Геномный полиморфизм коллекционных штаммов Yersinia pestis

• Автор: Горшков, Олег Владимирович
• Шифр специальности: 03.00.07, 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2000
• Место защиты: Саратов
• Количество страниц: 137 с.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИС ОК ПРИНЯТЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ И СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕН ИI .а

ОБЗОР ЛИТЕР АТУ РЫ

лава 1. СОВРЕМЕННОЕ СОСТОЯНИЕ ПРОБЛЕМЫ ТАКСОНОМИИ ВОЗБУДИТЕЛЯ ЧУМЫ

Глава 2. МОЛЕКУЛЯРНОГЕНЕТИЧЕСКИЕ ПОДХОДЫ В ТАКСОНОМИИ

ВОЗБУДИТЕЛЕЙ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ИНФЕКЦИЙ

2.1. Плазмидный анализ

2.2. Рестрикционный анализ ДНК

2.3. ДНК и РНКзондироваиие

2.4. ПЦРанализ

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Глава 3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
3.1. III гаммы бактерий, плазмиды и бактериофаги
3.2. Питательные среды и условия культивирования бактерий.
3.3. Микробиологические методы
3.4. Молекулярногенетические методы
Глава 4. МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЕ, БИОХИМИЧЕСКИЕ И ГЕНЕТИЧЕ
СКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ КОЛЛЕКЦИОННЫХ ШТАММОВ
У. РЕПШ.
I лава 5. ДАКТИЛОСКОПИЯ ГЕНОМА ПРИРОДНЫХ ШТАММОВ ЧУМНОГО МИКРОБА
5.1. Геномная дактилоскопия коллекционных штаммов У. .i с использованием гипсрвариабсльных последовательностей ДНК бактсриофа
гаМ1Э.
5.2. Конструирование ДНКзонда для внутривидовой дифференциации
различных штаммов . ii.
5.3 Геномная дактилоскопия коллекционных штаммов У. i с использованием сконструированного ВХзонда
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


В подтверждение актуальности настоящего исследования, следует также отметить, что на проходившей в марте пода Атланта, США международной конференции по инфекционным заболеваниям рассматривался вопрос о расширении критериев лабораторной диагностики чумы, для решения которот была создана рабочая группа с целью разработки рекомендаций для молекулярного тигжрования штаммов У. , . ЦЕЛЬ РАБОТЫ состояла в выявлении полиморфизма геномов штаммов . Провести анализ паспортных данных штаммов чумного микроба, выделенных из различных природных очагов, и проверить стабильность микробиологических признаков выбранных штаммов в процессе коллекционного хранения. Осуществить ПЦРтипированне природных штаммов чумного микроба различных иодвидов с использованием праймеров, созданных на основе нуклеотидных последовательностей. ДИК бактериофага М. Сравнить нуклеотидные последовательности генетических зондов, используемых для идентификации чумною микроба, н сконструировать ДНКзонд на основе нуклеотидной последовательности хромосомной ДНК У. Изучить геномный полиморфизм штаммов У. Впервые показана возможность межвидовой дифференциации патогенных представителей рода . ii путем ПЦРтипирования с праймерами, сконструированными на основе нуклеотидных последовательностей, фланкирующих пшервариабельные последовательности ДНК бактериофага М. Впервые установлено, что генетические зонды, используемые для идентификации чумного микроба 1II зонд на основе элемеита и МКзонд имеют в своем составе идентичную по составу нуклеотидную последовательность, размером 0 Ьр. Обнаруженная нуклеотидная последовательность послужила основой нового генетического зонда, обозначенного ВХ, позволяющего эффективно проводить типированне штаммов . Получены приоритетные данные по зависимости полученных генодактилосконичсских картин штаммов . Установленные закономерности позволяют говорить о закреплении на генетическом уровне эволюционной адаптации возбудителя чумы к организму грызунов и зайцеобразных. На основе фингерпринтного анализа предложена оригинальная схема дифференциации коллекционных штаммов . Сконструирован ДНКзонд, позволяющий эффективно проводить внутривидовое тонирование штаммов i, выделенных из различных природных очагов. Штамм . X 5 источник ДИКзонда ВХ депонирован в Государственной коллекции патогенных бактерий РосНИПЧИ Микроб. Па основе результатов проведенных исследований оформлен патент 9 Д1ГКзонд для типирования чумного микроба ВХзонд. АПРОБАЦИЯ РАБОТЫ. Материалы диссертации доложены на совместном АмериканоРоссийском семинаре в Форт Детрик. США. НИИ микробиологии МО РФ Киров, научной конференции учреждений по борьбе и изучению природноочаговых инфекций Министерства Здоровья и Социальной Защиты УланБатор, Монголия, , юбилейной научной конференции посвященной лстию ГНЦ прикладной микробиологии Оболснск, г итоговой научной конференции Рос ПИП ЧИ Микроб Саратов. ПУБЛИКАЦИИ. По теме диссертации опубликовано 7 научных работ. СТРУКТУРА И ОБЪЕМ ДИССЕРТАЦИИ. Диссертация состоит из введения, двух глав обзора литературы, трех глав собственных исследований, заключения, выводов и списка литературы, включающего 0 цитируемых работ, из них зарубежных. В процессе коллекционного хранения ипаммов . ПЦРтипирование с использованием праймеров, на основе гиперваризбельных последовательностей бактериофага М, дает возможность проведсття межвидовой дифференциации патогенных представителей рода ii, но не приемлемо для дифференциации ипаммов У. Генетические зонды, используемые для идентификации чумного микроба на основе III, I и МК. К i. Закономерности локализации нуклеотидной последовательности, составляющей ВХзонд, на хромосомной ДНК семидесяти гаммов . Диссертационная работа выполнялась в рамках плановой НИР 3 Изучение структурнофункциональной организации генома чумного микроба и разработка генетических тсстсистсм для характерногики и идентификации возбудителей опасных инфекционных . I ос регистрации .