Молекулярно-генетические аспекты классификации дрожжей с сатурновидными спорами

• Автор: Токарева, Надежда Георгиевна
• Шифр специальности: 03.00.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2001
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 156 с. : ил

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

ГЛАВА 1. МЕТОДЫ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В СИСТЕМАТИКЕ ДРОЖЖЕЙ

1.1. Традиционная систематика, основанная на морфологических, физиологических и биохимических признаках

1.2. Определение мол. ГЦ и ДНКДНКреассоцнация

1.3. Анализ последовательностей генов рибосомальных РНК для установления филогенетического родства дрожжей

1.4. Использование ПЦРанализа для идентификации и классификации дрожжей.

1.4.1. ПЦР с геноспсцнфнчными праймерами.

1.4.2. ПЦР с неспецифичными праймерами.

1.5. Молекулярное кариотипирование пульсэлектрофорез нативных хромосомных ДИК .

1.6. Электрофоретический анализ изоферментов для определения видовой принадлежности дрожжей и изучения структуры популяций.
ГЛАВА 2. СИСТЕМАТИКА И БИОЛОГИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ ДРОЖЖЕЙ V 2ЕКОЕЯ. 2ТСОИ1ОР К1ГОЯ1А2ЕУ И КО АТА ЕЛ
УАМАОА ЕТ АЬ
2.1. История классификации
2.2. Генетический анализ
2.3. Молекулярнобиологическая классификация
2.4. Экология дрожжей.
2.5. Микоцины дрожжей и их использование в систематике
ГЛАВА 3. СИСТЕМАТИКА И БИОЛОГИЯ ДРОЖЖЕЙ РОДА
АЯТНЯОАЗСиЗ.
ЭКСПЕРИМЕНТАМ 1АЯ ЧАСТЬ И ОБСУЖДЕНИЕ
ГЛАВА 4. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
4.1. Объекты исследования, методы выделения и идентификации дрожжей.
4.2. Получение ауксотрофных мутантов и генетический анализ
4.3. Пульсэлектрофорез хромосомных ДНК
4.4. ПЦРаналнз
4.5. Изоферментный анализ
ГЛАВА 5. МОЛЕКУЛЯРНОЕ КАРИОТИПИРОВАНИЕ И ПЦРАНАЛИЗ ТИПОВЫХ ШТАММОВ ДРОЖЖЕЙ РОДОВ III, III И 4.
5.1. Определение кариотипов
5.2. ПЦРанализ
5.2.1. Дифференциация видов дрожжей iii i, . , . ii, . ii и . i с помощью универсального праймера .
5.2.2. Использование микросателлитного праймера для определения внутривидового полиморфизма дрожжей iii i.
ГЛАВА 6. КЛАССИФИКАЦИЯ ВИДОВДВОЙНИКОВ КОМПЛЕКСА III I.
6.1. Молекулярная дивергенция дрожжей . i и . iiii.
6.2. Определение видовой принадлежности штамма
6.3. Идентификация дрожжей . v.
ГЛАВА 7. ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ШТАММОВ III II РАЗНОГО ПРОИСХОЖДЕНИЯ
7.1. ПЦРаналнз с применением универсального праймера
7.2. Определение видовой принадлежности штаммов, не относящихся к виду ii
ГЛАВА 8. МОЛЕКУЛЯРНОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ПОПУЛЯЦИЙ ДРОЖЖЕЙ КОШСАТАЕА IКАВКАЗА И ТЯНЬШАНЯ
8.1. Видовая идентификация штаммов УППЦР анализом
8.2. Молекулярный полиморфизм естественных популяций . i
ГЛАВА 9. АЯТНЯОА8СиЗ РЕЯМЕХТЛЖ ГЕНЕТИЧЕСКИ ИЗОЛИРОВАННЫЙ ВИД ДРОЖЖЕЙ НА ТАЙВАНЕ
9.1. Гснстичсский анализ.
9.2. Молекулярное кариотипированис и ПЦР с микросатсллитным
праймером ОТО5.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Видовая и родовая дифференциация дрожжей, основанная на стандартных фенотипических характеристиках, таких как морфология клеток, их размер, наличие или отсутствие гиф и псевдомицелия, а также брожение и ассимиляция различных источников углерода, имеет сильные раничсния. Физиолоючсские признаки довольны изменчивы, к тому же способность дрожжей расти на том или ином сахаре контролируется одним или несколькими генами, что может приводить к мутациям и, соответственно, к неправильной идентификации штаммов Наумов. Юркевич, i . В настоящее время в систематике широко используются различные характеристики нуклеиновых кислот и белков для разделения таксонов и установления их филогенетического родства. Определение мол. Одним из первых молекулярных методов, полупивших широкое применение в систематике дрожжей, стало определение молярного процента гуанина и цитозина мол. ГЦ в ядерной ДНК. Содержание ГЦ в ДНК более 0 видов дрожжей находится в интервале от до мол. ГЦ у аскомицетовых дрожжей составляет , тогда как у базидиомицетовых дрожжей , . ГЦ по методу плавучей плотности i . Однако частичное перекрывание значения мол. ГЦ между отдельными видами неизбежно и одинаковые значения не всегда означают близкое родство оранизмов. Например, виды x ii и . ГЦ . ДНК 6 i . Колебания значений ГЦ внутри одного рода обычно не превышают , как, например, у родов , ii, v и др. Разброс в мол. ГЦ более свидетельствует о гетерогенности такого рода. Метод ДНКДНК реассоциации обладает большей разрешающей способностью для установления видовых границ между штаммами по сравнению с определением мол. ГЦ. Определение тотальной гомологии ДНК основано на рсассоциации одноцепочечных молекул ДНК двух различных штаммов и образовании гибридных двухцепочечных молекул. Существует несколько методов измерения уровня реассоциации ДНК , , 1 техника свободного раствора, при которой вес реагенты растворимы. Она включает спектрофотометрическое определение родства ДНК 2 фнльтрсвязующая техника, при которой ДНК штамма иммобилизована на нитроцеллюлозном или другом фильтре, а меченая ДНК друтого штамма растворена в буфере, окружающем мембрану. Недавно появилась техника нерадиоактивной лотблат ДНК гибридизации ii . На основе сравнения видов дрожжей родов i, , и ii i . ДНК являются конспецифичнымн. Изучение биотипов штаммов ii viiii позволило другим исследователям заключить, что штаммы относятся к одному виду, если имеют 0 сходства ДНК . Низкая степень 0 гомологии ДНК свидетельствует о принадлежности дрожжей к разным видам. ДНК . В этом случае возможны разные точки зрения разные виды, один вид или разновидности Наумов, . В ряде работ было показано, что морфологическое и физиологическое сходство организмов не всегда является показателем родства и, наоборот, ряд видов, фенотипически различных, имеют высокий процент ДНКДНК гомологии, что указывает на их принадлежность к одному виду , , . Информация, полученная с помощью ДНКДНК реассоциации, оказала большое влияние на традиционную систематику дрожжей и заставила пересмотреть таксономическую ценность многих морфологических и физиологических признаков. Например, два ассоциированных с хвойными деревьями вида ii образующий истинные гифы и Н i не имеющий гиф имеют ДНКДНК гомологам и, следовательно, конспецифичны . Определение ДНК гомологии у фенотипических видов i. Vii, , . Несмотря на широкое использование ДНКДНК реассоциации в систематике дрожжей, этот метод имеет ограничение он подходит для сравнения только близкородственных видов и, следовательно, не может быть использован для сравнения более высоких таксонов . Для идентификации близких видов дрожжей также используется метод рсстрнктазного анализа тотальной ДНК , ii i. Техника заключается в выделении геномной ДНК, обработке рестриктазными ферментами и электрофоретическом разделении фрагментов в геле. Этот гель Саузсрнблотом переносят на мембрану и гибридизируют со специфичными зондами с использованием радиоактивной или нерадноактивной техники ii . Однако, оценка филогенетического родства профилей менее точная, чем полученная путем сравнения последовательностей генов рибосомальиых РНК.