Короткие ретропозоны из геномов чешуйчатых рептилий : Отряд Squamata

• Автор: Косушкин, Сергей Александрович
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 92 с. : ил.

Оглавление
Введение

Глава 1. Обзор литературы

I. Повторяющиеся элементы ДК.

1.1. Типы ДНКповторов тандемные сателлитные и диспергированные.

1.2. Диспергированные повторы классификация и структура.

1.3.1. Длинные ретропозоны I.

1.3.2. Короткие ретропозоны I общая характеристика.

1.4. Размножение и эволюция I.

1.5. Функции I и других повторов.

1.6. Многообразие типов коротких ретропозонов в геномах животных.

1.7. I в геноме чешуйчатых рептилий.
1.8. Способы поиска новых семейств в геномах.
II. Проблемы молекулярной таксономии и систематики чешуйчатых рептилий
о гр. .
2.1. Внутриотрядная систематика рептилий отр. .
2.2. Проблема систематики на низших таксономических уровнях
ящериц семейства i.
2.2.1. История изучения кавказских скальных ящериц.
2.2.2. История изучения лесных видов . ii и . i.
2.2.3. История изучения зеленых ящериц род ...
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Материалы, реактивы и приборы, использованные в работе.
2.1.1. Ферменты
2.1.2. Плазмидные векторы .
2.1.3. Другие реактивы
2.1.4. Материалы
2.1.5. Приборы
2.2. Выделение Д1К.
2.3. Поиск и выделение копий I в геномах исследуемых видов.
2.3.1. ПЦР.
2.3.2. Клонирование ПЦРпродуктов.
2.3.3. Создание геномных клонотек и их скрининг.
2.3.4. Выделение плазмидной ДНК.
2.3.5. Дотгибридизация ДНК.
2.3.6. Секвенирование ДНК.
2.4. Компьютерная обработка нуклеотидных последовательностей I
2.5. IIПЦР.
2.6. Анализ паттернов IIПЦР и построение дендрограмм.
2.7. Компьютерная обработка последовательностей мономеров
сателлитной ДНК ящериц.
Глава 3. Результаты
3.1. Характеристика повтора 1 структурные особенности.
3.2. Таксономическое распространение 1.
3.3 Характеристика повтора 2 структурные особенности.
3.4. Таксономическое распространение 2.
3.5. IIПЦР и анализ мономеров сателлитной ДНК.
Глава 4. Обсуждение
4.1. 1 и 2 новые семейства коротких ретропозонов в отряде чешуйчатых рептилий их свойства и
сопоставление.
4.2. Использование IIПЦР и сателлитной ДНК
при изучении эволюции и таксономической структуры рептилий.
Выводы
Благодарности
Список литературы


Применить метод IIПЦР для изучения генетического родства низших групп организмов на уровне популяцияподвидвид на примере прыткой ящерицы ii а также Кавказских скальных ящериц рода vi сем. i. Сопоставить результаты использования разных молекулярных методов для построения обоснованной на молекулярном уровне таксономии изучаемых рептилий. ГЛАВА 1. I. Повторяющиеся элементы ДНК. Типы ДНКповторов тандемные сателлитные и диспергированные. Значительная доля ДНК эукариот представлена повторяющимися элементами. Некоторая часть повторов образована функциональными генами, многокогшйиость которых призвана обеспечить организм достаточным количеством генного продукта белка или РНК. Однако большинство повторов не выполняют очевидной биохимической функции они или не экспрессируются вовсе, или же продукты их экспрессии позволяют существовать или размножаться самим элементам, но вопрос об их значении в жизнедеятельности организма начинает изучаться только в последние годы. Различают тандемные и диспергированные рассеянные по геному повторы. К первой группе относятся сателлитные ДНК. Их мономерные единицы, длина которых варьирует от нескольких нуклеотидов до сотен, а число копий может доходить до миллиона и более, Основная часть этих последовательностей расположена в центромерных и теломерных участках хромосом. Соответственно такой локализации им нередко приписывают структурную роль в частности, образование киистохора, что позволяет хромосомам прикрепляться к микротрубочкам веретена деления в ходе их расхождения при мейозе i а Сателлитные ДНК обладают высокой таксоноспецифичностью, особенно выраженной на родовом и видовом уровне, что позволяет использовать их в качестве филогенетических маркеров видообразования Гречко, . Диспергированные повторы также варьируют по размеру, числу копий и времени возникновения эволюционному возрасту мономеров. Диспергированные повторы классификация и структура. ix i, . Тс повторы, перемещение которых осуществляется путем транспозиции т. РНКпредшественником соответствующей кДНК, то такие повторы называют ретропозонами ретроэлементами. В этом случае кДНКреплики исходного элемента, который при этом остается на своем месте, встраивается в геном, увеличивая число такого типа повторов в геноме. В некоторых типах ретроэлементовх могут содержаться длинные прямые концевые повторы провирусные рстротранспозоны. регротранспозоны представляют собой разбросанные по геному последовательности длиной 4 т. ДНКкопии ретропозона. Кроме того, эти повторы содержат последовательности, промотора и сигнал полиаденилирования. Внутренняя часть элемента представлена двумя открытыми рамками считывания. Первая из них кодирует белок , выполняющий структурную функцию, вторая все компоненты обратной транскриптазы. В целом, элементы этого класса сходны с ретровирусами но структуре и механизму репликации ix i, . Не содержащие повторов ретроэлсменты распадаются на две группы автономных или неавтономных ретропозонов. Одни из них имеют внутри элемента открытые рамки считывания для ревертазы обратной транскриптазы и некоторых других белков, способствующих ретропознции автономные рстроэлементы, а другие, происходящие от малых РНК различных типов, не имеют этих элементов неавтономные ретропозоны i . v V, . Длинные ретропозоны I. Автономные рстроэлементы, не имеющие длинных концевых повторов, называются I I и имеют длину повторяющейся единицы порядка 46 т. i . i, i, . С обеих сторон они фланкированы прямыми повторами различной длины обычно 9 п. На 3конце, как правило, имеется полиАмотив или участок коротких тандемных повторов. РНКсвязываюший белок и фермент, обладающий одновременно специфической эндопуклеазной активностью и способностью к осуществлению обратной транскрипции. В большинстве случаев, кодируемая I эндонуклеаза не обладает выраженной сайтспецифичностыо, поэтому в распределении I по геному не наблюдается строгой приуроченности к определенным типам последовательностей.