"Простые" последовательности в геноме крысы, комплементарные ДНК аденовируса человека типа 5

• Автор: Иванова, Марите Николаевна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1983
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 141 c. : ил

СОДЕРЖАНИЕ стр

Список использованных сокращений.

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

ГЛАВА I. ПРОСТЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ В ГЕНОМЕ ЭУКАРИОТ.

1.1. Повторяющиеся последовательности ДНК в геноме эукариот

1.2. Сателлитные ДНК стДНК .

1.3. Полипиримидиновыеполипуриновые последовательности ДНК, их возможные функции

1.4. Присутствие простых последовательностей на концах линейных молекул экстрахромосомальных рибосомных
ДНК рДНК .

1.5. Простые последовательности ДНК и транспозиция генов

1.6. Возможное участие простых последовательностей ДНК в процессах подцержания гомогенности структуры мультигенных семейств
1.7. Способность некоторых простых последовательностей
к переходу в конформацию ДНК
1.8. Простые повторяющиеся последовательности, входящие
в состав генов, кодирующих фибриллярные белки
1.9. Простые последовательности в геноме вируса ЭпштейнБарра .
ГЛАВА II. ИНТЕГРАЦИЯ АДЕНОВИРУСНОЙ ДНК В ГЕНОМ КЛЕТКИХОЗЯИНА
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.
ГЛАВА III. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
1.1. Выращивание рекомбинантных фагов Харон 4А, содержащих библиотеку генов крысы, и иммобилизация фаговой ДНК на нитроцеллюлозные фильтры
1.2. Получение препаратов ДНК, меченых методом смещение
одноцепочечных разрывов .
1.3. Гибридизация ДНК, иммобилизованной на нитроцеллюлозных фильтрах, с мечеными пробами ДНК
1.4. Радиоавтография.
1.4.1. Анализ гибридизационных фильтров .
1.4.2. Анализ полиакриламидных гелей.
1.5. Отбор индивидуальных клонов из библиотеки генов крысы, гибридизуицихся с ДНК аденовируса типа 5
1.6. Выделение ДЕ1К из рекомбинантных фаговых клонов .
1.7. Выделение и очистка плазмидной ДНК
1.7.1. Выделение плазмидной ДНК в препаративных количествах .
1.7.2. Очистка плазмидной ДНК гельфильтрацией на колонке биогеля А м
1.7.3. Центрифугирование плазмидной ДНК в градиенте плотности хлористого цезия.
1.7.4. Выделение плазмидной ДНК в аналитических количествах .
1.8. Обработка ДНК рестрикционными эндонуклеазами
1.9. Разделение фрагментов ДНК электрофорезом в агарозных и полиакриламидных гелях.
Ш.Ю.Электроэлюция фрагментов ДНК из агарозных и полиакриламидных гелей.
1Перенос фрагментов ДНК из агарозного геля на нитроцеллюлозные фильтры
1 Субклонирование фрагментов ДНК крысы в плазмидном векторе .
. Получение векторной ДНК .
. Реакция лигирования
. Приготовление компетентных клеток .i и их
трансформация плазмидной ДНК.
III4. Отбор рекомбинантных клонов
1 Определение первичной структуры ДНК.
. Дефосфорилирование фрагментов ДНК.
. Введение 5концевой метки в ДНК
. Введение 3 концевой метки в ДНК.
. Получение фрагментов ДНК, меченых по одному концу.
. Элюция меченых фрагментов ДНК из ШАГ
. Частичная химическая модификация меченых по одному концу фрагментов ДНК.
. Разделение продуктов частичной химической модификации меченых фрагментов ДНК в ПААГе в денатурирующих условиях
1 Анализ первичной структуры ДНК с помощью ЭВМ
1 Реактивы и материалы, использованные в работе ГЛАВА 1У. РЕЗУЛЬТАТЫ.
1У.1. Получение клонов из библиотеки генов крысы, гибри
дизувдихся с ДНК аденовируса типа 5.
1У.2. Картирование и определение первичной структуры
фрагментов ДНК, гибридизугацихся о ДНК Ад
1У.З. Выяснение локализации участков генома аденовируса
типа 5, комплементарных ДНК рекомбинантных клонов
1У.4. Выяснение частоты встречаемости в геноме крысы простыхпоследовательностей, комплементарных ДНК Ад5.
ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.
ВЫВОДЫIII
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Их можно класси
фицировать как умеренно повторяющиеся копий на гапло
идный геном и высоко повторяющиеся копий на гаплоидный геном. Повторяющиеся последовательности ДНК обнаружены у всех эукариотов и даже у архабактерий 5. Низшие эукариоты, как, например, дрожжи содержат их меньше, чем высшие организмы, где они могут составлять даже всего генома 5. Уникальная ДНК обычно состоит из последовательностей, которые непосредственно кодируют белки, хотя некоторые гены также представлены в гаплоидном геноме несколькими копиями, и поэтому относятся к повторяющимся последовательностям . Часть повторяющихся последовательностей организована в тандемно повторяющиеся блоки, а другие рассеяны по всему геному. Сателлитные ДНК и некоторые семейства повторяющихся генов гистоновые, глобиновые, иммуноглобулиновые гены гены, кодирующие транспортные и рибоеомальные РНК и др. Часто повторяющиеся последовательности ДНК или сателлитные ДНК состоят из тандемных повторов относительно коротких блоков 5 пар нуклеотидов п. Эти последовательности не транскрибируются и в основном локализованы в конститутивном гетеро
хроматине, который располагается в центромерных и теломерных областях хромосом их функция пока не понятна. Вероятно, они выполняют структурную роль в организации хромосом и в механике хромосом конъюгации, рекомбинации и др. Умеренно повторяющиеся последовательности ДНК можно разделить на две категории длинные и короткие. Они рассеяны по всему геному между уникальными последовательностями и варьируют по длине от п. Длинные повторы, повидимому, представляют собой самостоятельный класс повторяющихся последовательностей, то есть они не состоят из тех же последовательностей, что и короткие повторы. Такие транскрибируемые повторы имеют длину тыс. Неожиданным оказался тот факт, что в политенных хромосомах дрозофилы разных линий многие места локализации данной повторяющейся последовательности были различными 7,5. Таким образом эти последовательности не имеют фиксированной локализации в геноме, поэтому они были обозначены как мобильные диспергированные гены МДГ. Интересно отметить, что ЬЩГ имеют очень большое сходство с провирусами эндогенных ретровирусов 9,. Высказывается даже гипотеза о том, что ретровирусы произошли в филогенезе из ВДГ 9. Короткие рассеянные повторяющиеся последовательности ДНК можно разделить на несколько семейств с разным числом отдельных представителей. Некоторые семейства содержат больше чем 5x представителей, в то время как другие только несколько. При этом отдельные представители одного семейства имеют сходную, но не идентичную первичную структуру 9. Так, например, из генома человека была выделена и проклонирована повторяющаяся последовательность ДНК, обозначенная авто
рами как последовагельность 0. Она представлена в геноме приблизительно 0 тыс. Разные представители семейства обнаружены вблизи многих структурных генов ,,,,,9,8 и даже в двух интронах онкогена человека . Предполагается, что они составляют часть транскрипционной единицы соответствующих генов. Аналогичные последовательности ДНК обнаружены также в геноме мыши семейство I 5, обезьяны и китайского хомячка 0. Сравнивая первичные структуры и Iпоследовательностей выявился участок длиной около п. Такая консервативность в эволюции этого участка безусловно свидетельствует о функциональной значимости этих последовательностей. I и iпоследовательности также имеют некоторую гомологию с 7 6 и 4,5 РНК и с районом начала репликации вирусов группы папова 8,5. Эти наблнщения позволили предположить, что I и iпоследовательности могут служить началом репликации клеточной ДНК. Большинство разновидностей коротких повторов активно транскрибируются в составе гетероядерных РНК гяРНК, хотя большая часть транскриптов деградирует в яцре без выхода в цитоплазму ,6,. На большом числе примеров показано присутствие разных повторяющихся последовательностей вблизи и в интронах активно транскрибирующихся генов. Поэтому предполагается, что они могут контролировать транскрипционную активность прилегающих к ним генов , а в последнее время внимание сосредоточено на их возможной мобильности в геноме ,3,7,2.