Молекулярно-генетическая характеристика штаммов вируса Гета, выделенных на территории Центральной, Восточной и Северо-Восточной Азии

• Автор: Гурьев, Евгений Леонидович
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2007
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 107 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Классификация возбудителя, характеристика семейства тогавирусов.

1.2. Структура вириона.

1.3. Структура генома вируса Гета

1.4. Репликация вируса.

1.4.1. Начало цикла репликации адсорбция

1.4.2. Проникновение вируса и раздевание

1.4.3. Репликация вирусного генома

1.4.4. Синтез структурных белков вируса трансляция

субгсномной РНК.
1.4.5. Сборка и почкование вируса.
1.4.6. Взаимодействие вируса с клеткойхозяином.
1.5. Биологические свойства вируса Гета
1.5.1. Гемагглютинация
1.5.2. Взаимодействие с клеточными рецепторами
1.5.3. Эффект, оказываемый вирусом на клетки позвоночных
1.5.4. Эффект, оказываемый вирусом на клетки беспозвоночных.
1.5.5. Альфавирусная суперинфекция
1.6. Патогенез инфекции вируса Гета у позвоночных
1.6.1. Распространение вируса в организме.
1.6.2. Вирусспецифический адаптивный иммунный ответ
1.6.3. Клинические проявления инфекции вируса Гета у
млекопитающих.
1.6.4. Экспериментальная инфекция у мышей.
1.7. Патогенез инфекции вируса Гета у комаров
1.8. Антигенная структура рода.
1.9. Эволюция и филогенетика рода
1 Особенности экологии и эпидемиологии вируса Гета как представителя группы арбовирусов.
. Значение членистоногих в экологии вируса
. Значение позвоночных в экологии вируса
. Особенности эпидемиологии инфекции вируса Гета.
Глава 2. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1. Анализируемые штаммы из базы данных ОепВапк.
2.2. Исследуемые штаммы
2.3. Места сбора и объем полевого материала
2.4. Олигонуклеотиды использованные в экспериментах
2.5. Выделение РНК.
2.6. Реакция обратной транскрипции ОТ
2.7. Проведение полимеразной цепной реакции
2.8. Определение 5концевых последовательностей геномной
2.9. Определение 3концевых последовательностей геномной
2 Клонирование фрагментов концевых областей генома
. Получение рекомбинантных плазмид
. Приготовление компетентных клеток.
. Трансформация плазмидной ДНК
. Селекция плазмид, несущих последовательности
концевых фрагментов генома
. Выделение плазмидной ДНК
2 Электрофорез ДНК.
2 Приготовление ДНК для секвенирования.
2 Секвенирование ДНК.
2 Построение алайментов и филогенетический анализ
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
ЗЛ. Создание лабораторного варианта ОТПЦР тестсистемы для
детекции РНК вируса Гета в биологических образцах
3 Л Л. Определение чувствительности ОТПЦР тестсистемы
3.1.2. Исследование полевого материала
3.2. Филогенетический анализ исследованных штаммов
вируса Гета.
3.3. Определение и анализ полных нуклеотидных последовательностей штаммов вируса Гета ЬЕУ 5 Маг и ЬЕУ 1 МРЯ.
3.4. Филогенетический анализ представителей антигенного комплекса Семлики по полной полной нуклеотидной последовательности гена Е2.
3.5. Филогенетический анализ представителей антигенного комплекса Семлики с использованием нуклеотидных последовательностей полного генома.
3.6. Анализ функционально значимых участков генома исследованных штаммов вируса Гета
3.6.1. Домен слияния и сайт гликозилирования поверхностного гликопротеина Е
3.6.2. Нейтрализующие эпитопы и сайты гликозилирования поверхностного гликопротеина Е2.
3.6.3. 5 и Знетранслируемые области генома штаммов ЬЕУ 5 Маг и ЬЕУ 1 МРЯ вируса Гета
3.6.4. Другие функционально значимые области генома исследованных штаммов вируса Гета.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ.
Благодарности
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Филогенетический анализ представителей антигенного комплекса Семлики с использованием нуклеотидных последовательностей полного генома. Нейтрализующие эпитопы и сайты гликозилирования поверхностного гликопротеина Е2. Другие функционально значимые области генома исследованных штаммов вируса Гета. ЗАКЛЮЧЕНИЕ. ВЫВОДЫ. Вирус Гета vi, относящийся к роду vi семейства vii, был впервые выделен в Малайзии в г. Многочисленные штаммы были впоследствии изолированы в странах АзиатскоТихоокеанского региона от комаров родов x, и 6, , , 7. Антитела против вируса Гета часто обнаруживались у птиц и млекопитающих, в том числе у людей, в странах Азии и в Австралии , . В России вирус был впервые изолирован на юге Дальнего Востока в г. Приморского края, Средней и Восточной Сибири 8, . В г. Гета в различных, в том числе и крайних северных, граничащих с арктической тундрой, ландшафтных поясах СевероВосточной Азии 9. Представители антигенного комплекса Семлики, к которому относится и вирус Гета, распространены в Северо и ЮгоВосточной Азии, Австралии и Океании, Африке и Южной Америке , , . Некоторые например вирусы Чикунгунья, РоссРивер и ОНьонгНьонг способны вызывать обширные эпидемические вспышки среди людей, другие имеют значение в патологии домашних и диких животных , . Инфицирование человека альфавирусами из комплекса Семлики может протекать бессимптомно, либо в виде общелихорадочного заболевания Гета, ОНьонгНьонг, или сопровождаться лихорадкой, сыпью, артралгией РоссРивер, геморрагическим синдромом Чикунгунья 8, . Эти обстоятельства, а также экологическая связь вирусов антигенного комплекса Семлики с птицами, мигрирующими по восточноазиатскому и, возможно индоазиатскому руслу, определяют необходимость дальнейшего изучения роли вируса Гета в патологии человека и животных в Центральной, Восточной и СевероВосточной Азии. Вирионы представляют собой сферические оболочечные частицы диаметром около нм. Геном представлен однонитевой РНК положительной полярности длиной 0 нуклеотидных оснований и имеет типичную организацию генома ачьфавирусов . Альфавирусы, в том числе вирусы Синдбис, Семлики и Сагияма, являющийся подтипом вируса Гета, активно используются в качестве экспрессионных векторов, отличающихся высокой продуктивностью 8, 0. С этой точки зрения анализ генома вновь изолированных штаммов вируса Гета представляет интерес в плане поиска новых кандидатов для экспрессионных систем. Патогенез инфекции вируса Гета для позвоночных был описан в г. Японии. Также вирус способен вызывать эпизоотии среди свиней и поросят, у последних возможен летальный исход 9. Вирусу Гета, как и другим представителям арбовирусных инфекций, присущ трансмиссивный путь передачи, вызываемое им заболевание относится к природноочаговым зоонозам. При трансстадийной и трансовариальиой передаче членистоногие служат также резервуаром вируса в природных очагах и его постоянными хозяевами. Хотя в экологии вируса Гета основную роль играют членистоногие переносчики, периодическое, кратковременное для существования вирусной популяции, включение в паразитарную систему 3го члена позвоночного, полезно для вирусной популяции, поскольку создает условия для обогащения ее генофонда 6. Для диагностики заболевания и серологического мониторинга применяются различные вирусологические, серологические и молекулярнобиологические методы. Быстрым, чувствительным и специфичным для детекции вируса является метод ОТПЦР. Геном вируса Гета полностью секвенирован, что облегчает подбор специфичных праймеров к различным участкам генома. Анализ генома штаммов вируса Гста является достоверным источником данных об их филогенетических отношениях в плане географического распространения. Целью настоящей работы является проведение молекулярногенетического анализа штаммов вируса Гета, циркулирующих на территории Центральной, Восточной и СевероВосточной Азии, а также определение и анализ первичной структуры полного генома штаммов, наиболее характерных для указанных регионов. Провести определение первичной структуры участка геномной РНК штаммов вируса Гета из коллекции ГУ НИИ Вирусологии им. Д. И.