Структура 16SpPHK и таксономический статус Anaerobacter polyendosporus

• Автор: Никитин, Дмитрий Валерьевич
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1999
• Место защиты: Пущино
• Количество страниц: 96 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Использование генотипических данных в таксономии бактерий 1.1.1 Роль семантид в систематике микроорганизмов

1.1.2. Методы филогенетического анализа на основе семантид

1.1.3. Обработка информации

1.1.4. Гепотипирование бактерий

1.2. Изучение пространственной укладки рибосомальных РНК

1.3. Использование фенотипических признаков в таксономии микроорганизмов

1.3.1. Использование морфофизиологических признаков в систематике бактерий

1.3.2. Использование биохимических данных для классификации бактерий

1.3.2.1. Биохимическое разнообразие бактерий и его роль в таксономии
1.3.2.2. Использование иептидогликана для систематики микроорганизмов
1.3.2.3. Состав жирных кислот как таксономический признак
1.3.2.4. Фенотипирование микроорганизмов
1.4. Таксономическое разрешение различных методов бактериальной систематики
ГЛАВА П. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Материалы
2.1.1. Штаммы бактерий, фаговые и плазмидные вектора
2.1.2. Среды и основные буферы
2.1.3. Материалы и реактивы
2.2.Методы исследования
2.2.1. Культивирование бактерии
2.2.2. Морфологическая характеристика
2.2.3 Анализ аминокислотного состава пептидогликана
2.2.4. Анализ профиля жирных кислот
2.2.5. Выделение плазмидной ДНК
2.2.6. Выделение одноцепочечной ДНК фага М
2.2.7. Фосфорилирование олигонуклеотидных праймеров
2.2.8. ПЦРамплификация ДНК
2.2.9. Препаративное выделение фрагмента ДНК
2.2 Лигирование фрагментов ДНК
2.2 Получение компетентных клеток Е.со и их трансформация
2.2 Анализ рекомбинантных клонов
2.2 Определение нуклеотидной последовательности ДНК ГЛАВА III. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Амплификация и клонирование Б рДНК АпаегиЬасег роуепсоярогия
3.2. Определение нуклеотидной последовательности 8 рДНК А. роуепсоБрогт
3.3. Вторичная структура Б рРНК А. роуетозрогия
3.4. Характеристика морфологических свойств бактерии
3.5. Определение аминокислот пептидогликана
3.6. Анализ состава жирных кислотаАпаегоЬасег роуепсозрогиз
3.7. Анализ филогенетического положения АпаегоЬасег роуепсоврогий ВЫВОДЫ
ЛИТЕРАТУРА


Электронномикроскопические доказательства полиспорогенеза . . Расс, были представлены лишь для еще одной бактерии i , обитающей в пищеварительном тракте животных. Однако, эта бактерия относится к некультивируемым микроорганизмам. В отличие от нее, способна к росту в лабораторных условиях, как на твердых, так и в жидких синтетических средах, и, таким образом, может служить модельной системой для изучения закономерностей полиспорогенеза у прокариот. По совокупности морфофизиологических и биохимических признаков была отнесена к клостридиальной группе. Однако ее уникальные свойства, резко отличающие бактерию как от близкородственных клостридий, так и от других бактерий, позволили авторам выделить в новый род грамположительных анаэробных микроорганизмов . На сегодняшний день для получения наиболее полной таксономической информации используются генетические данные. РНК малых субъединиц рибосом. В литературе опубликованы сотни дендрограмм генов Э рРНК, без них не проходит описание фактически ни одного нового бактериального таксона. Депонирование данных но первичным последовательностям 8 рРНК создают удобную базу для их предварительной идентификации. Кроме того, представленное в работе изучение первичной последовательности Б рРНК А. Использование А. Внутримембранные слоистые образования у А. Более того, при определенных условиях в культуре бактерии происходило образование полигональных клеток, что, повидимому, говорит о наличии альтернативных стадий ее жизненного цикла, отличных от спорообразования. Исследования в этом направлении позволят расширить наши представления о филогении, биоразнообразии и особенностях онтогенеза у прокариотных микроорганизмов. Цели и задачи исследования. Целью настоящего исследования являлось определение филогенетического положения и таксономического статуса анаэробной многоспоровой бактерии АпаегоЪааег ро1уепс1ороги8 на основе определения нуклеотидной последовательности Б рДНК, качественного и количественного анализа компонентов клеточной стенки и мембраны пептидогликана и жирных кислот, детального изучения морфофизиологических и биохимических свойств и их сравнения с аналогичными характеристиками других микроорганизмов. Определить филогенетическое положение и уточнить таксономический статус АпаегоЬааег ро1уеп1орогих в системе микроорганизмов, используя полученные результаты и данные литературы. Данная работа выполнена в лаборатории Генной систематики Института биохимии и физиологам микроорганизмов имени Г. К. Скрябина. Научная новизна. Результаты, полученные в ходе выполнения данной работы, носят приоритетный характер. Впервые определена нуклеотидная последовательность 8 рДНК АпаегоЬааег ро1уепйорогш, проведен хемотаксономичсский анализ компонентов ее клеточной стенки, охарактеризованы новые морфофизиологические свойства способность к образованию до 7 спор в одной клетке, наличие особых липидных виутримембранных структур, особенности цикла развития. Впервые проведен комплексный филогенетический анализ уникальной многоспоровой бактерии, определен ее таксономический статус. Практическое значение работы. Нуклеотидная последовательность гена 8 рРНК АпаегоЬааег ро1уепс1орогш зарегистрирована в международной базе данных нуклеотидных последовательностей вепеВапк и может быть использована для подбора видоспецифических олигонуклеотидных праймеров для быстрой детекции культуры в различных пробах природного и антропогенного происхождения. Данные, полученные в результате проведенных исследований, служат основой таксономического описания АпаегоЬааег ро1уепс1ороги и включения его в микробиологические определители. Бактерия может служить модельной системой для изучения молекулярных основ полиспорогенеза. Полученные данные расширяют представления об организации прокариотных клеток, циклах развития бактерий, многообразии анаэробных спорообразующих микроорганизмов и их филогении.