Молекулярно-генетический анализ структуры природной популяции Sinorhizobium meliloti Европейско-Сибирского генцентра люцерны

• Автор: Андронов, Евгений Евгеньевич
• Шифр специальности: 03.00.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2000
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 86 с. : ил.

1Л. Методы, используемые при изучени разнообразия природных популяций клубеньковых бактерий

а Анализ полиморфизма длин фрагментов рестрикции КРЬР

б РР1Ранализ ПЦРамтифицировапных фрагментов геномной ДНК

в Использование Саузернгибридизации при ЯР1Ранализе .

г Методы геномного фингерпринтинга

1.2. Некоторые аспекты интерпретации результатов изучения генетического разнообразия природных популяций клубеньковых бактерий

а Установление генетической структуры природных популяций

ризобий при использовании методов геномного фингерпринтинга

в Оценка генетического разнообразия природных популяций

1.3. Изучение генетических процессов в ризобиальных популяциях на основе

анализа природного разнообразия изолятов

а Изучение процессов, происходящих в популяциях клубеньковых
бактерий и ответственных за возникновение новых генотипов
б Роль географического фактора и растенияхозяина с формировании генетического разнообразия природных популяций ризобий
Заключение
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Отбор проб почв
2.2. Выделение клубеньковых бактерий из почвы
2.3. Нумерация штаммов
2.4. Тестерные штаммы
2.5. Методы работы с ДНК
2.6. Рестрикционный анализ ПЦРамплифицированных фрагментов гена
2.7. Определение плазмидного состава штаммов
2.8. Статистическая обработка данных
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
3.1. Определение видовой принадлежности штаммов
3.2. гибридизациоиный анализ полиморфизма длин ДНК фрагментов
рестрикции
а Гибридизационный анализ с пробами на гены , и ехр
б Гибридизационный анализ с провеши на регуляторный геи
и структурные гены
в Распределение штаммов в соответствии с выявленными у них генотипам и4
3.3. Анализ плазмидного состава штаммов .
3.4. Анализ 2фингсрпринтов штаммов
3.5. Анализ штаммов в субпопуляциях
а Распределение штаммов по субпопуляциям
б Сравнение субпопуляций по частотам типов
в Сравнение субпопуляций по наличию штаммов, содержащих криптические плазмиды определенного размера
г Анализ различий между субпопуляциями по наличию штаммов
с определенными I 2фингерпринтами
3.6. Статистический анализ параметров популяции
а Анаша неравновесия по сцеплению между типами
б Детальный аначиз ассоциации маркеров
в Аначиз наличия плазмид определенного размера у штаммов
с различным хромосомным типом
3.7. Анализ генетического родства штаммов
Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Выделение штаммов и их характеристика
а Определение видовой принадлежности штаммов
б Выявление генетического разнообразия штаммов с
использованием анализа
в Изучение плазмидного состава штаммов
г Изучение I фингерпринтов штаммов
4.2. Исследование влияния растенияхозяина и географического происхождения штаммов на генетическое разнообразие природной популяции .ii
а Изучение влияния растенияхозяина и географического происхождения штаммов на генетическое разнообразие
природной популяции теШоИ по результатом К7ЬРанализа
б Изучение влияния растенияхозяина и географического происхождения штаммов на генетическое разнообразие природной популяции Б.теШоН по результатам анализа
плазмидного состава
в Изучение влияния растенияхозяина и географического происхождения штаммов на генетическое разнообразие природной популяции Я.теШоН по результатам анализа
1Ъф ингерпр интов
4.3. Статистический анализ параметров популяции
а Анализ неравновесия по сцеплению между КПРтипами
б Изучение ассоциации криптических плазмид определенного размера
с хромосомными Я ЬЪРтипами
в Изучение возможности генетических перестроек по данным фингерпринтинга и КР1Ранализа
4.4. Анализ генетического родства штаммов
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Глава 1. Использование Саузернгибридизации при ЯР1Ранализе . Глава 2. Рестрикционный анализ ПЦРамплифицированных фрагментов гена
2. Глава 3. Анализ плазмидного состава штаммов . Глава 4. Исследование влияния растенияхозяина и географического происхождения штаммов на генетическое разнообразие природной популяции . Изучение влияния растенияхозяина и географического происхождения штаммов на генетическое разнообразие природной популяции Б. Изучение влияния растенияхозяина и географического происхождения штаммов на генетическое разнообразие природной популяции Я. Актуальность темы. Клубеньковые бактерии ризобии микроорганизмы, фиксирующие в симбиозе с бобовыми растениями молекулярный азот атмосферы. В настоящее время ризобии являются одним из наиболее изученных биологических объектов. Интерес к ризобиям вызван, вопервых, сельскохозяйственной значимостью симбиотической азотфиксации, вовторых, тем, что бобоворизобиальный симбиоз является одним из наиболее интересных видов растительномикробного взаимодействия. Изучение этого взаимодействия может дать ответ на целый ряд вопросов, касающихся процессов, ответственных за формирование генетического разнообразия природных популяций микроорганизмов и их эволюцию. Одним из наиболее эффективных подходов к изучению природных популяций бактерий является анализ их генетического разнообразия, результатом которого может явиться понимание процессов возникновения новых генотипов мутации, генетические перестройки, горизонтальный перенос генов и процессов, определяющих судьбу генотипов в популяции отбор, конкуренция, миграция штаммов, генетический дрейф. К настоящему времени большое число природных популяций ризобий охарактеризовано с использованием изоферментного анализа. Проанализированы основные параметры популяционной структуры гетерогенность популяции и неравновесие но сцеплению хромосомных генетических маркеров. Анализ факторов, определяющих 1енетический полиморфизм ризобий, показал, что растениехозяин является ключевым фактором как для динамики ризобий в природных популяциях поддержание численности и стабильности ризобий, так и для увеличения их генетического разнообразия. В настоящее время для характеристики ризобий широко используются различные методы анализа ДНК. Преимущество этих методов состоит в том, что они позволяют получать стабильные характеристики, независящие от физиологического статуса микроорганизма, более тесно связанные с генотипом и позволяющие анализировать любые участки ризобиального генома. С помощью методов анализа ДНК впервые стало возможным проанализировать участки генома, содержащие симбиотические гены, изучение которых было невозможно с использованием других методов. Анализ симбиотических участков генома ризобий особенно важен для выявления роли растенияхозяина в процессах формирования генетической структуры природных популяций клубеньковых бактерий. Представляет большой интерес использовать методы анализа ДНК для изучения основных параметров популяции гетерогенности и неравновесия по сцеплению между хромосомными и плазмидными маркерами. ДНК с эффективными методическими подходами к анализу популяционной структуры и процессов, сс определяющих, единичны. Цель и задачи исследования. Цслыо нашей работы являлся молекулярногенетический анализ популяции . ЕвропейскоСибирского генцентра люцерны. II сцеплению между типами. Научная новизна работы. ЕвропейскоСибирскому генцентру люцерны.