Характеристика молекулярных механизмов, регулирующих экспрессию альфа-глобиновых генов кур

• Автор: Борунова, Виктория Владимировна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2005
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 95 с. : ил.

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.Домены Оглобиновых генов человека и кур.

1.1 Общая организация доменов Вглобиновых генов.

1.2. Идентификация области контроля локуса домена Вглобиновьтх генов.

1.3. Механизм работы области контроля локуса.

1.4. Субдомены домена Вглобиновых генов человека.

1.5. Границы домена.

2. Домены аглобиновых генов человека и кур.

2.1. Общая организация доменов.

2.2. Расположение доменов аглобиновых генов в перманентно открытой хроматиновой области.
2.3. Перекрывание доменов аглобиновых генов и гена .
2.4. Пространственная организация домена аглобиновых генов.
2.5. Изменение характера ацетилирования гистонов в домене аглобиновых генов.
3. Заключение
ГЛАВА II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
Культуры клеток.
Выделение РНК из клеточных культур.
РТПЦР анализ.
Полимеразная цепная реакция
Перенос по Нозерну.
Синтез РНКпроб для анализа по Нозерну.
Синтез РНКпроб для гибридизации i i.
Гибридизация i i.
Выявление сигнала.
Окраска и заключение препаратов.
Флуоресцентная микроскопия.
ГЛАВА III. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.
1.Картирование границы эритроидспецифичной транскрипционной единицы в 5 концевой области домена аглобиновых генов кур.
2. Анализ области транскрипции домена аглобиновых генов кур в клетках 3.
3. Демонстрация непрерывности полнодоменного транскрипта домена аглобиновых генов кур.
4. Одновременная транскрипция с обеих цепей ДНК в домене аглобиновых генов кур.
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Флуоресцентная микроскопия. ГЛАВА III. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ. Картирование границы эритроидспецифичной транскрипционной единицы в 5 концевой области домена аглобиновых генов кур. Анализ области транскрипции домена аглобиновых генов кур в клетках 3. Демонстрация непрерывности полнодоменного транскрипта домена аглобиновых генов кур. Одновременная транскрипция с обеих цепей ДНК в домене аглобиновых генов кур. Список сокращений. В настоящее время практически не подлежит сомнению тот факт, что геном эукариот организован в отдельные хроматиновые домены. На сегодняшний день известно, по крайней мере, два типа доменов структурнофункциональные и функциональные. Типичными доменами, определенными по структурному признаку, являются домены тканеспецифичных генов, характеризующиеся повышенным уровнем чувствительности к нуклеазам и повышенным уровнем ацетилирования гистонов в тех тканях, где домен активен. На границах этих доменов часто расположены инсуляторы, которые ограничивают область действия позитивных регуляторных элементов и препятствуют распространению репрессивных структур хроматина. Типичными примерами таких классических хроматиновых доменов, содержащих тканеспецифичные гены, являются домены рглобиновых генов позвоночных 1, домен овальбуминовых генов кур 2, домен гена лизоцима кур 3, домен гена аполипопротеина В человека 4. Можно было бы предположить, что весь геном состоит из единообразно организованных доменов, однако изучение различных геномов показало, что наряду с классическими доменами существует и множество неканонических доменов, в том числе доменов с перекрывающимися генами и регуляторными системами. Именно к такому типу доменов относятся домены аглобиновых генов позвоночных. Такие домены было предложено называть доменами открытого типа или доменами с размытыми границами 5. Одним из наиболее изученных доменов открытого типа является домен аглобиновых генов кур. Этот домен перекрывается с геном домашнего хозяйства X и является одним из первых доменов, где были обнаружены некодирующие межгенные транскрипты. Функциональное значение такого рода транскриптов оставалось неясным. Согласно одной из гипотез, они играют важную роль в поддержании активного статуса хроматинового домена. Следует подчеркнуть, что домены открытого типа, содержащие одновременно тканеспецифичные гены и гены домашнего хозяйства, привлекли внимание исследователей сравнительно недавно. Принципы взаимодействия регуляторных механизмов, контролирующих работу разных генов в доменах этого типа, изучены недостаточно. В то же время домены открытого типа составляют значительную часть генома. Раскрытие общих принципов организации этих доменов существенно расширит наши знания о механизмах контроля экспрессии генов в эукариотической клетке. Настоящая работа посвящена изучению полнодоменного транскрипта домена аглобиновых генов кур, а именно картированию его границ и изучению феномена симметричной транскрипции 5 концевой области домена. Глава I. В данном обзоре представлен сравнительный анализ доменов с четкими и невыраженными границами на примере доменов и В и аглобиновых генов человека и кур. Домены Вглобиновых генов человека и кур. Общая организация доменов Аглобиновых генов. Домен Вглобиновых генов кур имеет протяженность около т. ЗА и гена рис. Индивидуальные промоторы регулируют экспрессию каждого Вглобинового гена при участии эритроидных и общих транскрипционных факторов САТА1, ЕКЬР, Е2, 8р1 и других. Кроме того в состав домена входит эритроидспецифичный энхансер ВАг, который расположен между взрослым В А и эмбриональным 6 генами 6, 7. Энхансер ВАе является общим для двух генов и содержит регуляторы, специфичные для каждой стадии развития. Эти регуляторы взаимодействуют с индивидуальными промоторами и определяют предпочтение к одному или другому гену. Конкуренция между этими регуляторными факторами определяет предпочтительную мишень то есть один или другой ген для действия энхансера 8.