. У злаков представителями данного класса являются I 1 и 1 элементы ячменя . i , , Щербань и Вершинин, , а также i2 ретротранспозон пшеницы . К ретротранспозонам, не содержащим , относятся I i , имеющие длину несколько тпн, и I i с длиной до нескольких сотен пн. Семейства ретротранспозонов обычно широко дивергированы, и т. i .