Построение генной карты хромосомы 3 человека с использованием радиационного картирования NotI-STS-маркеров

• Автор: Рахманалиев, Элиан Рустаналиевич
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2002
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 107 с. : ил

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ .

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

Вступление.

Глава 1. Методы картирования генома человека.

1.1. Гснегичсское картирование.

1.2. Цитогенетическое картирование.

1.3. Физическое картирование.

1.3.1. Контигкарты хромосом человека на основе перекрыващихся клонов геномной ДИК человека.

1.3.2. Картирование методом дробовика и картирование с использованием случайных .

1.3.3. Рестрикционное картирование генома человека.
Глава 2. Картирование с использованием панелей радиационных гибридов соматических клеток картнрование.
2.1. Создание и свойства панелей
2.2. Использование и преимущества картнрования
Глава 3. Рестрикционное картирование с использованием рсстриктазы
3.1. Картирование с использованием АМпрыжковых и связующих клонотек.
3.2. Использование 7клонотеки для картирования хромосомы 3 человека.
Заключение
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Использованные в работе реактивы и оборудование.
Выделение ДНК из цельной крови
Проведение полимеразной цепной реакции с использованием
термостабилыюй ДНКиолимеразы .
Приготовление 6ного 9ного полиакриламидного геля
Приготовление 2ного агарозного геля.
Приготовление маркера молекулярных весов
Детекция продуктов амплификации в 6ном полиакриламидном геле . Определение длины и концентрации синтетических олигонуклеотидов .
Детекция продуктов амплификации в 2ном агарозном геле.
Обработка данных и использование I для локализации маркеров
на картах радиационных гибридов.
Использованные в работе компьютерные программы, методы биоинформатики и компьютерные базы данных.
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
1. Локализация Iмаркеров методом картирования.
1.1. Оптимизация условий полимеразной цепной реакции
1.2. Скрининг панели радиационных гибридов
1.3. Определение локализации маркеров на карте.
2. Совмещение карты с другими типами карт и построение физической Iкарты хромосомы 3 человека
3. Сравнительный анализ последовательное гей локализованных Лл1клонов с нуклеотидными последовательностями, представленными в компьютерных базах данных.
3.1. Поиск гомологий последовательностей локализованных клонов с геномными последовательностями человека
3.2. оиск гомологий локализованных М1клонов с генами и человека
4. Идентификация и локализация новых генов и геновгомологов на хромосоме 3 с помощью маркеров.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ .
ВЫВОДЫ .
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Действительно, на примере хромосомы 3 человека было показано, что от . i . Забаровский и др. . М1сайтов локализованы в 5нетранслируемых областях генов. Использование Iмарксров как универсальных маркеров генов удобно еще и благодаря таким их свойствам, как наличие в их составе высокополиморфных последовательностей микросателлитов и высококонссрвативных участков островки и прилегающие к ним последовательности, что позволяет применять Iмаркеры в самых разных областях исследований утя сравнительного анализа геномов, в медикогенетических и популяционных исследованиях. Сведения о локализации . V1сантов в геноме человека большей частью основаны на I. Данные о физической локализации носят ограниченный характер. Имеются данные о локализации ЛЬЛсайтов на контиговых картах генома человека i . УЛСклонах. Широкое применение I в качестве универсальных маркеров генов человека ограничивается именно отсутствием данных об их физической локализации в геноме. Для хромосомы 3 человека ранее была построена цитогенетическая Iкарта v . . Зрр созданы контиги ЛоЛсвязующих и прыжковых клонов . Целью данной работы было построение физической V1карты хромосомы 3 человека и демонстрация высокой эффективности использования как универсальных маркеров генов человека. Ii. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. ВСТУПЛЕНИЕ. Подходы к картированию геномов. i, , , , рис. Рис. Стратегические подходы к картированию генома человека. Вплоть до последнего времени в картировании доминировал функциональный подход, основанный на априорном наличии некоторой фундаментальной информации о биохимическом полиморфизме, лежащем в основе того или иного наследственного признака. Методически такое картирование начинается с выделения в чистом виде белкового продукта гена. Однако список генов, для которых эта информация была достаточно полной к настоящему времени практически исчерпан и большинство генов, функция которых была известна, уже клонированы и картированы. Близко к функциональному и кандидатов картирование. В этом случае информация о функциональном изменении недостаточно полна, чтобы точно указать ген, однако достаточна для того, чтобы выдвинуть более или менее обоснованные предположения о возможных кандидатах либо но их функции, либо по положению на хромосоме. Важно подчеркнуть, что и при функциональном, и при кандидатом подходе клонирование гена, как правило, предшествует его точной локализации в геноме, т. В рамках этих подходов локализовать ген означало пройти путь от его функции к локализации на хромосоме позиции. Такой путь принято считать выражением стратегии прямой генетики, он характерен для методов генетического и цитогенетического картирования i, , . До недавнего времени другой путь был практически невозможен. Появление в конце х годов множества высокополиморфных ДНКмаркеров дало возможность пойти в обратном направлении от хромосомной карты к функции. Стратегия обратной генетики, применительно к поиску генов, получила воплощение в позиционном картировании, которое подразумевает локализацию гена при отсутствии всякой функциональной информации о нем , , . При этом i место на карте устанавливают по результатам анализа сцепления болезни с уже картированными генетическими маркерами. И далее детально исследуется уже область генома рядом с маркером. Главным ограничением позиционного подхода является низкая разрешающая способность генетических карт интервал между двумя соседними маркерами, в котором локализован ген, может оказаться слишком велик и недоступен физическому картированию. Для большинства генов, которые были локализованы, характерны крупные структурные аномалии генома как правило, это гены, ответственные за наследственные заболевания человека, что существенно облегчает заключительную стадию поиска гена выделение и физическое картирование гена.