Структура ДНК, элиминируемой в ходе диминуции хроматина у Cyclops Kolensis (Crustacea: Copepoda)

• Автор: Бойкова, Татьяна Валерьевна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 117 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

Глава I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Спарадокс две стороны одной загадки.

1.2. Основные гипотезы о биологической роли избыточной ДНК

1.3. Рекомбинация ДНК

1.3.1. Гомологичная рекомбинация.

1.3.2. Негомологичная, или незаконная рекомбинация.

1.4. Диминуция хроматина как возможный ключ к решению Спарадокса

1.4.1. Реорганизация генома при созревании вегетативных ядер макронуклеусов у инфузорий.

1.4.2. Диминуция хроматина у нематод.

1.4.3. Диминуция хроматина у циклопов
Заключение по обзору литературы
Глава II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ .
2.1. Микродиссекция гранул и создание библиотек
2.2. Мечение ДНК и флуоресцентная гибридизация i i I
2.3. Подготовка компетентных клеток . i
2.4. Трансформация плазмидной ДНК в клетки . i.
2.5. Выделение нуклеиновых кислот
2.5.1. Выделение геномной ДНК циклопов.
2.5.2. Быстрое выделение микроколичеств плазмидной ДНК для
скрининга большого количества трансформантов.
2.5.3. Выделение ДНК плазмид методом щелочного лизиса
2.6. Электрофорез нуклеиновых кислот в агарозных гелях.
2.7. Элюция ДНК из агарозного геля.
2.8. Гйдролиз ДНК эндонуклеазами рестрикции
2.9. Метод полимеразной цепной реакции ПЦР.
2 Молекулярное клонирование.
2 Определение последовательности нуклеотидов ДНК
методом Сэнгера.
2 Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей
Глава III. РЕЗУЛЬТАТЫ.
3.1. Изучение структуры элиминированной ДНК С. гое московской популяции
3.1.1. Получение диминуционной ДНК циклопа
3.1.2. Общая характеристика последовательностей эДНК
3.1.3. Семейства повторяющихся последовательностей
3.1.4. Анализ выборки Б1
3.2. Создание клонотеки постдиминуционной ДНК С. гоедш московской популяции
3.2.1. Общая характеристика последовательностей
постдиминуционной ДНК.
3.2.2. Компьютерный анализ нуклеотидных
последовательностей постдиминуционной ДНК.
3.3. Сравнительный анализ ДХ у С. кокпэм московской и байкальской популяций.
3.4. Присутствие фрагментов эДНК в геноме С. ко1епв1Б байкальской популяции.
Глава IV. ОБСУЖДЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.м.
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность


ДНК, полученные из диминуционных гранул у С. ПЦР анализа присутствие или отсутствие данных последовательностей в додиминуционном геноме С. Выявить, удаляются ли полностью во время ДХ последовательности ДНК, полученные из диминуционных гранул. Впервые получены последовательности ДНК, элиминируемые из хромосом презумптивных соматических клеток i в процессе диминуции хроматина. Проведен компьютерный анализ и выявлены закономерности в организации данных последовательностей нуклеотидов, свидетельствующие о высокой степени упорядоченности в организации ДНК, ограниченной клетками зародышевого пути. Впервые проведено сравнительное изучение последовательностей эДНК геномов двух географически изолированных популяций С. Впервые с помощью мнкродиссекции получена библиотека фрагментов эДНК i. Определена первичйая структура ДНК, экстрагированной из диминуционных гранул, и проведен компьютерный анализ структуры данной ДНК. Последовательности эДНК являются АТбогатыми и насыщены повторами. Показана мозаичная структура многих повторов и высокая степень гомологии внутри отдельных семейств повторов. Впервые изучена картина ДХ у С. С. i из московской популяции. Показано, что, вопервых, из проанализированного фрагмента, полученного из диминуционных гранул С. С. i из байкальской популяции, вовторых, данные последовательности эДНК не полностью элиминируются во время ДХ и присутствуют в постдиминуционном геноме циклопов из обеих популяций. Изучаемые фрагменты эДНК являются консервативными гомологии. Основные результаты работы были представлены на международных конференциях в докладах и стендовых сообщениях на III Международной конференции Проблема вида и видообразования Тбмск, , 9, Ii , ii, , 7, Ii i i i, I, , 4ой Верещагинской Байкальской конференции Иркутск, . Диссертация состоит из Введения, Обзора литературы, разделов Материалы и методы, Результаты, Обсуждение, Выводы и списка цитируемой литературы, в который входит 7 ссылок. Работа изложена на 3 страницах машинописного текста, содержит таблиц и рисунков. v . v . ii . i . v . v . vi . iv . ivI. ii i i iii i i . V. . . . . . Акифьев А. П., Бойкова . ., Гришанин . ., Зоткевич Е. А., Жимулев И. Эволюционная биология. Томск. Т. 3. С. 34. v Т. ii . vv . i . v . iv . iv I. i iii i i 9 Ii . . 6. v Т. vi . ii . i . v . iv . iv 1. i iii i 7, Ii i i. . . Зоткевич . ., Бойкова . ., Гришанин А. К., Акифьев А. П., Жимулв И. Ф. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей элиминируемой ДНК i и геномной ДНК iii Вестник Томского государственного университета. С. . Гришанин А. К., Зоткевич Е. А., Бойкова Т. В., Наумова Е. Ю., Мельник Н. Г., Акифьев А. П., Жимулв И. Ф. Диминуция хроматина как фактор генетической изоляции видов рода Материалы 4ой Верещагинской Байкальской конференции. С. . Гришанин А. К., Шеховцов С. В., Бойкова Т. В., Акифьев А. П., Жимулев И. Ф. Проблема диминуции хроматина на рубеже XX и XXI веков Цитология. А.К. Гришанин, Т. В. Бойкова, Т. Л. Маршак, Н. Г. Мельник, ЕЛО. Наумова, М. В. Загоскин, А. П. Акифьев, И. Ф. Жимулев Консерватизм структуры генома в двух популяциях i , , обитающих в прудах г. Москва и о. Байкал ДАН. Т. 8. Основные результаты получены автором самостоятельно. Микродиссекция гранул эДНК была проведена совместно с д. Н.Б. ИЦиГ, СО РАН и к. Гришаниным А. К. ИОГен, РАН.