Молекулярно-генетическая характеристика вариантов вируса гепатита B, циркулирующих в Санкт-Петербурге и Якутии

• Автор: Морозов, Вячеслав Михайлович
• Шифр специальности: 03.00.06
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2003
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 127 с. : ил.

Оглавление

1. Введение.

2. Обзор литературы

2.1. Молекулярная биология ВГВ.

2.1.1. Структура и организация генома

2.1.2. Вирусные белки

2.1.3. Структура капсида.

2.1.4. Жизненный цикл ВГВ

2.1.5. Репликация ВГВ

2.2. Молекулярные варианты ВГВ.

2.2.1. Генотипы ВГВ

2.2.2. Сочетанное инфицирование различными генотипами
2.2.3. Рекомбинация
2.2.4. Мегоды генотипирования ВГВ
3. Материалы и методы
4. Результаты собственных исследований.
4.1. Филогенетический анализ полноразмерных нуклеотидных последовательностей ВГВ
4.2. Гснотипирование ВГВ в популяциях больных гепатитом В СанктПетербурге и Якутии
4.2.1 Разработка стратегии генотипирования ВГВ методом РСЯГЬР по трем участкам генома
4.2.2. Генотипирование вариантов ВГВ, циркулирующих в СанктПетербурге, методом РСИКРЬР по трем участкам генома.
4.2.3. Генотипирование вариантов ВГВ, циркулирующих в СанктПетербурге, методом амплификации с типоспецифичными праймерами
4.2.4. Определение генотипа ВГВ у больных острым гепатитом В.
4.2.5. Генотипирование вариантов ВГВ, циркулирующих в Якутии
4.3. Определение нуклеотидных последовательностей фрагментов
генома ВГВ. Компьютерный анализ, полученных последовательностей.
4.3.1. Секвенирование и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей ВГВ
4.3.2. Анализ аминокислотных замен.
4.4. Секвенирование и анализ рекомбинантного генома ВГВ из СанктПетербурга.
4.4.1. Доказательства рекомбинантной природы изолята ВГВ. Картирование участков рекомбинации.
4.2.2. Анализ аминокислотных замен.
5. Обсуждение результатов
5.1. Генотнпированис вариантов ВГВ у больных ХГВ в СанктПетербурге и Якутии
5.2. Гомологичная рекомбинация у ВГВ.
Выводы.
Список литературы


При этом популяция в СанкгПетербургс представлена преимущественно О генотипом, тогда как в Якутии генотипы А, С и Э циркулируют почти в равной пропорции, с небольшим доминированием генотипа Э. Выявлена возможность смешанной инфекции, обусловленной разными генотипами ВГВ. В результате филогенетического анализа полноразмерных последовательностей генома ВГВ, представленных в СепВапкЕМВЬ, получены данные, указывающие на высокую частоту рекомбинационных событий в эволюционной истории ВГВ. Для обнаруженных мозаичных геномов картированы предполагаемые точки рекомбинации. В СанктПетербурге выявлен и секвснирован вариант ВГВ, образовавшийся в результате рекомбинации между двумя разными генотипами. Разработан метод определения генотипов ВГВ, основанный на сочетании амплификации с типоспецифичными праймерами и РСЛНРЬР. В ходе исследования было изучено распространение генотипов ВГВ в СанктПетербурге и Якутии. Эти данные могут быть использованы при решении эпидемиологических задач. Показано, что генотипированис с помощью ЯРЬГРСК по трем областям генома ВГВ может быть использовано для идентификации рекомбинантных штаммов. Обнаружен дополнительный источник вариабельности ВГВ межгеномная рекомбинация, который необходимо учитывать при филогенетических реконструкциях эволюционной истории ВГВ, проведении эпидемиологических исследований, а также при разработке новых вакцин. В настоящее время в СанктПетербурге циркулируют ВГВ трех генотипов А, С и О. Б генотип Л встречается значительно реже генотип С был обнаружен только у выходцев из ЮгоВосточной Азии. В Якутии в популяции больных хроническим гепатитом В генотипы ВГВ Б, А и С встречаются приблизительно с равной частотой, лишь с небольшим доминированием генотипа Б при этом с высокой частотой выявляется смешанная инфекция, обусловленная двумя генотипами ВГВ. Рекомбинация между геномами ВГВ, принадлежащими к разным генотипам, является дополнительным источником вариабельности вируса. Материалы диссертации были представлены на международной научной конференции Грипп XXI век С. Петербург, , 2ой Международной конференции, посвященной летию С. Петербургского института им. Пастера, Идеи Пастера в борьбе с инфекциями С. СанктПетербург, , Всероссийской научнопрактической конференции Новые препараты в профилактике, терапии и диагностике вирусных инфекций СанктПетербург, . По теме диссертации опубликовано 7 печатных работ. Диссертация изложена на 7 страницах, содержит таблиц и рисунков, включает введение, обзор литературы, материалы и методы, результаты собственных исследований и обсуждение в 5 главах и выводы. Список литературы включает 2 работы отечественных и зарубежных авторов. Вирус гепатита В ВГВ принадлежит к семейству vii, роду vi, представители которого инфицируют человека, человекообразных обезьян, низших приматов и грызунов. В это же семейство входят представители рода vivi, инфицирующие птиц i К. ВГВ был открыт более чем лет назад в результате обнаружения в крови австралийских аборигенов антигена, названного первоначально австралийским В. Через некоторое время было высказано предположение, что австралийский антиген является маркером гипотетического возбудителя сывороточного гепатита В. В г. В методом электронной микроскопии Дсйн с соавторами описали частицу диаметром им, содержащую . Вскоре стало ясно, что частица Дейна представляет собой полный вирион гепатита В. Вирион имеет липидосодержащую наружную оболочку толщиной 7 нм и электронноплотную сферическую внутреннюю сердцевину, или нуклеокапсид, диаметром нм. Наружная оболочка включает в себя антиген и два других поверхностных антигена, средний и большой . Нуклеокапсид содержит антиген сердцевины или коровый белок , а также вирусный геном и ДНКполимеразу рисунок 1. Геном ВГВ представлен кольцевой частично двухцепочечной ДНК размером около нуклеотидов рисунок 2. Молекула ДНК состоит из полной, терминальноизбыточной минусцепи, которая на 5конце ковалентно связана с вирусной полимеразой, и неполной плюсцепи.