Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-инфекции на территории Липецкой области

• Автор: Турбина, Галина Ивановна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 122 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Структура вириона ВИЧ1

1.2. Организация генома ВЙЧ1

1.3. Особенности репликации вируса.

1.3.1. Связывание вириона с поверхностью клетки.

1.3.2. Слияние клеточной и вирусной мембран.

1.3.3.Высвобождение нуклеоида и геномной РНК вируса.

1.3.4. Обратная зранскрииция

1.3.5. Ишчлрация

1.3.6. Транскрипция пропирусной ДНК.
1.3.7. Трансляция вирусных белков.
1.3.8. Вирусные белки.
1.3.9. Образование новых вирионов.
1.4. Механизмы генетической изменчивости ВИЧ1.
1.4.1 .Скорость репликации ВИЧ1, квазивиды, жизнеспособность
1.4.2. Естественный отбор.
1.4.3. Вариабельность гена епу ВИЧ1
1.5. Классификация ВИЧ1.
1.6. Молекулярная эпидемиология ВИЧ1 в мире.
1.7. Эпидемия ВИЧ1 в России. Распространение субтипов ВИЧ1
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ.
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Пациенты
2.2. Забор крови и выделение лимфоцитов
2.3. Выделение тотальной ДНК.
2.4. Проведение полимеразной цепной реакции
2.5. Электрофорез ДНК.
2.6. Определение нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК
2.7. Построение алайментов и филогенетический анализ
2.8. Анализ вариабельности областей и v.
2.9. Анализ электрофоретической подвижности гетеродуплексов.
2 Разработка метода типирования штаммов ВИЧ1 для области с
использованием ПГД
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Анализ эпидемического процесса ВИЧинфекции на территории Липецкой области
3.2.Молекулярноэпидемическая характеристикавариангов ВИЧ1, получивших распространение на территории Липецкой области
3.2.1. Анализ генетической изменчивости области гена v ВИЧ1, кодирующей поверхностный гликопротеин
3.2.2. Дупликации вариабельных областей гена v, кодирующего 0.
3.2.3. Анализ консервативного региона ВИЧ1
3.2.4. Изучение вторичной структуры 5нстранслируемой области геномной РНК ВИЧ1
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ.
Благодарности.
Список литературы


Получены молекулярноэпидемиологические данные о вариантах вируса иммунодефицита человека 1го типа, получивших распространение на территории Липецкой области в период с по годы. На территории области обнаружены 4 варианта ВИЧ1 с генотипами v , v , v 3,5 и рекомбинант v 3,5. Установлена генетическая близость вариантов v, циркулирующих на территории Липецкого региона, с изолятами, выделенными на территории Ближнего зарубежья Украины, Молдовы. Данные филогенетического анализа образцов свидетельствуют о заносе вируса v на территорию региона из очага ВИЧинфекции в Украине, который был осуществлен за счет миграционного компонента сезонные рабочие, переселенцы из этой страны. При анализе генетического полиморфизма области v генома ВИЧ1, было установлено, что кроме мутаций в виде транезиций и трансверсий присутствуют дупликации нуклеотидов в Р1Р2 и Р4 областях. В исследованных образцах число дупликаций и количество повторяющихся нуклеотидов было различным. При изучении 5нетранслируемой области геномной РНК ВИЧ1 в вариантах вируса субтипа А, выделенных от пациентов Липецкой области, было установлено, что область, охватывающая шпильки I, и V, отличается высоким уровнем консервативности и встречающиеся в них замены не приводят к значительным изменениям их вторичной структуры. Основные положения, выносимые на защиту. Изучен эпидпроцесс ВИЧ инфекции на территории Липецкой области с низким уровнем прсвалентности этого заболевания. Полученные данные показывают, что динамика выявляемости ВИЧинфицированных в Липецкой области отражает общероссийскую ситуацию развития ВИЧинфекции, но эпидемический процесс имеет ряд особенностей. Установлено, что основной вклад в число выявленных ВИЧинфицированных вносят лица, так называемый миграционный компонент сезонные работы, переселенцы из стран ближнего зарубежья, заключенные УИН для которых основной путь инфицирования потребление внутривенных наркотиков. Среди местных жителей распространение ВИЧ инфекции идет преимущественно за счет полового пути передачи. Таким образом, эпидемия ВИЧинфекции на территории РФ носит неоднородный характер, на территориях с высоким уровнем превалентности ВИЧ в виде вспышек при попадании вируса в популяцию наркоманов, а в регионах с низким уровнем распространенности вялотекущий эпидпроцесс среди местного населения в основном, связанный с половыми контактами, без широкого распространения среди наркоманов. На основании молекулярноэпидемиологических данных, установлено, что на территории области обнаружены 4 варианта ВИЧ1 с генотипами Лv, v, v и рекомбинант v, Преобладающим является субгип Лv , который был выявлен в случаев от числа обследованных лиц. Изучение первичной структуры нуклеотидной последовательности области гена епу, кодирующего , вариантов ВИЧ1 субтина А у пациентов Липецкого региона, показало, что ранние этапы ВИЧинфекции характеризуются низким уровнем полиморфизма этого участка генома вируса. Полиморфизм участка гена , кодирующего матриксный белок р, вариантов субтипа А ВИЧ1 у пациентов Липецкого региона в группе ПИН достоверно превышает этот показатель среди пациентов с половой трансмиссией вируса, и составляет соответственно 1,9 и 1,2 при р0,. Апробация работы. Основные материалы диссертационной работа опубликованы в 2 статьях, 2 тезисах. Личный вклад диссертанта заключается в проведении основной части экспериментов сбор материала и создание банка реципрокных сывороток и лимфоцитов от ВИЧинфицированных пациентов, определение нуклеотидной последовательности и v фрагментов и субтипирование ВИЧ1. В международной базе данных зарегистрированы нуклеотидных последовательностей области гена , кодирующей матриксный белок р и концевую часть белка р Ас. , , , и последовательности области генома v, кодирующей поверхностный гликопротсин . , вариантов ВИЧ1 выделенных от пациентов Липецкого региона.