Сравнительный анализ регуляторных последовательностей кластера казеиновых генов крупного рогатого скота

• Автор: Фомичев, Кирилл Александрович
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 104 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИИ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. ГШ1 ПРОТЕИНОВ МКЖА МЛЕКОПИТАЮЩИХУ

1.2. Регуляция экспрессии генов протеинов молока

1.3. ЭВОЛЮЦИОННЫЙ КОНСЕРВАТИЗМ ГЕНОМОВ ЖИВОТНЫХ.

1.4. Библиотеки протяженных геномных клонов.

1.5. Позиционное клонирование локусов количественных признаков

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ . .

2.1 Материал

2.2. СКРИНИРОВАНИЕ ГЕНОМНЫХ БИБЛИОТЕК.
2.2.1. Олигонуклсотидное мечсние ДНКзондов.
2.2.2. Гибридизация меченых ДНК зондов с геномными китами
2.2.3. Верификация аутентичности ВАСкюнов
2.3. Трансформация клетокЕ. i и выделение илазмидной ДНК.
2.3.1. Трансформация клеток . i.
2.3.2. Выделение плазмидиой ДНК.
2.3.3. Очистка плазмидиой ДНК.
2.4. Анализ последовательностей ДНК регуляторной и кодирующей областей кластера генов
КАЗЕИНОВ КРУПНОЮ РОГАТОГО СКОТА.
2.4.1. Анализ ш ii последовательностей ДНК и дизайн олигонуклеотидовпраймеров для амплификации регуляторной и кодирующей областей кластера генов казеинов крупного рогатого скота .
2.4.2. Выявление сайтов связывания транскрипционных фаютцюв.
2.4.3. Амплификация ДНК при помощи ПЦР
2.4.4. Анализ полиморфизма амплифицированных фрагментов.
2.4.5. Секвенирование фрагментов ДНК
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ . .
4.1 Использование метода полиморфизма конформации одноцепочбчной ДНК .
4.2. Построение контигл геномных клопов.
4.3. Выявление сайтов связывания транскрипционных факторов
4.4. Полиморфизм генов молочной продуктивности
4.5. Перспективы и практическое применение результатов исследования кластера казеиновых генов КРС.
В Б1ВОДЫ
ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Регуляция имеет комплексный характер, в ней принимает участие целый ряд регуляторных последовательностей промоторы, энхансеры, ix i i, инсуляторы, i. Наибольший интерес вызывают последние, способные поддерживать высокий уровень экспрессии трансгена независимо от точки интеграции i, i, i, . Гены белков молока в силу своих биологических особенностей представляют собой удачную модель для изучения тканеспецифической и стадиеспецифической экспрессии. Уровень транскрипции этих белков очень высок, например, матричная РНК генов казсинов составляет до общего содержания мРНК в клетке . Варьирование уровня экспрессии от 0 до свидетельствует о значительном влиянии регуляторных элементов на экспрессию генов казеинов. По этой причине регуляторные элементы кластера казеиновых генов могут найти свое применение для создания векторов, обеспечивающих эффективный синтез белковых продуктов биофармацевтического назначения. Кроме того, данные о регуляторных районах могут быть использованы в практическом животноводстве для селекции с помощью молекулярных маркеров i i, , . ii, Зиновьева, . Цели и задачи исследования. Целью данной работы является выявление новых регуляторных последовательностей кластера казеиновых генов. Научная новизна работы. Путем анализа нуклеотидных последовательностей i ii выявлено районов эволюционного консерватизма 5фланкирующей области кластера казеиновых генов млекопитающих. Клонирован кластер казеиновых генов КРС в форме контига шести протяженных геномных клонов. Методом выявлено семь полиморфных вариантов эволюционноконсервативных районов кластера казеиновых генов КРС. Выявлено пять новых в пределах эволюционноконсервативных районов кластера казеиновых генов КРС путем прямого сеюзенирования. Четыре сайта связывания транскрипционных факторов обнаружены вблизи в пределах эволюционноконсервативных районов кластера казеиновых генов. По частотам аллелей двух у КРС мясного и молочного направлений обнаружены достоверные различия, что свидетельствует о возможной связи этих маркеров с признаками молочной продуктивности. Теоретическая и практическая ценность работы. Результаты представленной к защите работы использованы при составлении баз данных по генетическим и физическим картам хромосом КРС и сравнительным картам человека, мыши и КРС vv. Интернет. Материалы диссертации используются при чтении лекций на кафедре естествознания и географии Ленинградского государственного университета им. .. Пушкина в рамках курсов Генетика с основами селекции и Молекулярная биология. Апробация работы. Ориентированные фундаментальные исследования и их реализация в АПК России СанктПетербург, , на второй международной научнопракгической конференции Проблемы биологии, экологии, географии, образования история и современность СанктПетербург, , на XIII царскосельских чтениях Высшая школа инновационному развитию России СанктПетербург, . Результаты периодически докладывались на семинарах лаборатории молекулярной организации генома ГНУ ВНИМГРЖ РАСХН. Исследования проводили в соответствии с планом научноисследовательской работы ГНУ ВНИИГРЖ РАСХН по теме Разработать систему молекулярногенетических маркеров, обеспечивающих повышение эффекгивности селекции сельскохозяйственных животных номер государственной регистрации . Публикация результатов. Материалы, представленные в диссертации были опубликованы в научных журналах Цитология и Сельскохозяйственная биология. Всего по теме работы 9 печатных работ, из них 2 статьи и 7 тезисов. Структура и объем диссертации. Результаты, Обсуждение, Выводы, Пракгические предложения и Список литературы. Список цитированной литературы насчитывает 4 названия, 2 работы на английском языке, на русском, 1 на французском, 1 на немецком. Эволюционный консерватизм районов в 5фланкирующей области кластера казеиновых генов млекопитающих. Результаты клонирования кластера казеиновых генов крупного рогатого скот.