Молекулярное типирование клинических штаммов Neisseria gonorrhoeae

• Автор: Верещагин, Владимир Александрович
• Шифр специальности: 03.00.04, 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 149 с. : ил.

1 Обзор литературы

1.1 Общая характеристика ii

1.2 Гонококковая инфекция.

1.2.1 Основные факторы патогенности и патогенез гонореи

1.2.2 Эпидемиология

1.2.3 Лечение. Проблема лекарственной устойчивости

1.3 Внутривидовая вариабельность . и гетерогенность популяции

1.3.1 Морфологический полиморфизм гонококков

1.3.2 Физиологическая и серологическая гетерогенность гонококков

1.3.3 Фенотипическая гетерогенность гонококков. Лекарственная устойчивость

1.3.3.1 Формирование устойчивости к различным классам антимикробных препаратов

1.3.3.2 Методы оценки лекарственной устойчивости возбудителя. Анализ генетических маркеров
1.3.4 Современные подходы к оценке гетерогенности популяции .
1.3.4.1 рогтипирование
1.3.4.2 Тигшрование мультмлокуенмм секвенированием
1.3.4.3 Прямое белковое профилирование с использованием М I массспектрометрии
2 Материалы и методы
2.1 Бактериальные штаммы
2.2 Прямое белковое профилирование штаммов .
2.2.1 Бактериальные клетки
2.2.2 Экстракция белков грубый лизис бактериальных клеток
2.2.3 Сокристализация матрицы и аналита
2.2.4 Массспектрометрический анализ
2.2.5 Интерпретация массспектров
2.3 Генетический анализ штаммов .
2.3.1 Выделение тотальной ДНК .
2.3.2 Амплификация фрагментов генома .
2.3.3 Подготовка продуктов амплификации для дальнейшего анализа
2.3.4 Минисеквенировапие и массспектрометричсский анализ продуктов реакции
2.3.5 Секвенирование фрагментов генов рог, рагС, домашнего хозяйства
2.3.6 Анализ нуклеотидных последовательностей генов рог, рагС, домашнего хозяйства
2.4 Математический анализ данных
3 Результаты
3.1 Коллекция образцов ДНК клинических штаммов .
3.2 Прямое белковое профилирование штаммов . ъопоггЬосае
3.3 Анализ генетических маркеров лекарственной устойчивости . опоггЬоеае
3.4 Типировапие штаммов . опоггЬоеае и оценка гетерогенности популяции
3.4.1 рогтипирование
3.4.2 Типировапие мультилокусиым секвенированием
4 Обсуждение
4.1 Коллекция образцов ДНК клинических штаммов М.опоггИоеае
4.2 Прямое белковое профилирование
4.3 Анализ генетических маркеров лекарственной устойчивости .
4.4 Тнпирование штаммов . и оценка гетерогенности популяции.
5 Заключение
6 Выводы
7 Список литературы
8 Приложение
Список используемых


Стоит отметить, что Рог белок, играющий важную роль в процессах адгезии к эпителиоцитам и инвазии внутрь клеток, характеризуется высокой изменчивостью, поэтому отдельные структурные вариации в соответствующих генетических локусах рог гена, могут иметь эволюционные преимущества, из чего следует подверженность их селекции. Эти свойства объекта типирования позволяют использовать данный подход для оценки быстрых адаптационных изменений гонококка, краткосрочных эволюционных тенденций развития популяции, а также для оценки е гетерогенности в небольших, относительно замкнутых группах пациентов. Отличную идеологию содержит в себе, предложенный относительно недавно для типирования популяции . Предполагаемая область его использования это оценка макроэволюции популяции в целом и тенденций в динамике больших популяций, затрагивающих обширные территории. Отдельно следует заметить, что в РФ отсутствует какаялибо развитая система типирования . Таким образом, дальнейшая разработка и адаптации методов молекулярного типирования гонококка, а также комплексная характеристика популяции . РФ, представляются актуальными задачами, решение которых подразумевает фундаментальные и медицинские аспекты исследования. Целыо настоящей работы являлалсь разработка и сравнение различных методов молекулярного типирования . Российской Федерации. Формирование коллекции образцов ДНК микробиологически охарактеризованных клинических штаммов . Российской Федерации. Разработка системы комплексной оценки антибиотикоустойчивости . Оптимизация методики прямого массспектрометрического белкового профилирования и оценка возможности типирования клинических штаммов . Реализация схемы рогтипирования для характеристика коллекции российских клинических штаммов . Анализ гетерогенности генов домашнего хозяйства . Молекулярноэпидемиологическая характеристика группы клинических штаммов . РФ, включающая 1 анализ распространенности и вклада различных механизмов в формирование лекарственной устойчивости . Гонококки, возбудители гонореи инфекционного заболевания с гнойными воспалительными проявлениями в мочеполовых путях, были открыты Нейсссром в г. Буммом в г. Галену И век до н. Согласно современным таксономическим представлениям возбудитель гонореи ii отнесен к семейству ii, роду ii, включающего ещ один патогенный для человека вид ii iiii, а также ряд неиатогенных микроорганизмов, обитающих в носоглотке здоровых людей табл. Таблица 1. Такое расположение диплококков объясняется тем, что при делении процесс перетяжки кокка протекает дольше, чем другие фазы рис. Рис. В среднем длина гонококковой клетки 1,,8 и ширина 0,,8 мкм, хотя величина может изменяться в зависимости от многих факторов возраста, условий питания, среды и т. Гонококки принадлежат к наиболее прихотливым бактериям, для выращивания требуют специальных питательных сред, обогащенных нативным животным белком растут в условиях повышенной влажности, при температуре С, в атмосфере 5 СОг, неустойчивы во внешней среде. Характеризуются низкой сахаролитической активностью, ферментируя только глюкозу с образованием кислоты, не восстанавливают нитрит, редко характеризуются гемолитической активностью, пигмент не образуют. Имеют склонность к аутолизу под действием определнных факторов внешней среды , антибиотики, температура и др. Практически все бактерии свежевыделенных культур имеют мнкрокапсулу. На образование капсулы i viv влияет комплекс физикохимических факторов резистентности организма и среды обитания. Антитела к капсулярным антигенам стимулируют фагоцитоз гонококков. Структура клеточной стенки . У свежевыделенных штаммов . Внешняя часть пилей имеет длину порядка нескольких микрон 9. Они состоят из цепочек белковых субъединиц основная субъединица i, остатков сахаров и фосфорной кислоты. Пили относятся к метилфенилаланиновому типу, который также характеризует , x, Vii . Пили обеспечивают адгезию гонококков к клеткам эпителия. Внешняя мембрана . ОМР. Рис. Схема строения клеточной стснкн . Липополисахарид нейссерий имеет в своем строении некоторые особенности.