Изучение тканеспецифического метилирования протяженных геномных локусов

• Автор: Скворцова, Юлия Валентиновна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2007
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 108 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ.

Список сокращений

1. Введение

2. Литобзор Метилирование ДНК у млекопитающих.

2.1. Введение

2,2 Распределение метилированных цитозинов

в геноме млекопитающих.

2.3. Клеточный аппарат метилирования ДНК

и ремоделирования хроматина.

2.4. Изменения паттерна метилирования ДНК в онтогенезе.

2.5. Метилирование и импринтинг.

2.6. Нарушения метилирование ДНК при развитии заболеваний.
2.7. Влияние окружающей среды на метилирование ДНК.
2.8. Заключение.
3. Методы и материалы.
3.1. Материалы
3.2. Методы
4. Результаты и обсуждение
4.1. Введение
4.2. Разработка метода ii i клонирование идентичных последовательностей для анализа
тканеснецифического метилирования протяженных геномных локусов.
4.2.1. Картирование неметилированных сайтов.
4.2.2. Картирования гиперметилированных
последовательностей.
4.2.3. Создание ранжированных библиотек фрагментов
и их анализ.
4.3.Анализ распределения метилирования локуса X5X79ой хромосомы человека
в нормальной паренхиме и семи номе яичка.
4.4. Анализ распределения метилирования локуса РХСОХ7А1 ой хромосомы в нормальной и опухолевой
тканях легкого и клеточной линии А9 аденокарцинома легкого.
4.5. Исследование взаимосвязи транскрипции генов
и уровня метилирования.
4.6. Исследования функциональной роли метилирования
ДНК в локусе 2 МАС7 клеточной линии А9
Выводы
Список цитируемой литературы


Используя разработанный метод, провести сравнительный анализ метилирования участка ой хромосомы в ДНК нормальных и опухолевых тканях, а также клеточной линии. Провести функциональный анализ найденных дифференциально метилированных локусов, для чего сравнить состояние хроматина и уровень экспрессии генов, находящихся в этих локусах. ЛИТОБЗОР. МЕТИЛИРОВАНИЕ ДНК У МЛЕКОПИТАЮЩИХ. Введение. Термин эпигенетика ввел в г. Конрад Ваддингтон. Под ним он определял процесс влияния окружающей среды на гены, за счет которого формируется фенотип i, . Сейчас под ним понимают клеточные механизмы регуляции и изменения экспрессии генов i . i, . Впервые в группе Ванюшина Б. Ф. была показана видовая, тканевая, органоидная и возрастная специфичность распределения в геномной ДНК метилированных по пятому положению цитозинов Vi . v . i . Далее было показано, что метилирование цитозина по пятому положению в составе динуклеотида является единственной эпигенетической модификацией человека и млекопитающих Vi . В г. является единственной эпигенетической модификацией человека и млекопитающих, а также специфичности паттернов метилирования была выдвинута модель, предполагающая, что метилирование ДНК является одним из факторов, влияющих на экспрессию генов i, . Распределение метилированных цитозинов в геноме млекопитающих. Метилированный цитозин у млекопитающих находится в составе динуклеотида, который высоко представлен в их геноме. Так, у человека частота его встречаемости составляет , а у мыши . в уникальных последовательностях, а у мыши в повторяющихся и в уникальных . Исследования с использованием метилчувствительной рестриктазы показали, что в геноме млекопитающих в среднем примерно метилировано i, . Сравнительный анализ последовательностей фрагментов, полученных после рестрикции показал, что в геноме неметилированные сайты расположены в основном в богатых областях, соответственно и в них чаще встречается, чем в других районах. Эти районы стали называть островки i, . Критерии для их определения были даны на основе особенностей известных на тот момент последовательностей с часто встречающимися сайтами рестрикции i , и данными из баз геномных последовательностей на г. По этому определению, которым пользуются до сих пор, островок это последовательность ДНК длиной 0 п. составляет более , а частота встречаемости выше 0,6 i а У человека примерно половина генов экспрессируется в большинстве тканей и содержит островки, которые в основном не метилированы и находятся в промоторах этих генов Ii . . Однако некоторые неметилированные островки ассоциированы с тканеспецифическими генами, которые активируются в определенных типах тканей при их дифференцировке i, . Другая группа островков, которые метилированы, находится в промоторах импринтируемых генов и генов инактивированной Ххромосомы i, . Использование данного выше определения островков дает возможность найти их также и в промоторах некоторых эндогенных ретроэлементов. Биоинформатический анализ и хромосом позволил выявить отличие между островками уникальных последовательностей и островками повторяющихся элементов. Оказалось, что островки уникальных последовательностей промоторов генов, как правило, имеют длину более 0 п. в них более i а Многочисленные исследования подтверждают гетерогенность геномов растений и животных по содержанию нуклеотидов и существование протяженных богатых областей, длина которых достигает несколько сотен тысяч п. i . i . Интересно, что с гетерогенностью нуклеотидного состава взаимосвязана гетерогеннность различных функциональных особенностей генома. Замечено, что повышенное содержание положительно коррелирует с высоким содержанием островков i . i . .