Структура неравновесия по сцеплению гена MTHFR в популяциях Северной Евразии и у больных коронарным атеросклерозом

• Автор: Трифонова, Екатерина Александровна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Томск
• Количество страниц: 145 с. : 17 ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

Список сокращений

Введение.

Глава 1 Обзор литературы.

1.1 Блочная структура неравновесия по сцеплению в геноме человека

1.2 Результаты и перспективы международного проекта НарМар.

1.3 Структура неравновесия по сцеплению и картирование генов

1.4 Гипергомоцистеинемия как фактор риска развития сердечно

сосудистых заболеваний .

1.5 Ген метилентетрагидрофолатредуктазьт. Ассоциация БЫРб гена МТНРЯ с коронарным атеросклерозом.
1.6 Население Северной Евразии. Краткая этноисторическая справка Глава 2 Материалы и методы исследования
2.1 Материалы исследования
2.2 Типирование генетических маркеров.
2.3 Статистическая обработка результатов
Глава 3 Результаты и обсуждение
3.1 Генетическое разнообразие, структура гаплотипов и неравновесия по сцеплению гена МТНРК в некоторых популяциях Евразии
3.1.1 Генетическое разнообразие в локусе ЬГГНРК.
3.1.2 Структура ЫЗ в гене МТНРЯ
3.1.3 Выбор гена МТНРЯ.
3.1.4 Филогенетический анализ взаимоотношений гаплотипов
локуса . и оценка селективной нейтральности исследованных БКФэ.
3.1.5 Генетическая дифференциация исследованных популяций
3.1.6 Генетические взаимоотношения между популяциями.
3.2 Анализ структуры неравновесия по сцеплению и ассоциаций полиморфных вариантов гена МТИРЯ с коронарным атеросклерозом
3.2.1 Ассоциация аллелей и генотипов локусаМТНРЯ с
коронарным атеросклерозом
3.2.2 Структура гаплотипов и неравновесия по сцеплению у
больных КА и в контрольной группе.
3.2.3 Анализ ассоциаций с патогенетическими значимыми
количественными признаками
Заключение
Выводы.
Список использованной литературы


Достижения в создании современных биоинформационных технологий во многом обусловлены выполнением международного проекта Геном человека, завершенного в году. В результате выполнения этой программы было показано, что геном человека содержит более 3 миллиардов пар оснований п. Помимо расшифровки и определения всей генетической информации, записанной в геномной ДНК человека, также были выявлены основы структурной организации генома и локализация примерно тысяч генов . Кроме того, было обнаружено, что сиквенс двух случайно выбранных неродственных индивидов идентичен на ,9, а оставшаяся небольшая часть, составляющая 0,1, определяет отличия между индивидуумами , i, . Эта вариабельность генома может играть важную роль в объяснении различий генетической предрасположенности к формированию патологии и установлении путей метаболизма, вовлеченных в прогрессирование заболевания. Наиболее частым типом генетической изменчивости являются снипы от англ. i i i. однонуклеотидные замены в ДНК, для которых в популяции существуют различные варианты сиквеиса аллели, причем редкий аллель встречается с частотой не менее 1 рис. Согласно недавним оценкам, в тотальной популяции человека более миллионов то есть, в среднем один вариант на 0 п. Остальные межиндивидуальных отличий приходятся на огромное количество редких вариантов , i, i . , . С С С С ,,,. . ТТ . Рисунок 1. , гаплотипы и . . Показаны небольшие участки ДНК нескольких регионов хромосом различных людей. Каждый имеет два возможных аллеля. Ь, Гаплотипы. Гаплотип состоит из определенной комбинации аллелей близлежащих . Три , изображенные на панели а показаны стрелками, с, . Генотипирование только 3 выделены прямоугольниками из исследованных достаточно, чтобы идентифицировать однозначно все четыре представленных гаплотипа Ii НарМар i, . Практически каждый вариабельный сайт можно рассматривать в качестве результата единственного мутационного события с очень низкой частотой мутирования 8 на сайт на поколение относительно числа поколений со времени наименее древнего общего предка МЯСА анатомически современного человека порядка 4 поколений. Определенный набор аллелей наблюдаемый на одной хромосоме, или части хромосомы, назван гаплотипом рис. Новые гаплотипы формируются посредством новых мутаций, или рекомбинации, когда материнская и отцовская хромосомы обмениваются соответствующими сегментами ДНК, вследствие чего образуется хромосома, являющаяся мозаиком двух родительских гаплотипов , i, . Совместное наследование аллелей в гаплотипе на популяционном уровне проявляется как неравновесие по сцеплению . Два аллеля различных локусов находятся в неравновесии по сцеплению, когда частота состоящего из них гаплотипа значимо отличается от частоты, ожидаемой при случайной сегрегации. Поскольку вероятность рекомбинации между двумя увеличивается пропорционально расстоянию между ними, то в целом с увеличением расстояния между маркерами сцепление ослабевает. Многими эмпирическими исследованиями продемонстрировано прочное и высоко значимые ассоциации между соседними в геноме человека i , , . Вероятно, это обусловлено тем, что многие хромосомные регионы представлены только несколькими гаплотипами, которые и определяют большую часть их генетической вариабельности в популяции. Вследствие того, что степень взаимосвязи между близлежащими маркерами специфична в различных участках генома, выявление структуры в геноме человека имеет важное практическое значение генотипирование только нескольких, тщательно подобранных так называемых достаточно для идентификации каждого из распространенных гаплотипов в исследуемой области рис. Ряд исследований показывает, что для генома человека характерна блочная структура неравновесия по сцеплению рис.