Структурные особенности и распределение ретротранспозона gtwin, амплифицированного в линии Г32 Drosophila melanogaster

• Автор: Стефанов, Юрий Эдуардович
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 92 с. : ил.

Оглавление
Оглавление

Список используемых сокращений.

1. Введение

2. Взаимодействие мобильных генетических элементов с геномом организмахозяина

Обзор литературы.

2.1. Классификация мобильных элементов.

2.1.1. Регротранспозоны.

2.1.2. ДКтранспозоны.

2.2. Влияние мобильных элементов на стабильность генома.

2.2.1. Инсерционный мутагенез.

2.2.2. Геномные перестройки.
2.2.3. Эволюционная роль мобильных элементов
2.2.4. Мобильные элементы в симбиозе с геномом оргаиизмахозяииа
2.3. Регуляция активности мобильных элементов.
2.3.1. Экология генома
2.3.2. Эпигенетические пути сайленсинга мобильных элементов и IIинтерференция
3. Материалы и методы.
3.1. Линии мух и штаммы бактерий, использованные в работе.
3.1.1. Линии i , использованные в работе.
3.1.2. Штаммы ii i, использованные в работе.
3.2. Молекулярное клонирование
3.2.1. Приготовление компетентных клеток для трансформации плазмидной ДНК .
3.2.2. Трансформация
3.2.3. Выделение ДК.
3.2.4. Рестрикции.
3.2.5. Лигирование
3.3. Гибридизация i i.
3.3.1. Приготовление давленых препаратов политенпых хромосом слюнных желез .
3.3.2 Приготовление ДНКзонда, меченного биотином.
3.3.3 Гибридизация i i
3.3.4 Картирование сайтов гибридизации
3.4. Полимеразная цепная реакция
3.4.1. Iv .
3.4.2. ПЦР на матрице геномной ДНК.
3.5. Определение первичной последовательности и анализ полученных данных
4. Результаты.
4.1. Распределение i на политенных хромосомах личинок линии Г.
4.2. Точная локализация копий i в геноме линии Г
4.3. Структурные особенности i в линии Г
4. Тандемные повторы i и кольцевые интермедиаты ретро транспозиции
5. Обсуждение результатов.
5.1. Особенности хромосомной аберрации в линии Г
5.2. Сопоставление данных гибридизации i i с точной локализацией i в геноме линии Г.
5.3. Сравнение последовательностей i в линии Г
5.4. Активность старой и новой копий i в линии Г
6. Выводы.
Список цитированной литературы


Линии мух и штаммы бактерий, использованные в работе. Линии i , использованные в работе. Штаммы ii i, использованные в работе. Приготовление компетентных клеток для трансформации плазмидной ДНК . Выделение ДК. Рестрикции. Гибридизация i i. Приготовление давленых препаратов политенпых хромосом слюнных желез . Приготовление ДНКзонда, меченного биотином. Iv . ПЦР на матрице геномной ДНК. Результаты. Распределение i на политенных хромосомах личинок линии Г. Обсуждение результатов. Сопоставление данных гибридизации i i с точной локализацией i в геноме линии Г. Выводы. Благодарности. ДКП длинный концевой повтор англ. Мобильные генетические элементы МГЭ широко распространены в геномах всех эукариот. Согласно современным данным, доля таких последовательностей в ДНК различных организмов может достигать i . Разнообразие МГЭ также весьма велико, а их классификация, основанная на особенностях жизненного цикла и структуры элементов, постоянно уточняется i . iv . Мобильные элементы это мощный источник генетической нестабильности. Они в состоянии провоцировать хромосомные перестройки и разнообразные эпигенетические эффекты, вызывать инсерционные мугации и дупликации генов . Регуляторные последовательности, которые часто входят в состав МГЭ, оказывают воздействие на экспрессию генов организмахозяина i . Транспозиции мобильных элементов являются одной из движущих сил микроэволюции. Если в стабильных условиях окружающей среды транспозиции мобильных элементов чаще негативно сказываются на жизнедеятельности хозяина, то в изменяющихся и стрессовых для популяций условиях, активность МГЭ может сыграть положительную роль в адаптации . Несмотря на то, что возможные последствия распространения МГЭ по геному описаны достаточно хорошо, процессы регуляции активности мобильных элементов изучены не полностью, хотя и представляют большой интерес. В норме клеточные механизмы регуляции не дают мобильным элементам проявлять высокую активность, однако под контролем этих механизмов МГЭ оказываются не сразу. После попадания в геном путем скрещиваний или за счет горизонтального переноса, новый мобильный элемент начинает перемещаться. Этот процесс происходит до тех нор, пока организмхозяин не приобретает способность контролировать перемещения элемента. Конкретные механизмы этого контроля начали выявляться сравнительно недавно. vi . . Одним из удобных объектов для изучения регуляции мобильных элементов являются представители рода i. МГЭ дрозофилы изучены достаточно хорошо. Среди мобильных элементов разных видов i преобладают ретротранспозоны элементы, перемещающиеся посредством РНКинтермедиата i i . Ретротранснозон i, о котором пойдет речь в настоящей работе, является ближайшим родственником МДГ4 в англоязычной литературе известного, как , наиболее хорошо изученного ретротраиспозона i . Этот элемент имеет два прямых длинных концевых повтора ДКП и три открытые рамки считывания, гомологичные ретровирусным генам , и v Котнова и др. i был впервые клонирован из линии Г i при поиске в ней последовательностей, гомологичных МДГ4. Позже было продемонстрировано также, что в линии Г наблюдается сильная амплификация ретротраиспозона i в сравнении с другими линиями Котнова и др. Это могло свидетельствовать о том, что i активно перемещается в настоящее время, либо перемещался в недавнем прошлом. Именно линии, характеризующиеся генетической нестабильностью и амплификацией МГЭ, представляют большой интерес с точки зрения изучения механизмов котроля мобильных элементов со стороны клеткихозяина. Основной целью настоящей работы было выявление причин амплификации рстротранспозона i в линии Г i , а также выяснение тот, перемещается ли этот элемент в настоящее время и, если нет, то что могло привести к его репрессии.