Молекулярно-генетический анализ генов IT-15 и DMPK в популяциях и в семьях с миотонической дистрофией и хореей Гентингтона

• Автор: Малышева, Ольга Викторовна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2000
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 175 с. : ил

ОГЛАВЛЕНИЕ

Список сокращений

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Экспансии мнкро и минисателлитных повторов как причина

наследственных болезней человека.

1.2. Общие черты болезней экспансии.

1.3 Типы заболеваний, ассоциированных с экспансиями тринуклеотидных

повторов. Патогенез болезней экспансии.

1.3.1. Заболевания, сопровождающиеся образованием фрагильных сайтов.

1.3.2. Атаксия Фрид рейха экспансия СААповторов в ннтронной части

1.3.3. Нсйродегснсративныс заболевания.
1.3.3.1. Хорея Гентмштона.Ген 1Т
1.3.4. Миотоничсская дистрофия заболевание, ассоциированное с экспансией СТОповторов в Знетранслнруемой области гена. Ген ПМРК
1.4. Модели механизмов экспансии
1.5. Факторы, влияющие на стабильность тринуклеотидных повторов в генах,
ассоциированных с болезнями экспансии
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Реактивы, ферменты, биопрепараты, оборудование.
2.2. Характеристика семей и популяций.
2.3. Методы исследования
2.3.1. Выделение ДНК из лейкоцитов периферической крови.
2.3.2. Выделение ДНК из пятен крови.
2.3.3. Полимеразная целнапя реакцняПЦР
2.3.4. Рестрикция ПЦРфрагменгов эндонуклеазами НшЯ и НЬа
2.3.5. Проведение электрофореза и визуализация результатов
2.3.6. ПЦРанализ количества САОповторов в гене ГГ
2.3.7. Анализ числа трннуклеотидпых повторов по результатам
2.3.8. Рестрикция геномной ДНК эндонуклеазой ЕсоШ.
2.3.9. Гсльэлскторфорсз рсстрицнрованной геномной ДНК
2.3еренос фрагментов ДНК на нейлоновую мембрану.
2.3ерадиоактнвное меченые плазмидной ДНК
2.3Проведсние блОтгибридизацин по Саузерну и иммунологическая детекция связавшейся метки
2.4.Методы статистического анализа
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ.
3.1. Ген ОМРК.
3.1.1.Спектр аллелей СТОповторов гена ОМРК в русской популяции.
3.1.2.Анапиз аллелей СТОповторов гена ОМРК у больных миотоничсской
дистрофией
3.1.2.1. ПЦРанализ.
3.1.2.2. Прямое определение экспансий СТОповторов гена ОМРК у больных миотоничсской дистрофией и членов их семей
3.1.2.3. МД в семье, не имеющей экспансии повторов в гене ОМРК.
3.1.3Анализ гаплотипов хромосом с различным числом повгоров в гене
3.1.3.1. Полиморфные сайты в нитроне 5 и iI в интронс 9 гена
3.1.3.2.Алле ли с инссрцисй и делецией элсмснта и их связь с аллелями повторов и вариантами гаплотипов.
3.2. Ген 1ТНМ
3.2.1. Спектр аллелей повторов гена 1Т в четырех различных популяциях.
3.2.2. Анализ аллелей повторов гена ГГ у больных ХГ.
3.2.3. Аллели повторов гена I в четырех различных популяциях.
3.2.4. Анализ области, содержащей и повторы в целом,.
3.2.5. Анализ гаплотипов повторов в четырех популяциях.
3.2.6. Аллели повторов гена ГГ у больных XI
3.2.7. Полиморфизм в чегырех различных популяциях и у больных ХГ.
3.2.8. Некоторые проблемы молекулярной дмашоешки XI.
Глава 4. ОБСУЖДЕ1ШЕ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Распределение аллелей изученных три плотных повторов в грузинской популяции достоверно отличается от остальных. Также в грузинской популяции наблюдается наименьшее аллельное разнообразие. Полное неравновесие по сцеплению между гаилотипом НЬа 1 А1и НпП и экспансией СТвповторов в гене ПМРК свидетельствует об однократном возникновении и распространении аллелей, склонных к дальнейшему увеличению числа повторов в гене БМРК. МДмугаций в России. Во всех случаях аллели С Авповторов гена 1Т большой длины п сцеплены с 7 ССОпоиторами аолели с экспансией в русской популяции также ассоциированы исключительно с 7 ССОповторами, что отражает, повидимому. Аллели с экспансией САОповторов гена ГГ возникали неоднократно на хромосомах с разными гаплотииами. В русской популяции полиморфизм с1с2 достоверно чаще встречается на хромосомах с экспансией, чем па хромосомах с и более САСповторами в гене Т. Повидимому, в русской популяции стохастические события, такие как дрейф, миграция или эффект основателя оказали значительное влияние на распространенность ХГмутахшй различного происхождения. Значение пороговой величины, отделяющей стабильные аллели от аллелей, предрасположенных к дальнейшей экспансии, зависит не только от нуклеотидного сослана тандемных повторов, но и от фланкирующих последовательностей, и различается для двух генов. По предварительной оценке, для гена ОМРК эта величина соответствует повторам, а для гена Т повторам. Апробация оабщы. Представленные в диссертации результаты докладывались на Всероссийских и международных симпозиумах и конференциях на 2 Съезде медицинских генетиков Украины. Львов, на й Российской конференции Медикогенетическое консультирование в профилактике инваяидизирующих наследственных болезней Москва, г. РиодеЖанейро, г. Европейского общества генетики человека Лондон. Генуя, г. Европейской конференции по пренатальной диагностике Будапешт, г. Публикации. По теме диссертации опубликовано работ. Структура н объем диссертации. Работа изложена на 0 страницах машинописного текста. Иллюстративный материал представлен 9 таблицами и рисунками. Диссертация состоит из следующих разделов Введение, Обзор литературы. Материалы я методы исследования, Результаты, Обсуждение, Заключение, Выводы. Список цитируемой литературы содержит 8 источников. Работа проводилась в лаборатории пренатальной диагностики Института акушерства и гинекологии РАМН под руководством доктора медицинских наук профессора Баранова . ГЛАВА I. Впервые новый тип мутаций, получивших название динамических, был обнаружен в при молекулярном анализе синдрома умственной отсталости с ломкой фрагилысой Ххромосомой синдром МартинаБелл Кгсшсг . Оказалось, что к развитию заболевания приводит экспансия увеличение числа повторов. 1. В течение непродолжительного времени был описан целый ряд заболеваний, мутации при которых имеют сходную природу хорея Гсптинггона , , болезнь МошадоДжозефа i . , . В настоящее время с нестабильностью мннисатсллитных повторов связывают но меньшей мере заболеваний таблица 1, и. , . Кроме того, описан ряд локусов, в которых могут происходить массированные экспансии, не имеющие какоголибо фенотипического проявления, кроме возникновения ломких сайтов X, 6, 6. i i. . Сначала казалось, что возможна экспансия лишь ограниченного числа трннуклеотидиых повторов и . Однако вскоре было показано, что блокирование работы гена Х. Фридрсйха, обусловлено значительной экспансией повтора, расположенного в нервом нитроне гена на расстоянии 1. . Таблица 1. Болезни, ассоциированные с динамическими мутациями. Синдром Марти наБелл ломкой Ххромосомы, БЯАХА I, X. Миотоническая дистрофия , . Хорея Гентингтона I5. Спинобульбарная мышечная атрофия болезнь Кеннеди , X3 Дентагорубро паллидолюисовая атаксия , . Спиноцеребеллярная атаксия тип 2 2, С пиноцеребеллярная атаксия тип 3 болезнь М ошадо Джозефа , .