Методы идентификации инсерционной вариабельности ретроэлементов

• Автор: Мамедов, Ильгар Зияддинович
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2004
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 109 с. : ил.

Оглавление

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ГЛАВА I. РЕТРОЭЛЕМЕНТЫ И ИХ РОЛЬ В ГЕНОМЕ

ПРИМАТОВ. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Введение

1.1 Ретроэлементы. Деление на группы. Различия в плане

строения и механизме размножения. Численность и распространение

1.2 I и I элементы

1.3 ретротранспозоны

1.4 Ретроэлементы и геном приматов. Их взаимодействие

1.5 Интеграционный полиморфизм ретроэлементов в геномах

приматов. Его изучение и использование
Заключение
ГЛАВА И. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕН ИЯ
2.1 Метод селективной ПЦР амплификация и его применение для полногеномного анализа интеграций ретроэлементов
2.2 Идентификация семейства V, отличающих геном
человека от генома шимпанзе методом i
2.3 Некоторые особенности исследованных
2.4 Идентификация полиморфных интеграций элементов
семейства 58 в геноме человека
ГЛАВА III. ПРАКТИЧЕСКАЯ ЧАСТЬ
3.1. Материалы
3.2. Методы
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


С другой стороны представители семейства чаще встречаются в участках генома, обогащнных нуклеотидами ГЦ. Такое распределение достаточно необычно, учитывая тот факт, что элементы используют для размножения ретротранснозиционную активность I. Интеграции , произошедшие сравнительно недавно в процессе эволюции, чаще встречаются в областях генома, обогащнных нуклеотидами АТ. Вероятно существует неизвестный эволюционный механизм, приводящий к потере интеграций в А обогащнных областях генома. Структурные особенности I. Как было отмечено ранее, I элементы составляют около всего человеческого генома Табл. В геноме встречаются в основном 3 класса I 1 I1, 2 I2 и 3 I3 2. Полноразмерные представители I имеют длину несколько тысяч п. , однако большинство содержащихся в геноме копий укорочены со стороны 5 конца. К I элементам можно отнести также II1 элементы, имеющие только одну , сходную по структуре с 1 . Считается, что I элементы возникли ещ в докембрии и являются ровесниками эукариот , так как вс тречаются в геномах практически всех эукариотических организмов. При этом все I элементы обладают схожей по строению обратной транскриптазой, что указывает на их филогенетическое родство. Возможно, что I элементы произошли ог бактериальных нитронов II типа . 2 и 3 очень старые группы, которые были активны ещ до возникновения млекопитающих. Считается, что последние представители 2 были активны 0 млн. I элементов , . Наиболее молодой и широко распространнной группой I элементов является семейство 1 ретротрансиозонов, на примере которых и будет рассмотрено строение и размножение I. Около полумиллиона копий представителей 1 образуют не менее человеческого генома. Полноразмерный элемент имеет длину около 6 тысяч и. 5 i длиной около 0 п. 1 длиной около 1 т. 2 длиной 4 т. I 3 i длиной около 0 и. А последовательность Рис. В геноме содержится всего лишь около полноразмерных копий 1 , , в то время как остальные копии укорочены со стороны 5 конца. Благодаря этому средняя длина 1 элемента в геноме составляет около 0 п. Считается, что человеческий геном содержит 0 1 , , сохранивших способность к автономной ретротранспозиции. При этом, вероятно, большинство новых интеграций происходит благодаря активности нескольких копий, что было показано в исследованиях ретропозиционной активности на культуре клеток . Рисунок 2. Схема строении I 1 элемента. I 1 тысяча п. и 3 5 и 3 нетранслируемые области 1 и 2 открытые рамки считывания I эндонуклеазный домен, домен с активностью обратной транскриптазы, С Сконцевой домен белка 2 промотор сигнал полиаденилирования Ап поли А последовательность на 3 конце. Белые треугольники обозначают дупликации сайта мишени в результате интеграции 1. Па основании результатов множественного выравнивания нуклеотидных последовательностей 3 концевой части 2 и 3 1 человека, были выделены подсемейства этих рстроэлсмснтов. Каждое подсемейство характеризуется совокупностью специфических нуклеотидных замен в определнных положениях последовательности 1. Классификации, полученные в результате множественного выравнивания 2 и 3 , полностью согласуются друг с другом . Каждое подсемейство, выделенное в результате анализа 2, соответствует совокупности фупп, полученных с помощью множественного выравнивания 3 . В современной литературе используется следующая номенклатура на название семейства ретроэлементов I1 указывают первая буква и цифра 1 следующая заглавная буква обозначает таксон организмов, в геномах которых встречаются элементы данного семейства Р i и М i. Заглавная буква в четвртой позиции определяет дальнейшее разделение семейства на подсемейства на основе анализа 3 . Группы внутри каждого из подсемейств нумеруются арабскими цифрами, начиная с самой молодой внутри семейства .