Генетическое разнообразие калицивирусов человека и особенности циркуляции норовирусов геногрупп I и II

• Автор: Луковникова, Любовь Борисовна
• Шифр специальности: 03.00.06
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Нижний Новгород
• Количество страниц: 125 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
I ВВЕДЕНИЕ

II ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1 Значимость калицивирусов в инфекционной кишечной

патологии человека.

2 Открытие и таксономия семейства СаИсЫпс1ае.

3 Структурная и молекулярная организация калицивирусов

3.1 Архитектура вириона

3.2 Белки
3.2 Геном

4 Генетическое разнообразие калицивирусов

5 Характеристика эпидемиологических и клинических проявлений калицивирусной инфекции.
5.1 Эпидемиологические аспекты калицивирусной инфекции
5.2 Клинические проявления кал иди вирусного гастроэнтерита
5.3 Диагностика калицивирусной инфекции
5.4 Иммунитет и перспективы иммунопрофилактики.
III МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
1 Исследуемые объекты
2 Обнаружение и типирование РНК калицивирусов методом ОТПЦР.
3 Определение нуклеотидной последовательности
амплифицированных фрагментов кДНК
4 Объемы проведенных исследований
5 Анализ особенностей циркуляции норовирусов.
6 Статистический анализ результатов.
7 Нормативнометодические материалы.
IV РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
1 Обнаружение калицивирусов у детей, госпитализированных с
1.1 Оптимизация метода ОТПЦР для выявления РНК калицивирусов.
1.2 Обнаружение калицивирусов с использованием оптимизированного метода I НДР.
2 Генотипирование калицивирусов.
2.1 Идентификация и анализ распределения норовирусов геногрупп I, II и саповирусов.
2.2 Анализ частоты обнаружения норовирусов геногрупп I, II
и саповирусов у детей с ОКИ разного возраста
2.3 Филогенетический анализ штаммов калицивирусов
3 Изучение временных особенностей циркуляции норовирусов различных генотипов.
3.1 Особенности циркуляции норовирусов в Нижнем
Новгороде в многолетней динамике
3.2 Анализ годовой динамики частоты обнаружения норовирусов.
V ЗАКЛЮЧЕНИЕ
VI ВЫВОДЫ.
VII СГ1ИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
а.о. аминокислотные остатки
ВПЧ вирусоподобные частицы
дНТФ дезокси ну клеози дри фосфаты
кДа килодальтон
кДНК комплементарная ДНК
КВГЭ калицивирусный гастроэнтерит
ИЭМ иммуноэлектронная микроскопия
МКБ международная классификация болезней МКБ
н.о. нуклеотидные основания
НВГЭ норовирусный гастроэнтерит
ОГЭ острый гастроэнтерит
ОКИ острая кишечная инфекция
ОРС открытая рамка считывания
ОТГЦР обратная транскрипцияполимеразная цепная реакция
п.н. пара нуклеотидов
ПЦР полимеразная цепная реакция
РВГЭ ротавирусный гастроэнтерит
РНК рибонуклеиновая кислота
т триангуляционное число
ЭДТА этилендиамин гетрауксусная кислота
Ыу норовирусы
Ыув норовирусы геногруппы
ЫуСШ норовирусы геногруппы II
ЯсЯр РНКзависимая РНКполимераза
Бу саповирусы
Г. ВВЕДЕНИЕ
Актуальность


ИБ регион данного варианта имеет аминокислотные замены в позициях по вирусу ЬогбБсЫе Р на С, А на V, М на I, Ь на V. Установленные нуклеотидные последовательности норовирусов депонированы в ОепВапк. ЕШ5 Еиб7, Р2 Е. РНКзависимую РНКполимеразу и белок капсида калицивирусов человека. В процессе работы была установлена этиологическая роль калицивирусов в возникновении 4 эпизодов острого гастроэнтерита. Результаты исследований оперативно сообщались лечащим врачам для выбора адекватной стратегии лечения детей Акт внедрения от и ежеквартально направлялись во ФГУЗ Центр ГиЭ в Нижегородской области и Управление Роспотребнадзора по Нижегородской области, где использовались для расчета доли ОКИ установленной этиологии в официальной статистике инфекционной заболеваемости в Нижегородской области Акт внедрения от . Составлен аналитический обзор Роль калицивирусов в кишечной патологии детей и взрослых, который может быть использован при подготовке нормативнометодических документов Роспотребнадзора письмо ФС Роспотребнадзора от 9. Калицивирусы широко распространены на территории Нижегородской области. Нижегородская популяция калицивирусов представлена как минимум норовирусами геногруппы I, геногруппы II генотипов ОИ. Ь, 1. Ь, Н. Н. и саповирусами геногруппы I . II 1. Особенностью циркуляции норовирусов в г. Нижнем Новгороде в гг. ЫуОН. Нижегородского отделения научного биохимического общества г. Нижний Новгород, г. Идеи Пастера в борьбе с инфекциями г. СанктПетербург, г. Нижний Новгород, г. Роспотребнадзора Биологическая безопасность в современном мире п. Оболенск, Московской области, г. Ученого Совета Нижегородского НИИ эпидемиологии и микробиологии имени академика И. Н. Блохиной и проблемных научнопрактических семинарах института. Материалы диссертации изложены на 5 страницах машинописного текста. Работа состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, собственных результатов и их обсуждения, заключения, выводов и указателя литературы, включающего 4 источников литературы отечественных и зарубежных авторов. Диссертация иллюстрирована рисунками и 5 таблицами. По результатам диссертации опубликовано печатных работ. Работа выполнена в рамках научной тематики Нижегородского НИИЭМ им. И.Н. Блохиной в качестве фрагмента Этиология вирусных кишечных инфекций у детей . Роспотребнадзором Д от декабря г Разработка комплексных мероприятий по диагностике, профилактике, лечению и эпиднадзору за актуальными инфекциями. Калицивирусы человека семейство СаИсМае, род Аогоугмл, род 5арогиз привлекают все большее внимание исследователей в связи с разработкой доступных методов их обнаружения и дифференциации. К настоящему времени установлено, что калицивирусы человека распространены повсеместно, поражают население всех возрастных групп и являются одной из главных причин вспышек небактериального ОГЭ у людей всех возрастов во всем мире , , 6, 7. При этом основным этиологическим агентом вспышек ОГЭ являются норовирусы, которые признаются причиной более вспышек небактериальных гастроэнтеритов, особенно в Европе и Австралии, где ведется активное наблюдение , , 2. Во вспышки калицивирусной инфекции может быть вовлечено от небольшой группы семей до сотен людей. В Японии наблюдалась вспышка, которая охватила 5 миллионов школьников 4. Занимая первое место в структуре вспышечной заболеваемости небактериальными ОГЭ, калицивирусы, по данным проводимых в последние годы исследований, выходят на второе место после ротавирусов в этиологической структуре вирусных гастроэнтеритов при спорадической заболеваемости , , , , . Эпидемиологические исследования, проведенные в Каталонии и Валенсии Испания в гг. А обнаружены в ,3 случаев, калицивирусы в , случаев . Другими испанскими исследователями было проведено обследование 3 детей с клиническими симптомами гастроэнтерита, находившихся на лечении в отделении Университетской центральной больницы г. Астурия в период с ноября г.