Модифицированный рестрикционный анализ геномов эукариот (ДНК-таксонопринт) как метод изучения филогенетических связей

• Автор: Федорова, Лариса Владимировна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2001
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 148 с.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Систематика видов

Макротаксономия наука классификации

Численная таксономия или фенетика

Кладистика

Традиционная или эволюционная методология

Микротаксономия и концепции вида

Биологическая концепция вида

Филогенетическая концепция вида
Молекулярные характеристики живых организмов и их использование в систематике
Анализ кодирующих последовательностей геномов. Теория молекулярных часов
Высококопийные повторяющиеся элементы ДНК и их роль в эволюции
Тандемные повторы
Диспергированные повторы, ретротранспозоны
Короткие диспергированные повторы I
Длинные диспергированные повторы
Эволюционное значение диспергированных повторов 3
МЕТОДЫ
Описание исследованных животных
Исследованные виды ящериц
Исследованные виды ежей
Исследованные виды землероек
Исследованные виды приматов
Описание экспериментов
Выделение ДНК
Таксонопринтный анализ
Анализ одноцепочечного полиморфизма
таксонопринтных полос
Математическая обработка результатов Таксон опринтного анализа
Описание компьютерных прграмм
Таксонопринтный анализ на компьютере т вИ со
Текст программы ЯОС
РЕЗУЛЬТАТЫ
Обоснование методики ДНКтаксонопринта
Внутривидовая идентичность ДНК таксонопринтов
Анализ одноцепочечного полиморфизма таксонопринтных полос
Анализ таксономической иерархии полос повторов
Ящерицы
Насекомоядные
Приматы
Анализ консенсусных последовательностей ДНК повторов, описанных
в литературе
Диспергированные повторы
Тандемноорганизованные повторы
Таксонопринтный анализ i ii
ОБСУЖДЕНИЕ
Внутривидовая идентичность таксонопринтов
Анализ одноцепочечного конформационного полиморфизма таксонопринтных полос
Таксономическая иерархия полос ДНКповторов
Изучен ие ящериц лацертид
Изучение насекомоядных
Изучение приматов
Анализ первичной структуры таксонопринтных полос
Особенности таксонопринтного анализа по сравнению с другими
молекулярнобиологическими подходами в изучении эволюции
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Апробация работы была проведена 5 июня года в Институте Молекулярной Биологии РАН им. В.А. Энгельгардта. Публикации. По материалам диссертации опубликовано десять статей в российских и зарубежных журналах. Структура и объем работы. Диссертация состоит из введения, экспериментальной части включающей описание материалов и методов, результатов исследования и их обсуждения, заключения, выводов, списка литературы. Диссертация изложена на 8 страницах и содержит тридцать одну таблицу и иллюстрации. Список литературы включает 6 источников, из них отечественных и 1 зарубежных. Неограниченное разнообразие жизни со времен Аристотеля привлекало внимание исследователей. Усилия разобраться в хаосе множества жизненных форм привели к появлению специальной науки систематики. По определению Симпсона i, Систематика это наука о научном изучении типов и разнообразия организмов и отдельных или всех взаимоотношений между ними. В течении столетий систематика оставалась элитарной наукой, досгупной и интересной лишь незначительному числу университетских профессоров и натуралистовлюбителей. Двадцатый век явился веком поистине революционных достижений в разработке научных основ систематики. Начало было положено Феодосием Добржанским. В году он опубликовал книгу i ii i, в которой впервые был показана связь генетики с эволюционным учением , , что Хаксли позже определил как синтетическую теорию эволюции x, . Основные идеи Добржанского исходили из исследований, проделанных им и его российскими коллегами Кольцовым, Четвериковым, ТимофеевымРесовским, а также на западе Райтом i . Халдейном . .. Фишером i . .. i ii i явилась основой, позволившей Майру позднее сформулировать биологическую концепцию вида , , . Дальнейшее развитие теоретических основ систематики связано с появлением фенетики . На основе предлагаемых фенетикой и кладистикой критериев были разработаны компьютерные программы, позволяющие обрабатывать огромное количество данных для оценки филогенетических отношений. Одновременно с появлением базовых теоретических концепций в систематике, бурное развитие молекулярной биологии позволило выявлять недоступные ранее для таксономического анализа молекулярногенетические признаки на уровне фенотипа анализ белков и генотипа анализ кодирующих и некодирующих последовательностей ДНК. Со времени опубликования первых работ по молекулярной систематике и до настоящего времени продолжается лавинообразное накопление данных. Многобразие методических подходов и специфика получаемых результатов дали повод некоторым авторам выделить все молекулярногенетические исследования таксонов в отдельную от традиционной систематики науку молекулярную таксономию, с чем можно согласиться только как с аллегорией. С чем нельзя не согласиться, так это со значительными достижениями молекулярной систематики в понимании эволюции различных участков генома, сранительной эволюции конкретных генов и локусов, а также целых систем генов. В представленном ниже обзоре обсуждаются основные достижения как теоретической систематики, так и основные подходы и методы анализа эволюционных процессов на уровне генома и применение молекулярногенетических признаков в таксономии. Систематика подразделяется на макротаксономию, которая имеет дело с методами и принципами, по которым классифицированы разные группы видов, и микротаксономию, которая имеет дело с методами и принципами распознавания и обособления отдельных видов Мауг, . i, , . Макротаксономия наука классификации. Необходимость классификации живых организмов никогда не вызывала сомнений. Одной из основных задач биологической классификации был и остается выбор надежных таксономических признаков, на основе которых можно было бы построить естественную классификацию. До появления эволюционной теории биологические классификации были построены на основе логического разделения живых существ в направлении сверху вниз, т.