Морские протеобактерии группы Alteromonas

• Автор: Иванова, Елена Петровна
• Шифр специальности: 03.00.07
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 1999
• Место защиты: Владивосток
• Количество страниц: 251 с. : ил.

1.1. Характеристика таксономических групп класса Рго1еоЬас1епа

1.2. Таксономическая структура гамма I руины класса РгогеоЬаМепа

1.3. Некоторые обише признаки бактерий рРНК 1супсрсемейства

ГЛАВА 2. СОВРЕМЕННЫЕ ПОДХОДЫ К ТАКСОНОМИИ

МИКРООРГАНИЗМОВ

2.1. Понятие полифазной таксономии

2.2. Вилы информации, используемые в бактериальной полифазной таксономии

2.2.1. Генотипические методы

2.2.2. Методы типнрования ДНК

2Л. Фенотипические методы

2.4. Нумсричсскне анализы

2.5. Секвснирование рибосомных РНК
2.6. Эволюция и перспективы полифазной таксономии
2.6.1. Концепция вида в полифазной таксономии
2.6.2. Проблемы днфференцировки геноцидов и некоторых других таксономических категорий
2.6.3. Использование фенотипических данных в полифазной
таксономии
2.7. Трудности систематики микроорганизмов в свете реальности адаптивных мутаций
ГЛАВА 3. МОРСКИЕ БАКТЕРИИ ГРУППЫ АИеготопа КАК ПЕРСПЕКТИВНЫЕ ПРОДУЦЕНТЫ УНИКАЛЬНЫХ ФИЗИОЛОГИЧЕСКИ АКТИВНЫХ СОЕДИНЕНИЙ
3.1. Бактериальные продуценты ферментов
3.1.1. Бактериальные продуценты ферментов, гидролизующих сложные полисахариды морской среды
3.1.2. аГалактозмдаты как перспективный объект медицинской и сельскохозяйственной биотехнологии
3.1.3. Продуценты тирозиназ
3.1.4. Продуценты ферментов нуклеиновою обмена
3.2. Бактериальные продуценты вторичных метаболитов
3.2.1. Продуценты антибиотиков и близких к ним веществ
ГЛАВА 4. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
4.1. Исючники выделения рабочей коллекции МеготолдоПОДобных микроорганизмов, культивирование
4.2. Фенотипические признаки
4.3. Хемотаксоном ическне особенности
4.3.1. Жнрнокнслотный анализ
4.3.2. Определение антимикробных свойств
4 Выделение капсульных полисахаридов
4.4. Определение ферментативной активности
4.5. Генетические анализы
4.5.1. Определение нуклеотидного сос тава ДИК
4.5.2. Определение у ровней I ома 1 ни ДНК
4.5.3. Клонирование, амилнфиинроканне ДНК
4.5.4. Геномный фингерпринт
4.6. Ссквенированис Я рибосомнмх РНК
4.7. Филогенетический анализ
ГЛАВА 5. РОД ПРОБЛЕМЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ
5.1. Атипичные представители iii, выделенные из дальневосгочных моллюсков
5.2. Фенотипическое разнообразие бактерий i, выделенных из различных местообитаний и изменение днапюза вида
5.3. vii . v. новый вид бактерий, выделенный из моллюсков
5.4. Реклассификации бактерий рода ii Романенко . как ii . пот.
5.5. Восстановление статуса вида i как i . v. 9 II
ГЛАВА 6. ПРОТЕОБАКТЕРИИ РОДА Iii
ГЛАВА 7. ОБЪЕДИНЕНИЕ ГРУППЫ ГЕНЕТИЧЕСКИ И ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИ БЛИЗКИХ РОДОВ В СЕМЕЙСТВО Аеготопаиасеае Гат. пот. ТАКСОНОМИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ И ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКАЯ СТРУКТУРА
ГЛАВА 8. БИОЛОГИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ .4ттло.9ПОДОБНЫХ БАКТЕРИЙ
8.1. Антибиотические свойств
8.2. Влияние адсорбции штаммовнролу центов на продукцию антимикробных соединении
8.3. Сравнительное изучение капсульных полисахаридов
8.4. Жнрнокислотный состав
8.5. Биосинтез некоторых ферментов Аодобнымм бактериями
8.5.1. Штамм v КММ 2 продуцент щелочной фосфагазы н ламинараназы
8.5.2. Агаролигичсскнс штаммы и особенности биосинтеза агалактозидаз
8.5.3.Нскоторыс друтме гидролитические фермешы, бносинтезируемые бактериями группы
ГЛАВА 9. ГЕНОМНЫЙ ФИНГЕРПРИНТ БАКТЕРИЙ РОДА
ОСНОВНЫЕ ВЫВОДЫ
СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ


Вуз с сотрудниками смогли идентифицировать олигонуклсотидные последовательности, характерные для отдельных филогенетических групп бактерии. Это исследование явилось краеугольным камнем в классификации прокариот. В результате многочисленных филогенетических исследований было предложено универсальное филогенетическое древо рис. Топология древа отражает истинные генеалогические взаимосвязи между организмами, которые еще десятилетие назад не были понятны. Напомним, что согласно прежним представлениям, все организмы были включены в пять царств i, i, i. Монета. Из рисунка I видно, что органический мир распределен на три генеалогических кластера, называемых i по терминологии К. Вуза. Первый кластер представлен i или i, бактерии, второй археи, третий Еисагуа или , эукариоты. Несмотря на то, что организмы i и относятся к прокариотическому типу клетки, представители каждого отдела отличаются филогенетическими характерными признаками. Топология древа отражает также специфическую генеалогическую связь и Еисагуа. На рисунке 2 показан временной масштаб появления микроорганизмов Земле, из которого видно, что бактерии являются древнейшими на планете. В году К. Вуз описал двенадцать эволюционно родственных групп бактерий, которые составили отдел i. Терминологически эти группы разные авторы называют ii, или ivii, нередко смешивая английские и латинские термины Табл. Описание вышеупомянутого Отдела Бактерий, i, было основано на анализе олигоиуклеотндных последовательностей IIгенов известных, культивируемых в лабораторных условиях организмов цианобактерий, спирохет, грамноложнтельных и грамотрицателышх бактерий. Было показано, что межгрупповая дивергенция олнгонуклеотидных последовательностей рРНКгенов, как правило, колеблется от до . V . Рис. Универсальное филогенетическое древо корневое по К. Вузу , показывающее три домена , i, . Положение основания корня было определено на основании анализа нескольких генов факторов траенсляции элонгации. Таблица I. Категории таксономической иерархии по Ч. Джефри . Рис. Предполагаемое возникновение различных форм органической жизни на Земле , . РНК i и i ii, представителя группировки грамположитсльных бактерий с низким содержанием ГЦ, отличаются на . На современном этапе развита филогенетической классификации Отдела Бактерий еще не для всех его групп определены таксономические ранги. Некоторые группы имеют ранг класса i . Таким образом, номенклатура на уровне Отдела Бактерий нуждается в упорядочении таксономического ранжирования. Бактерий входит таксономических групп рис. З. Следует заметить, что несколько генеалогических линий представлены единственными олигонуклсотидными последовательностями II генов, которые были клонированы непосредственно из ДНК, выделенной из природных образцов i, . Данные, отражающие микробное разнообразие Отдела Бактерий, полученные на основании анализа более олигонуклеотидных последовательностей I6 рРНК генов, представлены на рисунке . Первыми были охарактеризованы немногим более ти бактериальных таксономических групп, которые представили культивируемые микроорганизмы. Другая часть, около ти групп, представлена некультивируемыми микроорганизмами, так называемыми кандидатами таксонов i ivii I i, . Любопытен анализ соотношения культивируемых и нскультивнруемых микроорганизмов, принадлежащих к одним и тем же таксонам рис. Установление порядка ветвления имеющихся таксономических групп требует дальнейших филогенетических исследований, поэтому бактериальное разнообразие представлено на рисунке 3 в виде вссроподобной структуры. Рис. Эволюционное древо Вааепа, отражающее отделы культивируемых и некультнвируемых бактерий ло Ниеп1ю1 е а1. Отделы культивируемых бактерий закрашены черным цветом, некульгивируемые не закрашены. Масштаб отражает 0. Рис. Относительное соотношение в процентах культивируемых и нскультивируемых организмов среди некоторых бактериальных таксонов, повсеместно распространенных на Земле. Результаты получены после анализа и олигонуклеотидных последовательностей культивируемых и некультнвнруемых организмов, соответственно Нисп1ю1.