Банк образов белковых семейств Prof-pat для быстрой идентификации аминокислотных последовательностей

• Автор: Низоленко, Лилия Филипповна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2007
• Место защиты: Кольцово
• Количество страниц: 127 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.
ГЛАВА 1. АНАЛИЗ АМИНОКИСЛОТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ РОДСТВЕННЫХ СВЯЗЕЙ, СТРУКТУРНЫХ И ФУНКЦИОНАЛЬНЫХ ОСОБЕННОСТЕЙ КОДИРУЕМЫХ ИМИ БЕЛКОВ обзор литературы

1.1 Предсказание функции, структуры и родственных связей белка по его

аминокислотной последовательности основные проблемы.

1 2 Методы анализа аминокислотных последовательностей и реализующие их

программные продукты

1. Прямое сравнение последовательностей

1.2 2. Вторичные базы данных.

1 2.2.1. Базы данных профилей

1 2 2 2 Базы данных одною мошва
2 3. Базы данных множественных мотивов
1 2 БВАБЕ
1 2 3 Интегрированные базы данных
1 3 Методы предсказания функции, основанные на структурных данных .
ГЛАВА 2. ПОСТРОЕНИЕ БАНКА ОБРАЗОВ БЕЛКОВЫХ СЕМЕЙСТВ РЯОРАТ И ПРИНЦИПЫ РАБОТЫ С НИМ
2 1 Формирование и выравнивание групп родственных белков.
2 2 Формирование образов белковых семейств.
2 3 Сравнение аминокислотных последовательностей с образами
2 4 Сравнение образов с банком Бу1зРго1.
2 5 Программное обеспечение .
2 6 Сетевая версия .
2 7 Ввод данных и представление результатов
ГЛАВА 3. ОБНОВЛЕНИЕ И ПОДДЕРЖКА БАНКА РВОЕРАТ.
ГЛАВА 4. АНАЛИЗ НЕКОТОРЫХ ОСОБЕННОСТЕЙ БАНКА РКОЕРАТ . .
4 1 Разделение случайного и значимого сходства
4 2 Сравнение чувствительности и специфичности банка РгоР Ра при разных параметрах поиска
4.3 Количественная оценка чувствительности и специфичности банка .
4 4 Оценка числа белковых семейств, представленных в .
ГЛАВА 5. СРАВНЕНИЕ С ДРУГИМИ ВТОРИЧНЫМИ БАЗАМИ ДАННЫХ . ГЛАВА 6. ПРИМЕРЫ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
6 1 Использование банка для аннотирования полных геномов
6 2 Использование банка для аннотирования последовательностей в базах
данных
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
ЛИТЕРАТУРА


Структура работы Работа состоит из введения, шести глав, заключения, выводов и списка литературы 5 наименований Материал изложен на 7 страницах, содержи рисунка и таблиц В первой главе, которая носит обзорный характер, рассматриваются основные методы предсказания функции белка по его аминокислотной последовательности, возникающие при этом проблемы и подходы к их решению Вторая глава содержит описание принципов построения банка образов белковых семейств РгоГРа на основе информации, содержащейся в базах аминокислотных последовательностей 8У8Рго1 и ТгЕМВЬ, работы его поисковой системы, а также структуры банка и способов ввода и вывода данных. Третья глава посвящена автоматизированному обновлению базы данных, которое производится по мере выхода новых выпусков порождающих банков. А.Г. А.Н. Наумочкина, . . Ярыгина ГНЦ ВБ Вектор, Л. Д.А. С.И. Бажана, А. З. Максютова, О. И. Серпинского, Д. В. Антонца, . . Белову, Г. В. Шестакову, Е. Существует множество методов предсказания функции белков по их структуре, как первичной так и трехмерной. Однако первые проблемы возникают еще до того, как исследователь приступает к выбору метода анализа. Это происходит изза неопределенности понятия функции. Функция может описываться на разных уровнях, начиная с биохимической функции и кончая биологическими процессами на уровне органа и целого организма , . В результате белки аннотируются с разной степенью функциональной специфичности Например, убиквитинподобный домен, сигнальный белок, предполагаемая ссриновая гидролаза и т п. Оценивать точность таких описаний достаточно трудно. В последние годы разработано несколько схем классификации белков Наиболее известные из них схема нумерации ферментов ii, ЕС и ЕсоСус схема для белков ii i , Относительно недавно была разработана схема , которая предлагает контролируемый словарь и, что особенно важно, онтологию, допускающую автоматическое машинное чтение. , Все это делает ее наиболее широко используемой онтологией в биоинформатикс и обеспечивает готовый способ оценки любой схемы предсказания функции. Основным методом предсказания возможных функций вновь определяемых аминокислотных последовательностей АКП до сих пор остается их сравнение с белками, обладающими известными функциями, и приписывание этим последовательностям функций близких по структуре белков При этом различными методами выявляется как глобальное сходство между полноразмерными последовательностями , , , , , так и случаи локальной гомологии . Первые доступные широкому кругу исследователей электронные базы данных аминокислотных последовательностей, снабженные программами поиска гомологии, появляются в начале х годов , В. С . . i i , , , существуют в электронном виде с и гг. Поиск гомологии путем прямого сравнения вновь секвснированных последовательностей непосредственно с базами данных первичных структур далеко не самый простой, удобный и безошибочный вариант. В некоторых случаях последовательность нового белка имеет слишком мало сходства с какимилибо известными белками, чтобы выявить его простым сравнением с базами первичных структур. Существует и обратная проблема Сходство последовательностей двух белков далеко не всегда означает, что они выполняют одну и ту же функцию. Несколько групп исследовали корреляцию между сходевом аминокислотой последовательноеги и функции апример, показано что, для пар однодоменньтх белков, сходство между последовательностями которых превышает , фнкция не изменяется, а при уровне сходства больше , белки относятся к одной функциональной группе, согласно I С классификации для ферментов и данным базы 1 , , для других белков i , . Если про два белка известно, что оба они ферменты, и сходство их последоваельносей превышает . Однако, оценки не всегда так оптимистичны Существуют работы, в которых утверждается, что для пары ферментов, имеющих сходство последовательностей , все четыре коэффициента ЕС классификации совпадают менее чем в случаев Болес того, для нар ферментов, имеющих сходство и выше, в случаев не совпадает даже первый индекс по ЕС классификации.