Геновидовая характеристика возбудителя клещевого боррелиоза на территории Иркутской области

• Автор: Хаснатинов, Максим Анатольевич
• Шифр специальности: 03.00.07
• Научная степень: Кандидатская
• Место защиты: Б.м.
• Количество страниц: 112 с. : ил

СОДЕРЖАНИЕ
I. ВВЕДЕНИЕ

II. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Клещевой боррелиоз этиология, структура природных очагов, эпидемиологическая хактеристика

1.1. Этиология.

1.2. Структура природных очагов КБ.

1.3. Особенности эпидемиологии клещевого боррелиоза

1.4. Клинические проявления клещевого боррелиоза.

Глава 2. Методы обнаружения и идентификации

возбудителя клещевого боррелиоза.

2.1. Методы фенотипирования, используемые в типировании боррелий.

2.2. Генетические методы типирования боррелий
III. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Глава 3. Материалы и методы
3.1. Материалы.
3.2. Методы
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Глава 4. Анализ гена белка флагеллина
4.1. Выбор фрагмента для анализа.
4.2. Отработка ПЦР.
4.3. ПЦРанализ клещей и наработка специфичных фрагментов ДНК боррелий.
4.4. ПДРФанализ амплифицированных фрагментов
Глава 5. Анализ гена Б рибосомальной РНЗС
5.1. Выбор фрагмента для анализа.
5.2. Отработка ПЦР.
5.3. ПЦРанализ клещей и наработка специфичных фрагментов ДНК боррелий
5.4. Секвнирование и филогенетический анализ.
IV. ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
V. ВЫВОДЫ
ОТ АВТОРА
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ


Генодиагностика КБ с помощью полимеразной цепной реакции теоретически позволяет обнаруживать единичные клетки возбудителя. Она основана на гибридизации олигонуклеотидовзатравок праймеров с мишенью последовательностью нуклеотидов, специфичной для генома детектируемого микроорганизма. У разных геновидов боррелий, а иногда и у разных штаммов одного геновида, одни и те же фрагменты генома часто имеют различную структуру. При несоответствии мишени и праймера чувствительность ПЦР резко падает Лобзин Ю. В., . Для того, чтобы разработать ПЦРдиагностикум с достаточной чувствительностью, необходима информация о генетическом прежде всего геновидовом разнообразии боррелий на каждой эндемичной по КБ территории. Кроме того, такие данные позволят судить о том, какие клинические проявления КБ могут встречаться в данном регионе и на что надо обращать особое внимание при первичном приеме больных в медицинских учреждениях. На территории России проведена существенная работа по выяснению геновидового разнообразия боррелий. Так, Э. И. Коренберг с соавторами Коренберг Э. И., Горелова Н. Ленинградской, Ярославской, Курганской, Пермской, Свердловской, Тюменской, Новосибирской, Сахалинской областей, Ставропольского, Алтайского, Красноярского Приморского, и Хабаровского краев. Российскому Дальнему Востоку . . Упомянутые выше работы выявили, что на территории России циркулирует 4 геновида боррелий В. В. iii, В. В. ii. Недавно в СевероЗападных регионах России были обнаружены боррелии геновида В. v . v . В., . В Прибайкалье клещевой боррелиоз известен с г. Ананьева Л. П., а планомерное изучение циркуляции возбудителя КБ идет с г. Солнцев И. Г., Солнцев И. Г., Горин О. З., . В г. Горина, был установлен геновид боррелий из клеща, присасывание которого вызвало заболевание нейроборрелиозом. Это оказалась В. Горин О. З., . С тех пор считалось, что возбудителем КБ на территории Иркутской области является В. Однако вопрос о существовании геновидового разнообразия боррелий в природных очагах Прибайкалья остался открытым. Цель и задачи работы. Цель работы состояла в том, чтобы на основе анализа первичной структуры фрагментов генома установить геновидовую принадлежность боррелий в клещах и выяснить, существует ли генетическое разнообразие возбудителей КБ на территории Иркутской области. Проанализировать с помощью ПЦР на наличие ДНК боррелий клещей I. Проанализировать полученные последовательности с использованием филогенетичеких программ, установить геновидовую принадлежность боррелий в исследованых образцах и оценить их роль в эпидемическом процессе. Научная новизна и практическая значимость работы. Иркутской области с помощью молекулярнобиологических методов было доказано обитание в природных сообществах двух различных геновидов боррелий, вызывающих заболевание человека клещевым боррелиозом В. В. агеШ. Впервые в Восточной Сибири в клещах I. ДНК фрагмента гена Б рибосомальной РНК сходные с непатогенными геновидами В. Натае и В. ЫззеиИ. Впервые отработаны подходы к амплификации фрагментов ДНК и генотипированию боррелий из архивных материалов фиксированных и окрашенных мазков содержимого кишечника клещей. Установлена последовательность нуклеотидов фрагмента гена 8 рРНК длиной 7 нуклеотидов для шести образцов боррелий, обнаруженных в клещах I. ШШу отловленных на территории Иркутской области. Использованные в работе праймеры и подходы к ПЦРанализу могут послужить основой для создания ПЦРтестсистемы для обнаружения ДНК боррелий в иксодовых клещах и клинических материалах. Основные положения, выносимые на защиту. На территории Иркутской области, по данным молекулярногенетических исследований, существует геновидовое разнообразие возбудителей клещевого боррелиоза. В природных очагах клещевого боррелиоза в Иркутской области обитает два различных геновида боррелий, вызывающих заболевание человека клещевым боррелиозом В. Ш и В. В клещах . Ш, отловленных в Иркутской области, обнаружены боррелии не относящиеся к геновидам с доказанной патогенностью.