Короткие ретропозоны млекопитающих, родственные аланиновой тРНК и 5S рРНК

• Автор: Гоголевский, Константин Петрович
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 131 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

ОСНОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ И СОКРАЩЕНИЯ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. I

1.1.1. Классификация I

1.1.2. v I

1.1.2.1. Распространение vИ I среди млекопитающих

1.2. I

1.2.1. Строение I

1.2.1.1.5 концевой участок

1.2.1.2. Средняя часть I
1.2.1.3.Зконец, или хвост
1.2.1.4. Другие варианты структуры I
1.3. Транскрипция
1.4. Посттранскрнпционная модификация
1.5. Обратная транскрипция и интеграция
1.6. I, произошедшие от аланиновой тРНК
1.7. I, произошедшие от 5 рРНК
1.8. Возможные функции I и их значение в эволюции геномов
1.8.1. Iисмочпик регуляторных последовательностей
1.8.2. Участие I в посттранскрипциоииой интерференции и изоляции генов
1.8.3. I и альтернативный сплайсинг
1.8.4. Возможное участие I в преодолении клеточного стресса
1.8.5. Гены малых РНК, произошедших от I
1.8.6. I, как филогенетические маркеры
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Материалы, реактивы и приборы, использованные в этой работе
2.1.1. Ферменты и наборы
2.1.2. Плазмидные векторы
2.1.3. Другие реактивы
2.1.4. Материалы
2.1.5. Приборы
2.2. Выделение геномной ДИК
. Полимеразная цепная реакция ПЦР
2.4. Электрофорез в агарозном геле
2.4.1. Выделение ДНК из геля
2.5. Радиоактивное мечение
2.6. Дотгибридизация
2.7. Получение компетентных клеток
2.8. Создание геномных библиотек и их скрининг
2.9. Выделение плазмидной ДНК
2.9.1. Метод I
2.9.2. Метод II
2 Секвенирование ДНК
2 Компьютерный анализ
3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1. Iэлемент I грызунов, родственный аланиновой тРНК
3.2. I, мобилизуемые I v
3.3. 5 рРНКродственные I крыланов
4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. тРНКродствснные 1
4.2. I, мобилизуемые I v
4.3. 5 рРНКродственные I
5. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


2 I кодируют белок с тремя ферментативными активностями эндонуклеазы . i . РНКазы Н. Сначала эндонуклеаза делает разрыв одной цепи в сайте ДНКмишени, образуя ОН на Зконце ДНК, для того, чтобы ревертаза могла использовать его как праймер для обратной транскрипции РНК ретропозона рис. До сих пор нет достоверных данных о механизме синтеза второй цепи и репарации одноцепочечных разрывов. Существует два типа эндонуклеаз I редкие, высокоспецифичные эндонуклеазы например, закодированные в I 2 насекомых, которые похожи на бактериальные рестриктазы . I, обычно низкосиецифичные или неспецифичные . , . Если разрыв во второй цепи был сделан правее разрыва в первой цепи, это приводит к дупликации сайта мишени рис. Например, у 1 млекопитающих предпочтительной точкой левого разрыва является последовательность ТТАААА, тогда как правый разрыв, расположенный на расстоянии нуклеотидов, предпочтительно происходит в сайте , . Домен РНКазы Н характерен не для всех I. По всей видимости, его функцией является удаление РНК матрицы после процесса ретропозиции. П.р ВЫЙ ржярв I I I I I I I I I I I I I I П I I I I I I I П1,,,,,,,,т1П1П1ГТТТТТ. Н0ВЯ КОПИЯ I потерь. Рисунок 2. Модель обратной транскрипции, затравляемой в сайтеинтеграции i v ii, . 1элементы вовлечены в эволюцию генома. i . РНК благодаря появлению в генах новых сайтов сплайсинга . i . ii, . В то же время, привнося свои собственные регуляторные последовательности, 1 может изменять экспрессию гена, что иногда оказывается полезным и закрепляться в эволюции . При транскрипции активных копий 1 происходит считывание 3фланкирующих последовательностей, в результате чего, РНК 1 часто содержит на своем конце длинные дополнительные последовательности, в частности, экзоны генов. При ретропозиции таких последовательностей в другие гены, последние могут приобретать новые экзоны. Благодаря такому процессу, получившему название перетасовка экзонов x i . Iэлементы играют важную роль в эволюции генов. Существует также гипотеза о том, что интеграция 1элементов в межгенные районы увеличивает расстояние между генами и тем самым увеличивает частоту рекомбинации, то есть уменьшают сцеплеипость этих генов. Это в свою очередь должно увеличивать эффективность независимого отбора генов и способствовать эволюции организмов , . В году Малик и соавторы разделили все известные на тот момент I на клад ветвей i . Классификация осуществлялась на основании сходства аминокислотных последовательностей доменов обратной транскриптазы различных I. Наиболее древней кладой является , в которую входят элементы , , 1 и 2. Эта клада специфична для мини экзонов геномов трипаносом. Клада 2 содержит единственный элемент, который способен интегрировать только в определенный сайт генов рРНК членистоногих. Члены клады 4 из геномов нематод и членистоногих интегрируют либо в гены рРНК элемент 4, либо в простые повторы элемент . Элементы клады 1 обнаружены в геномах позвоночных и различных растений, в том числе водорослей. В эту кладу входят элементы I, i, x, i4, , и . I клады были обнаружены в геномах нематод, насекомых и позвоночных. В нее вошли элементы v, 1, 1 и 2. Пять клад объединены в две сестринские ветви , и I в одну, 1 и в другую. Элементы клады обнаружены лишь в геномах грибков, тогда как элементы клад , и 1 в геномах членистоногих. Члены клады 1 специфичны по отношению к генам рРНК элементы 1 и 1 или к теломерным повторам , 1. Наконец, элементы клады I , I, ii и I были обнаружены в геномах моллюсков, насекомых и трипаносом. Впоследствии были идентифицированы еще три клады. Вольфф и соавторы описали кладу x из костистых рыб V .