Исследование распространенности штаммов Mycobacterium tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью в Новосибирской области

• Автор: Сивков, Антон Юрьевич
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Кольцово
• Количество страниц: 152 с. : ил.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР ИЗУЧЕНИЕ ЭПИДЕМИОЛОГИИ

ТУБЕРКУЛЕЗА МЕТОДАМИ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ.

Общая характеристика микобактерий туберкулеза.

Применение генотипирования микобактерий.

Генотипирование на основе изучения полиморфизма длин рестрикционных

фрагментов ПДРФ.

Генотипирование по I

генотипирование

Двойная ПЦР повторяющихся элементов iiv

ОТО5типпрование

.
Полугнездовая I ПЦР
Сполиготипирование
Сравнительная характеристика различных методов генотипирования
Филогенетический анализ результатов генотипирования.
Методы кластерного анализа
Меры расстояния между пзолятами
Методы определения расстояния между кластерами
Методы кластеризации данных.
Интерпретация результатов генотипирования.
Заключение литературного обзора.
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
Реактивы
Растворы
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Коллекции штаммов М. i, использованные в работе
Коллекция штаммов с множественной лекарственной устойчивостью из г.
Новосибирска с по гг
Репрезентативная коллекция штаммов Новосибирской области г.
База данных о клинических изолягах М. i, циркулирующих в
Новосибирской области.
Бактериологический паспорт разработан с участием С.А. Боднева.
Анализ заболеваемости первичных больных губеркулезом в Новосибирской
области.
Географическое распределение заболеваемости лекарственночувствительными формами и лекаре i венноустойчивым и формами туберкулеза.
Заболеваемость туберкулезом в различных социальных группах
Характеристика спектра лекарственной устойчивости среди впервые заболевших
туберкулезом
Устойчивость к рифампицину, как маркер МЛУ
Применение биочипа, определяющего устойчивость к рифампицину, для массового
скрининга МЛУизолятов микобактерий ту беркулеза
Замена двухпробирочного метода на однопробирочный
Многократное использование биочипов путем их регенерации
Регенерация МЛУбиочипов
Сравнение результатов определения лекарственной устойчивости при массовом
скрининге биочипами и микробиологическим методом
Популяционное исследование лекарственноустойчивого туберкулеза в
Новосибирске.
Источники заболевания рифампицинустойчивым туберкулезом
Анализ генотипов микобактерий туберкулеза методом I ПЦР типирования
в г. Новосибирске.
Распределение генотипов М. i по территории города Новосибирска . Связь между генотипом штамма М. i и клинической формой
туберкулеза.
Встречаемость типов лекарственной устойчивости среди штаммов различных
генотипов.
Влияние генотипа штамма на исход лечения
Связь между генотипами и источниками заражения рифампицинустойчивым
туберкулезом
Исследование механизмов возникновения и распространения МЛУштаммов М.
i
Оценка статистически значимых связей параметров лекарственной устойчивости.
Популяционное исследование лекарственноустойчивого туберкулеза в
Новосибирской области
Генотипирование выборки методом 1 ПДРФ
Анализ распределения лекарственной устойчивости
Оценка путей передачи М. i по районам области.
Генотипирование выборки методом V.
Информативность локусов V.
Распределение лекарственной устойчивости по генотипам V.
Оценка путей передачи микобактерий туберкулеза по районам области
Выявление штаммов ii сполиготнпированием
Анализ выборки двумя методами генотипирования одновременно.
Заключение
Выводы.
Приложение.
СПИСОК РАБОГ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ.
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ


Основными источниками генстсчсского разнообразия являются спонтанный мутагенез генов и мобильные элементы, которые порождают при перестройках множественные повторы ДНК . Как известно, к числу важнейших задач эпидемиологического исследования любого инфекционного заболевания, в том числе и туберкулеза, относятся выявление фактора передачи и источника инфекции, определение количества лиц, которые могли подвергнуться воздействию такого рода, оценка возможности дальнейшего распространения инфекции, разработка и оценка эффективности мероприятий, направленных на предупреждение новых случаев заболевания. Для решения этих задач в распоряжении эпидемиолога имеется богатый арсенал методов, важное положение среди которых занимают методики изучения контактов и путей распространения патогена но какимлибо его индивидуальным меткам. Использование меток для дифференцировки штаммов возбудителя называется типированием. Раньше в качестве таких меток использовали результаты фаготипирования чувствительности микобактерий к стандартной панели микобактериофагов, биохимического типпрования определения состава синтезируемых микобактерией химических веществ, и определение е лекарственной устойчивости. Однако эти методы отличались большой трудоемкостью и в большинстве случаев позволяли выявлять ТОЛЬКО ivi генетически разнородных штаммов, что не позволяло использовать их эффективно для решения конкретных эпидемиологических задач. Настоящая революция в изучении эпидемиологии туберкулеза произошла в результате определения генетических особенностей генома М. В нем было выявлено достаточное количество разнообразных генетических маркеров, на основе которых были созданы системы генетического типирования М. Далеко не любые генетические маркеры подходят для целей типирования. С одной стороны, они должны быть достаточно вариабельны, чтобы с их помощью можно было бы различать неродственные штаммы, но с другой стороны они также должны быть и консервативными, чтобы близкородственные штаммы по ним не различались v i . В результате исследований к настоящему времени были созданы многочисленные системы генотипирования М. Системы гснотипирования, использующие консервативные метки, расположение и число которых в геноме может меняться. Системы генотипирования, основанные на наборе различных генетических локусов. В этих локусах расположены прямые повторы, число которых варьирует от штамма к штамму. Системы гснотипирования. В качестве консервативной метки широко используются инсерционные элементы или I. В геноме М. I элементов II i . I i , , и I . I7 и другие . В основе всех систем гснотипирования первого типа лежит определение электрофорезом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов ПДРФ интактная хромосомная ДНК М. II, полученные фрагменты разделяются по длинам электрофорезом в ом агарозном геле, переносятся на нейлоновую или нитроцеллюлозпую мембрану и гибридизуются с меченым специфичным зондом к последовательности I. Скотникова О. И., . Дискриминирующая способность систем перпого типа сильно зависит от количества инсерционных элементов в геноме чем больше элементов, тем больше дискриминирующая способность метода, и наоборот при уменьшении количества I элементов дискриминирующая способность падает. При отсутствии в геноме I элементов метод вообще неприменим . Инсерционные элементы удобны для проведения генотипирования, т. Литвинов В. И. и др. Наибольшее распространение получила система типирования на основе I рис. Транспозон I длиной п. В зависимости от их числа формируется уникальный консервативный профиль ПДРФ, который не изменяется у одного штамма в течение 3,5 лет даже при многомесячном культивировании в средах, содержащих противотуберкулезные препараты. Рисунок 1. Система генотипирования на основе инсерционных элементов I. Iрасположение транспозона в геноме М. I место гибридизации зонда для I ПДРФ vII сайт рестрикции расположение в геноме локуса прямых повторов I расположение в геноме микобактериальные рассеянные элементов i места гибридизации праймеров для I ПДРФ i .