Криптические миниплазмиды азоспирилл: разработка эффективных методов выделения и характеристика репликонов

• Автор: Голубев, Сергей Николаевич
• Шифр специальности: 03.00.07, 03.00.04
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2002
• Место защиты: Саратов
• Количество страниц: 211 с. : ил

содержание в них плазмидной ДНК .

4.6.2. Препаративный метод выделения плазмидной ДНК.

4.6.3. Препаративный метод выделения тотальной ДНК бактерий.

4.6.4. Препаративный метод выделения ДНК бактериофага X

Глава 5. Крит ические миниилазмиды азоспирилл.

5.1. Выявление малых плазмид у азоспирилл, выделенных в Саратовской области.

5.2. Количество и размер исследуемых репликонов.

5.3. Физическое картирование миниплазмид

5.4. Клонирование миниплазмид и идентификация рекомбинантов.

5.5. Частичное секвенирование 2,9тпн плазмиды и анализ прочитанных нуклеотидных последовательностей

5.6. Антибиотинеустойчивость и миниплазмиды.

Глава 6. Выявление и сравнение плазмид из клинических штаммов бактерий
6.1. Соотношения плазмидосодержащих и бесплазмидных штаммов в просгранственнотаксономической структуре бактериоценоза
стационара
6.2. Сравнение плазмидных профилей клинических штаммов
бактерий
6.3. Горизонтальный генетический перенос, опосредованный
плазмидами
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Неконъюгативные плазмиды небольшой величины около тпи, лишенные гго генов, способны переноситься в другие клетки с помощью конъюгативных плазмид мобилизация . Плазмиды относятся к простейшим формам жизни на Земле. Они не могут стабильно существовать вне организма, являясь, помнению многих исследователей, паразитами, осуществляющими свой жизненный цикл в клетке 3, , , , 7. Это накладывает отпечаток как па эволюцию плазмид, так и на эволюцию бактерий 3. Согласно А. М. Воронину 7, гипотетически можно рассматривать два направления в эволюции плазмид регрессивное и прогрессивное. Такие плазмиды чаще всего характеризуются ослабленным контролем репликации и присутствуют в клетке в большом числе копий в среднем копий на клетку , что повышает вероятность их выживания. Большое число копий увеличивает вероятность переноса плазмиды в другие клетки с помощью трансдукции или мобилизации конъюгативными плазмидами. Ограниченное количество сайтов узнавания для ферментов рестрикции повышает устойчивость молекулы ДНК этих плазмид к действию эндонуклеаз при переносе в клетки новых бактериальных хозяев. Прогрессивное направление эволюции плазмид характеризуется приобретением системы, контролирующей конъюгационный перенос, и ряда других генов, что повышает конкурентноспособность плазмидного репликона и его ценность для бактериальной клетки, способствуя, в конечном итоге, его размножению и распространению среди клеток бактериальных популяций. Следствие этого возрастание размеров плазмиды. Естественным поэтому представляется наличие у таких плазмид систем репрессии 1га генов, а также строгого контроля репликации плазмид и малого числа их копий. Существует мнение 9, , 5, что различия в репликации и ее контроле у крупных и малых плазмид связано с отличиями репликативных генов этих двух плазмидных групп малокопийные плазмиды со строгим типом контроля репликации размер базового репликона 2,02,5 тпн для инициации репликации используют инициаторные белки, тогда как многокопийные плазмиды с ослабленным типом контроля репликации размер базового репликона 1,0 тпн РНКполимеразу и ДНКполимеразу I , . Это может быть следствием различного эволюционного происхождения плазмид и иметь различный эволюционный смысл. Следует отметить, однако, что разделение плазмид на две группы несколько условно, имеются и исключения например, есть малые плазмиды, которые находятся в клетке в количестве 12 копий например, , и крупные плазмиды например, 6 с большим количеством копий в клетке 9, , 5. Малые плазмиды могут быть производными крупных, сохраняя при этом особенности репликации последних 5. Крупные плазмиды могут образовываться путем слияния плазмид, в результате чего формируются репликоны, содержащие более одного репликативного аппарата 9, , 5. Нередко лишь один из этих репликативных аппаратов активен как правило, тот, который в естественных условиях обеспечивает образование большего числа копий . Это объясняет существование крупных плазмид с большим, чем 13 числом копий на клетку. Существование рекомбинантных плазмид, способных осуществлять разные типы репликации, может давать большие селективные преимущества таким плазмидам 9. Ключевая роль коинтеграции плазмид в их эволюции обсуждалась и в работе . 1. Согласно предложенной автором модели, в результате отбора среди плазмидных коинтегратов одни из гер генов оказываюся в релаксированном состоянии и, таким образом, становятся доступными для накопления мутаций. Эти мутации могут приводить к изменениям в несовместимости плазмид. Б литературе распространено также мнение, что реплицирующаяся молекула действует как собирающий носитель для генов, первоначально локализованных на неродственных репликонах , , . Сейчас имеется достаточно оснований говорить, что плазмиды, которые мы видим в наши дни, могут нести как вирусные, так и хромосомные гены , , . Приобретение репликонами различных генов, которые обеспечивают селективные преимущества клеткам, несущим плазмиды, способствует распространению и сохранению в популяции таких репликативных сегментов.