Генетические маркеры диффузного токсического зоба и сахарного диабета типа 1

• Автор: Савостьянов, Кирилл Викторович
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2002
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 135 с. : ил

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1. Полиморфные участки ДНК.

1.1. Типы полиморфных участков ДНК.

1.2. Основные методы выявления полиморфных участков ДНК.

2. Общая характеристика многофакторных заболеваний, изученных в

работе

2.1. Сахарный диабет

2.1.1. Исторические сведения

2.1.2. Функционирование молекул инсулина и развитие сахарного

диабета.
2.1.3. Сахарный диабет типа 1.
2.1.3.1. Причины возникновения и развития заболевания.
2.1.3.2. Модели деструкции бетаклеток
2.1.3.3. Генетический анализ факторов риска СД типа 1.
2.1.4. Другие виды сахарного диабета. Общая характеристика
2.2. Аутоиммунные заболевания щитовидной железы.
2.2.1. Диффузный токсический зоб
2.2.1.1. Общая характеристика механизмов возникновения и развития
2.2.1.2. Генетический анализ факторов риска ДТЗ.
3. Характеристика изученных в работе генов и полиморфных маркеров
3.1. Окислительный стресс и ферменты антиоксидантной защиты.
3.2. Локус главного комплекса гистосовместимости
3.2.1. Гены НМ0 области
3.3. Поверхностный антиген цитотоксических Тлимфоцитов.
3.4. Ген, кодирующий 3субъединицу большой многофункциональной протеосомы
3.5. Ген, кодирующий антагонист рецептора интерлейкина 1
3.6. Ген, кодирующий рецептор тиреоропного гормона
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
1. Реактивы и ферменты.
2. Буферные растворы.
3. Популяционные выборки и пациенты
4. Выделение геномной ДНК
4.1. Выделение ДНК из цельной крови человека с помощью протеиназы К
и экстракции феноломхлороформом.
4.2. Выделение ДНК из цельной крови с использованием хелатного полимера Сбеех И0
5. Амплификация ДНК
6. Расщепление продуктов ПЦР рестрикгазами.
7. Электорофоретическое разделение ДНК.
8. Статистическая обработка результатов
8.1. Проверка на подчинение равновесию ХардиВайнберга.
8.2. Сравнение выборок по частотам аллелей и генотипов. Точный
критерий Фишера. Поправка Бонферрони.
8.3. Оценка относительного риска. Доверительный интервал.
8.4. Методы анализа сцепления генетического маркера с заболеванием.
8.4.1. Анализ сцепления генетического маркера с заболеванием в семьях
с конкордантными парами сибсов.
8.4.2. Анализ сцепления генетического маркера с заболеванием в семьях
с дискордантными парами сибсов.
РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.
1. Изучение ассоциации ряда полиморфных маркеров с ДТЗ и СД типа 1
1.1. Изучение ассоциации полиморфных маркеров ряда генов
кандидатов ДТЗ.
1.1.1. Изучение ассоцации полиморфных маркеров 4 и Э НЬАобласти с ДТЗ
1.1.2. Изучение ассоциации полиморфного маркера АаТЬг гена СГМ
1.1.3. Изучение ассоциации полиморфного маркера ЯН гена ШР2 с
1.1.4. Изучение ассоциации полиморфного минисателлита в гене ОЯЛ с
1.1.5. Изучение ассоциации полиморфного маркера гена
с ДТЗ.
1.1.6. Изучение ассоциации полиморфного маркера 7 гена
с ДТЗ
1.2. Изучение ассоциации ряда полиморфных маркеров с СД типа 1.
1.2.1. Изучение ассоциации полиморфного маркера СТ гена с СДтипа1.
1.2.2. Изучение ассоциации полиморфных маркеров 7 и
с СД типа 1
2. Изучение сцепления хромосомной области р с СД типа 1.
2.1. Изучение сцепления полиморфного микросателлита с СД
типа 1
2.2. Изучение сцепления полиморфного микросателлита с СД
типа 1
2.3. Изучение сцепления полиморфного микросателлита с СД
типа 1
2.4. Изучение сцепления полиморфного микросателлита с СД
типа 1
2.5. Изучение сцепления полиморфного микросателлита 7 с СД
типа 1
2.6. Изучение сцепления полиморфного микросателлита с СД
типа 1.
2.7. Изучение сцепления полиморфного микросателлита с СД
типа 1.
2.8. Изучение сцепления однонуклеотидной замены СТ, расположенной внутри гена с СД типа 1
2.9. Изучение сцепления полиморфного микросателлита 5 с СД
типа 1.
2 Изучение сцепления полиморфного микросателлита с СД
типа 1.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Впервые в мире осуществлен анализ сцепления хромосомной области р на панели из полиморфных маркеров и найдено ее сцепление с СД типа 1, достоверно доказанное при использовании семей с конкордантными сибсами и семей с дискордантными сибсами. Приближение к пониманию механизмов развития СД типа 1 позволит целенаправленно воздействовать на продукты экспрессии генов, ассоциированных иили сцепленных с патологией, лекарственными препаратами или генноинженерными методами, изменяя тем самым течение заболевания аутоиммунного характера. Выявление полиморфных маркеров, ассоциированных с ДТЗ, позволяет использовать их вместе в виде панели для формирования групп риска, для проведения профилактических мероприятий и генетического прогнозирования. Полиморфные участки ДНК. Типы полиморфных участков ДНК. Понятие полиморфизма ДНК подразумевает наличие эволюционно закрепленной многовариантности одного и того же гена или иного участка ДНК в виде аллелей вариантов гена, иногда проявляясь в качественных или количественных свойствах белкового продукта гена в структуре фермента, его активности, специфичности к субстрату и т. Парные комбинации аллелей образуют генотипы, являющиеся уникальными и постоянными атрибутами индивидов на протяжении всей их жизни. Различают три основных типа полиморфных участков ДНК полиморфные мини и микросателлитные последовательности нуклеотидов ДНК с повторяющимся числом изменяющихся единиц полиморфные участки типа вставкаотсутствие вставки однонуклеотидные полиморфные участки в экзонах, иногда приводящие к аминокислотному полиморфизму, а также однонуклеотидные полиморфные участки в интронах, в промоторных, регуляторных или нетранслируемых областях генов. Сателлитная ДНК это класс высокоповторяющихся последовательностей, составляющих до 7 всего генома человека. Особое место среди сателлитных ДНК занимают микро и минисателлитные последовательности, представляющие из себя многочисленную группу рассеянных по всему геному достаточно коротких тандемных повторов, разделенных на два класса в зависимости от длины повторяющегося звена. Микросателлитные полиморфизмы или это тандемные повторы с изменяющимся числом повторяющихся единиц, каждая из которых имеет длину от 1 до 6 н. Другое название V vi . Вариабельные микро и минисателлитные повторы являются чрезвычайно информативными системами. Мини или микросателлиты могут располагаться либо внутри гена, например, в интроне, либо рядом с геном в межгенных областях. В подавляющем большинстве случаев полиморфные маркеры не являются этиологическими вариантами, которые определяют предрасположенность к заболеваниям, но очень часто они находятся в неравновесии по сцеплению с этими вариантами. Таким образом, по наличию ассоциации или сцепления полиморфного маркера с заболеванием можно судить и об ассоциации или сцеплении соответствующего этиологического варианта конкретного гена. В реальном эксперименте изучают распределение отдельных аллелей данного маркера или гена в группах, состоящих из здоровых индивидов и больных. В случае положительной ассоциации или сцепления наблюдается повышение частот одного или нескольких генетических маркеров аллелей и их комбинаций у больных по сравнению с частотами этих маркеров у здоровых индивидов. Основными характеристиками полиморфных маркеров, используемых в анализе наследственной предрасположенности, являются уровень полиморфизма и информативность. Уровень полиморфизма определяется числом аллелей маркера, а информативность зависит от гетерозиготности маркера. Например, однонуклеотидные полиморфные участки в экзонах не обладают высокой информативностью. Однако эти маркеры зачастую имеют фенотипическое проявление, что обусловливает важность их использования в генетическом анализе. Высокоинформативными и высокополиморфными принято считать маркеры с числом аллелей пять и более и гетерозиготностью 0, и выше. Микросателлиты встречаются в геноме намного чаще минисателлитов. Однонуклеотидные повторы типа АпТп и 0пСп, встречаются в геномной ДНК чаще других, с частотой 0, и 0,3 соответственно 1. Длинные повторы находятся в некодирующих или в Знетранслируемых областях генов 4 Полагают, что одной из функций таких повторов является формирование пространственной структуры ДНК 1.