Взаимодействие нейромедиаторов, факторов внутреннего подкрепления и регуляторных пептидов. Создание информационной базы

• Автор: Николаева, Анна Александровна
• Шифр специальности: 03.00.13
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 172 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Базы данных

1. Проблема извлечения знаний и выявления скрытых закономерностей в массивах данных

2. Предметная область. Различные типы организации баз данных в биологии. Объекты базы данных

1. Характеристика ОА, 5НТ, ЫЕ, АСЬсистем.

2. Регуляторные пептиды.

3. Классификация и краткая характеристика семейств РП.

Взаимодействие ИАсистемы с пулом РП

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Информационная база
1. Сеть перекрестных индукционных взаимодействий между В А и пулом
Общая направленность взаимодействия йА с пулом РП.
2. Сеть перекрестных индукционных взаимодействий между 5НТ и пулом РП
Общая направленность взаимодействия 5НТ с пулом РП.
3. Сеть перекрестных индукционных взаимодействий между 1ЧЕ и РП
Общая направленность взаимодействия ИЕ с пулом РП
Формирование каскадных путей регуляции КЕ различных физиологических параметров организма
4. Сеть перекрестных индукционных взаимодействий между АСЬ и РП
Общая направленность взаимодействия ЛСИ с пулом РП.
Формирование каскадных путей регуляции АСЬ различных
физиологических параметров организма.
5. Прямое без участия РНпула взаимодействие ОА, КЕ, 5НТ и АСЬ. Л
6. Сопряженное взаимодейсгвие ИА, , 5НТ, АСЬ и системы
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ


Можно выделить также информацию о фармакологическом воздействии веществ это информация о практическом применении медиаторов, их эффектах при введении определенным организмам, в определенных условиях и в фиксированных дозах. Наиболее интересной в прикладном плане является информация об участии различных БАВ в патогенезе конкретных заболеваний и их медицинском применении. На основе различных принципов структуризации информации об объектах формируются различные типы организации БД. Каждая из них имеет свой формат хранения данных, различную степень избыточности, взаимосвязи с родственными или аналогичными базами данных. Каждая база данных имеет также свои средства доступа к информации различные поисковые программы, программные средства визуализации, пополнения базы. Крупнейшие хранилища первичных структур ДНК и аминокислотных последовательностей такие, как ЕМВЬ , вепБапк, ООЕН , 8У8Р1ЮТ, Р1К и др. Интернет. Из отечественных БД по структуре белков стоит отметить РгоАпМп, разработанный в Новосибирском Институте Молекулярной Биологии. РгоАпМп позволяет сравнивать протеиновые последовательности с возможным учетом их трехмерной структуры, а также рассчитывает величину ряда физико и биохимических показателей. Многие базы данных, работающие над коллекционированием однородной информации, координируют свои усилия, осуществляя международное разделение труда. Это можно проиллюстрировать примером сотрудничества трех всемирных коллекций последовательностей нуклеотидов ЕМВЬ Европа, вепВапк США, ЭЭВ. Япония. Основной тенденцией в развитии современных биологических банков и баз данных можно назвать стремление к их интеграции, созданию перекрестных ссылок между ними например, между библиографической ссылкой на статью, описывающую какойто ген, и собственно нуклеотидной последовательностью этого гена. Такой подход позволяет быстро находить и получать исчерпывающую информацию по определенной теме. Интернет. I и I. Кроме существует еще это клиентпрофамма, которая устанавливается на локальном компьютере и обеспечивает те же функции, что и версия, но делает это немного быстрее. так же разрабатывается в I с целью создания интегрированного доступа не только к I, но и к ресурсам, предоставляемым издателями журналов, цитируемых в I. Кроме этого, предоставляет доступ к тем же молекулярнобиологическим базам данных, что и . В настоящее время интерфейс лишь незначительно отличается от и имеет точно такие же принципы работы. Наряду с итерированными базами данных в последнее время появилось много специализированных информационных ресурсов, они охватывают широкий спектр. РЫК, белков, белковых мотивов. Есть базы данных по протеомике, мутациям, метаболическим путям и регуляции, но трансгеннным организмам, анатомии, биохимии, а также по научной литературе, по существующему в этих областях исследований программному обеспечению. Большое количество современных компаний в сфере биоинформатики и протеомики например, и др. БД по отдельным патологическим состояниям, таким как диабет, рак, атеросклероз и др. Более того, существует даже БД по базам данных, она имеет адрес . Это текстовый файл с аннотациями более чем на 0 биологических баз данных. Он содержит краткое описание назначения базы, авторов, ссылки и адреса. Для того чтобы обеспечить ориентирование в этом обширном информационном пространстве, журнал i i каждый год первый свой номер посвящает описаниям баз данных, сделанным их авторами. Из приведенных примеров видно, что созданные банки данных содержат информацию по всему разнообразию протеиновых молекул, среди которых РП являются только частным случаем. Что касается БД непосредственно о РП и их эффектах, то существует лишь весьма незначительное число подобных разработок. Одной из них является банк данных ii, доступный в интернете . Информационная база содержит данные о струкгуре, информацию о физикохимических свойствах и функциональные характеристики примерно природных олигопептидов i, .