Молекулярная эволюция 18S рДНК и генетическое разнообразие осетров Амура Acipenser schrenckii Brandt, 1869 и Huso dauricus (Georgii, 1775)

• Автор: Рожкован, Константин Васильевич
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Владивосток
• Количество страниц: 208 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Биология, молекулярная эволюция и филогения осетровых рыб

1.1.1. Происхождение и разнообразие.

1.1.2. Осетровые рыбы Амура.

1.1.3. Полиплоидия.

1.1.4. Межвидовая гибридизация.

1.1.5. Филогенетика и систематика

1.1.6. Популяционная генетика

1.1.7. Гены ядерной 8 рДГПС

1.2. Краткая характеристика используемых методов и маркеров
1.2.1. Полимеразная ценная реакция и КАРГанализ
1.2.2. Ссквенирование ДНК
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Получение геномной ДНК
2.2. ЯАРОРСЯ анализ.
2.3. РСЯамплификация 8 рДНК.
2.4. Клонирование Б рДНК.
2.5. Секвенирование последовательности Я рДНК
2.6. Статистический анализ молекулярных данных.
2.6.1. Обработка КАРИданных.
2.6.2. Обработка данных секвенирования Б рДНК
2.6.3. Филогенетические реконструкции
2.6.4. Многомерное шкалирование МОБ
2.6.5. Тесты для пседогенов
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
3.1. Генетическое разнообразие и таксономическая идентификация осетровых рыб по данным изменчивости
мультилокусных ЯАРОмаркеров.
3.1.1. Молекулярная идентификация и особенности генетического разнообразия межвидовых гибридов амурского осетра, полученных при искусственном скрещивании.
3.1.2. Дискриминация межвидовых гибридов в природных популяциях осетровых рыб Амура
3.2. Молекулярная эволюция, генетическое разнообразие и филогенетические связи рДНК
3.2.1. Генетическое разнообразие последователыгостей рДНК амурского осетра и калуги
3.2.2. Разнообразие последовательностей рДТИС у гибридов осетровых рыб
3.2.3. Филогенетический анализ 6 пн последовательностей рДНК
осетровых рыб гены и псевдогены
3.2.5. Филогенетические связи амурского осетра по данным полной последовательности рДНК
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Области ЯОР это места расположения сайтов рибосомной ДНК, их можно выявить окраской серебром серебро окрашивает кислые белки, которые в интерфазе ассоциируют с ЯОР во время транскрипции генов рРНК. Выявление ЯОР таким способом свидетельствует, прежде всего, об их транскрипционной активности . Эта методика использовалась для исследования эволюции кариотипа осетровых рыб ii, Viiv, , , а высокое 4 количество ЯОР активных сайтов рДНК, наряду с большим числом хромосом, обнаруженных у исследованных видов осетровых, говорит в пользу полиплоидизации. Если бы размер генома этой группы рыб увеличился в результате эндорепликации, количество хромосом, равно как и количество ядрышек, осталось бы прежним, а ядрышки могли бы увеличиться в размерах ii, Viiv, . Васильев, . Тетраплоидное происхождение было доказано для всслоноса . i, , и шипа . Арефьев, . Таким образом, в эволюции осетровых рыб произошли две последовательные тетраплоидизации. И если первую можно только предполагать, хотя и с большой вероятностью, то вторую можно считать доказанной. Первая тетраплоидизация, если она имела место, произошла еще до расхождения семейств ii и i от их общего, уже тетраплоидного предка Васильев, . Изучение ископаемых остатков дает основания полагать, что первая тетраплоидизация произошла не позднее верхнего Мела около млн. Васильев, . С другой стороны, поскольку осетровые населяют водоемы Старого и Нового Света в пределах умеренных широт, и многие из них являются строго пресноводными, есть основания предполагать, что первая тетраплоидизация произошла в верхнем Меле, не позднее отделения Северной Америки от Европы Васильев, . Карлсон с сотрудниками по Васильев, на основании данных по электрофоретическим локусам, из которых только два оказались дуплицированными, делают вывод, что первая тетраплоидизация произошла около 0 млн. i первые находки датируются нижним Лиасом, около 0 млн. Васильев, или на уровне предков этого семейства. Время второй тетраплоидизации установить труднее изза недостатка данных по кариотипам некоторых видов осетров. На основании исследования гемоглобинограмм Гсраскин делит осетровых на две группы стерлядь, шип, белуга и калуга составляют первую группу, а русский, ленская популяция сибирского осетра, амурский и озерный осетры вторую по Васильев, . Количество хромосом у второй группы видов приблизительно в два раза выше, чем у первой. . v ко второй группе. Это, в свою очередь, дает основания предполагать наличие среди осетровых Нового Света видов, произошедших от предка с вторично тетраплоидным кариотипом. Из этого можно заключить, что вторая тстраплоидизация произошла не позднее разделения Старого и Нового Света. Также нельзя исключать, что она могла произойти позже у формы, населявшей водоемы Азии и Европы, а затем, млн. Северную Америку разделение родов и i, по палеонтологическим данным, датируется млн. Васильев, . Па основании данных по кариологии и искусственной гибридизации Николюкиным был впервые поднят вопрос о правомерности выделения рода из рода i по Васильев, . Цитогенетические данные проводят границу не между этими двумя родами, а между мало и многохромосомными видами. Поэтому, согласно изложеному выше, филогенетическая схема осетровых рыб может быть представлена следующим образом рис. Из этой схемы следует, что самостоятельность рода можно признать только в том случае, если темпы его эволюции превышали темпы эволюции многохромосомных видов, а оснований для этого нет Васильев, . Поэтому автором предлагается считать, что все виды подсемейства ii принадлежат к роду i с двумя основными группами много и малохромосомные виды. Последний состоит из двух подгрупп род и 0хромосомные виды рода i. При этом две разнохромосомные группы можно возвести в ранг родов, причем малохромосомный род будет состоять из двух групп. Межвидовая гибридизация между позвоночными это сравнительно редкое явление изза генетической несовместимости родительских геномов.