Повторяющиеся последовательности генома тупай : Mammalia, Scandentia

• Автор: Тен, Олег Андреевич
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 97 с. : ил.

1.1. Сатсллитная ДНК

1.1.1. Общая характеристика и структурная организация тандемно организованных повторов и составляющих их элементов

1.1.2. Основные классы сателлитной ДНК в геноме человека

1.1.3. Альфасателлитная ДНК доминирующий класс центромерных ДНК

1.1.4. Иерархическая организация асателлигной ДНК

1.1.5. Происхождение и эволюция тандемно организованных повторов

1.1.6. Значения для генома

1.2. Рассеянные но геному повторяющиеся последовательности.

1.2.1. Общая характеристика рассеянных по геному повторяющихся элементов

1.2.2. ДНКтранспозоны 1.2.3. Ретротранспозоны

1.2.4. Ьтсодержащис ретротранспозоны

1.2.5. Длинные ретропозоны
1.2.6. Короткие ретропозоны
1.2.7. 7БЬ РНК родственные КР
1.2.8. Происхождение и эволюция 7БЬ Кродсп венных КР
1.2.9. Малые РНК и их гены, ведущие происхождение от Ьродствениых КР
1.2 Значение КР для генома
1.2 Перспективы использования КР в филогенетических
исследованиях
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Материалы и реактивы, использованные в работе
2.1.1. Ферменты и наборы
2.1.2. Плазмидные векторы
2.1.3. Другие реактивы
2.1.4. Материалы
2.1.5. Приборы
2.2. Животные, ткани и ДНК
2.3. Выделение геномной ДНК
2.4. ДоТГибридизацин
2.5. Гибридизация по Саузсрну
2.6. Электрофорез ДНК в агарозном геле
2.6.1 .Выделение ДНК из геля
2.7. Полимеразная ценная реакции ПЦР
2.8. Радиоактивное мечение ДНК
2.9. Создание геномных библиотек и их скрининг
2 Выделение плазмиднон ДНК
2 Ссквенированис ДНК
. Секвенирование с использованием модифицированной
Т7 ДНКиолнмеразы секвсназы
. Секвенирование с использованием Таяполимеразы
. Ссквенирующий электрофорез в ПЛЛГ
2 Компьютерный анализ Глава 3. Результаты
3.1. Изучение распространения 7 РНКродствеиных I среди млекопитающих
3.2. Клонирование и ссквснирование Ьродствснных КР
3.3. Обнаружение и клонирование высокоиовторяющихся нослсдователыюстей генома i i
3.4. Основной короткий рстропозон генома тупай
3.5. Основная тандемная последовательность генома i i Глава 4. Обсуждение результатов
4.1. Тандемный повтор
4.2. 7iii короткие ретроиозоны
4.3. Основной короткий ретроиозон генома тупай Выводы
Благодарности Список литературы
Основные обозначения и сокращения
ДЭЛЭмембрана диэтиламиноэгилцеллюлозная мембрана
кДНК комплементарная ДНК
ГЛЛГ полиакриламидный гель
ОРС открытая рамка считывания
ЭДТА этилендиаминтетрауксусиая кислота
стандартный солевой раствор
додеци л сульфат натрия
i ii i
ДР длинный рстропозои
КР короткий ретропозон
7 7 РНКродственные ретропозоны
i
I i
I i
i

i
В
V vi
ВВЕДЕНИЕ


Повторяющиеся последовательности составляют значительную долю геномов эукариот и подразделяются на два основных класса тандемные и рассеянные по геному. Тандемные повторы сателлитная ДНК занимают очень протяженные области в цситромсрных и прицентромерных частях хромосом. Длина повторяющейся единицы мономер сателлитной ДНК может варьировать у разных видов от 5 до нескольких сотен п. Число мономеров сателлитных последовательностей в геноме обычно исчисляется миллионами копий. В пределах одного биологического вида копии мономеров значительно меньше отличаются друг от друга, чем от сателлитных мономеров, выделяемых из родственных видов. Это происходит благодаря процессу так называемой согласованной эволюции, основанной на неравном кроссинговере. В эволюции происходит довольно быстрая смена одних сателлитных ДНК другими, поэтому виды, принадлежащие разным родам, могут не иметь общих сателлитных последовательностей i я. Сателлитная ДНК, вероятно, вовлечена в формирование хромосомных центромер и, тем самым, должна играть определенную роль в митозе и мейозе i, . Рассеянные по геному повторяющиеся последовательности представлены, главным образом, различными видами мобильных генетических элементов, среди которых выделяют ДНКтраиспозоны, ретротранспозоны или содержащие транспозоны, а также длинные ДР и короткие ретропозоны КР, более известные под названиями I i и I i соответственно ii , i, . Мобильные элементы, за исключением ДНКтранспозонов, используют для размножения процесс обратной транскрипции. Причем, если ретрогранспозоны и ДР кодируют свои собственные обратные транскриптазы, то КР используют обратную транскриптазу ДР. В геноме млекопитающих имеется лишь одно семейство активных ДР 1 не считая v крупного рогатого скота, тогда как КР разнообразны, и к настоящему времени известно не менее семейств активных КР млекопитающих. КР п. Обычно геном содержит от одного до трех семейств КР v V, и каждое семейство, как правило, представлено копиями. В1элементов грызунов, которые произошли от 7 РНК малой цитоплазматической РНК, участвующей в синтезе секретируемых белков, КР ведут свое происхождение от тех или иных видов тРНК. На 5конце таких КР располагается район, обладающий сходством с тРНК и содержащий промотор РНКполимеразы III, который состоит из боксов А и В, расположенных на расстоянии п. За тРНКродственным районом следует участок неизвестного происхождения, специфичный для каждого семейства КР. На 3конце КР находится богатая последовательность млекопитающие и растения или участок, состоящий из нескольких очень коротких прямых повторов рептилии и рыбы. Многие свойства КР, как и других мобильных генетических элементов, свидетельствуют об их паразитической природе. Однако существование каждого семейства КР в геноме в течение многих миллионов лет делает их важными факторами эволюции. Например, встраиваясь около генов или в их нитроны, они могут изменять транскрипцию и сплайсинг генов i, . КР могут играть важную роль в защите клеток от стресса . КР оказались хорошими филогенетическими маркерами, поскольку независимое возникновение одинаковых семейств КР событие крайне маловероятное v v, , . КР сохраняются в геноме на протяжении десятков и даже сотен миллионов лет. Поэтому все виды, имеющие данное семейство КР должны быть филогенетически более близки друг другу, чем тем видам, которые этим семейством не обладают. Тупайи группа млекопитающих, внешне напоминающих белок, состоящая из 5 родов и видов, обитающих в ЮгоВосточной Азии. Первоначально тупай относили к отряду насекомоядных, позднее стали считать наиболее примитивным семейством отряда приматов. Этот взгляд остается весьма распространенным в отечественной литературе Соколов, Фридман, . Затем их выдели в отдельный отряд i , Павлинов, . Однако до сих пор филогенетическое положение этих интереснейших млекопитающих остается неясным. Тупайи . Ценность тупай в этом отношении состоит в том, что они, видимо, ближе к приматам, чем любые другие лабораторные животные, а их содержание проще и дешевле, чем содержание приматов.